Alineamiento: el caso SARS-CoV-2

Bioinformática, 18-2-20Elvira Mayordomo

El “coronavirus” de Wuhan Googleando averiguamos que se llama:

SARS-CoV-2

Vamos a buscar otros virus del mismo “subgenus”: hay 1491 en GenBank

Order Suborder Family Subfamily Genus Subgenus Species

Nidovirales Cornidovirineae CoronaviridaeOrthocoronavirinae Betacoronavirus Sarbecovirus

Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus

De cuándo son

Los 47 primeros (80 primeros de cualquier longitud) son de febrero de 2020

A partir del 48 (81) de noviembre del 2018 (están ordenados por cuándo fueron secuenciados)

Cojo las 10 primeras

A 80 letras por línea, unas 50 líneas por pantalla, son un poco más de 7 pantallas por secuencia

¿Cómo compararlas?