Post on 06-Sep-2018
Dr. David Poyatos Andújar. Especialista de producto Área Molecular
Avances genéticos en diagnóstico prenatal
Avances genéticos en diagnóstico prenatal
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1er trimestre 2º trimestre 3er trimestre
9 11 14
Test Prenatal No Invasivo
Detección T13, T18, T21, monosomía X, Triploidía y sexo fetal en sangre materna
Estimación del riesgo basado en:
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80-95% Tasa de detección >99%90% Sensibilidad >99%
95% Especificidad >99%
5% Falsos positivos <0.1%
5-15% Falsos negativos < 0.1%
FACTORES FENOTIPICOS DNA FETAL
Test Prenatal No Invasivo
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Obstet Gynecol. 2012 Dec;120(6):1532-4. doi: 10.1097/01.AOG.0000423819.85283.f4.
Indicaciones para Test Prenatal No Invasivo de aneuploidías fetales
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Conclusiones
ACOG Committee Opinion Número 545, Diciembre 2012
• Mujeres > 35 años.
• Antecedentes de aneuploidia
• Screening bioquímico en suero materno alterado.
• Hallazgos ecográficos de aumento de riesgo de aneupoloidía.
• Parejas con translocación robertsoniana del 13 o el 21.
Casos de bajo riesgo: Ansiedad materna/ recomendaci ón por ginecólogo
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Test Prenatal No Invasivobasado en DNA fetal
Detección DNA fetal (cffDNA) en sangre materna
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Sequenom Verinata Ariosa Natera
Secuenciación dirigida
Secuenciación dirigid a
MPSS-Secuenciación
masiva
MÉTODO CONTAJE ANÁLISIS SNPs
BGI
Polimórfismos (SNPs)Regiones no polimórficas
Detección DNA fetal Secuenciación masiva
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Detección DNA fetal Secuenciación masiva
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1.5% del genoma
Diferencias con otros métodos
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Método de contaje Análisis de SNPs
CompetenciaHarmony, Trisonim, Nace plus…
EchevarneTest Prenatal No Invasivo (PanoramaTM)
No diferencia ADN materno del fetal Separa y genotipa el ADN fetal
Algoritmo informático
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Z-score ≥ 3.0 = abnormal
Método de contaje Análisis de SNPs
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Importancia concentración de cffDNA en sangre materna
FP / FN
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Impacto concentración de cffDNA en sangre materna
• En el estudio de Palomaki :– 12 casos con Tri21 tuvieron una fracción fetal de 4-8% – 3 fueron reportados como normales = 25% falsos negativos
• En los datos de ISPD de Natera (Junio 2013):– 18 casos con aneuploidía tuvieron una fracción fetal de 4-8 % – 4 no tuvieron resultados = 22% nueva muestra
Palomaki G, Kloza E, Lambert-Messerlian G, et al. DNA sequencing of maternal plasma to detect Down syndrome:
An international clinical validation study. Genet Med 2011;11:913-20
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Impacto concentración de cffDNA en sangre materna
0
200
400
600
800
1000
1200
Núm
ero
de M
uest
ras
Fracción Fetal
4.8% de casos
<4% FF
28.8% de casos
tienen entre
4% y 8% de FF
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Cromosomas materno / paterno
Células progenitoras
SNP
• Análisis de la distribución alélica
• No es necesaria la cuantificación de lecturas
• Detección de todos los cromosomas por igual (no
influye el contenido GC)
• No se necesita cromosoma de referencia
• Reduce el error por azar
• Detecta triploidias
• PCR multiplex con 19,5k sondas
• Resultados exactos y fiables con fracciones bajas
de ADN fetal.
• Realizar a partir de la semana 9 de gestación
Ventajas análisis de SNPs
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Ratios de detección en diferentes estudios
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Validación clínica
Natera’s Non-Invasive Prenatal Testing Technology Shows Unparalleled Specificity,
Sensitivity in Clinical Data Presented at American Society of Human Genetics
Data from Additional Patients Confirms High Accuracy in Detection of Trisomy 13, Trisomy 18, Trisomy 21, Sex
Chromosome AbnormalitiesAmerican Society of Human Genetics 2012. November 09, 2012 08:00 AM Eastern Time
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Validación clínica. Estudio ciego independiente
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Aplicaciones Clínicas
NatalChip ® Prenatal 750K y Postnatal Array HD
¿Porqué 2 pruebas?
NatalChip ® Prenatal 750KInteresa ofrecer resultados concluyentes que expliquen alteraciones genéticas conconsecuencia conocida y de efecto patogénico bien establecido.
NatalChip ® Postnatal HDInteresa conseguir la máxima resolución para detectar toda s aquellas alteracionesque puedan tener un mayor o menor efecto en la sintomatología descrita, y con ellotomar futuras decisiones de seguimiento clínico y reproduc tivas.
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NatalChip ®
Tecnología Affymetrix (array CGH + SNP array)
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Importancia de la Resolución
La resolución es directamente proporcional al
nº de sondas y a la distancia entre las sondas.
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200,000 genotype-able SNPs
550,000 non-polymorphic probes.
Comparación cobertura distintas plataformas
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NatalChip ®
Tecnología Affymetrix (array CGH + SNP array)
• Mayor resolución para detectar desequilibrios genómicos.
• Detecta síndromes de microdeleción y microduplicación >400Kb.
• Detecta disomías uniparentales, consanguinidad, LOH y triploidías.
• Más sensible para la detección de mosaicismos.
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Beneficios frente a técnicas convencionales :
Rapidez : resultados en una semana, no cultivo celular
Mayor resolución : permite la identificación de pequeñas alteraciones
Mayor capacidad de interpretación diagnóstica , identificación >250 síndromes
Ventajas
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Aplicación Arrays diagnóstico postnatal
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Aumenta entre un 15 y un 20% los casos diagnosticados DI-RD vs. cariotipo.
Directrices
ACMG (2011)
Recomendaciones de
ACMG & ISCA,(2010)
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Aplicación Arrays diagnóstico prenatal
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Indicaciones
� Anomalías ecográficas
� Resultado de cariotipo ambiguo
� Sospecha de síndrome por deleción/duplicación
� Historia familiar de desequilibrio cromosómico
� Screening bioquímico alterado
Aplicación diagnóstico prenatal
Indicado en malformaciones fetales
NT >3 mm y/o TS elevado
Tasa detección 3-10%
Rápido y seguro
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3000 muestras
Tasa de detección
Alto riesgo …… 5,8% (7/120)
Bajo riesgo ….. 0,5% (6/1118)
Ansiedad ………. 0,7% (11/1674)
Indicaciones
� Edad materna avanzada
� Ansiedad
Aplicación diagnóstico prenatal
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3.6% when conventional karyotyping was ‘normal’
5.2% when indication was a structural malformation on ultrasound.
Increased detection rate of chromosomal imbalances,
Mayor tasa de detección
Aplicación diagnóstico prenatal
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Aplicaciones Arrays en Diagnóstico prenatal
Ultrasound Obstet Gynecol. 2012 Apr;39(4):384-8. do i: 10.1002/uog.11092.
we recommended the application
of a genome-wide, and not a
targeted
Human Mutat. 2012 Jun;33(6):923-9. doi: 10.1002/hum u.22050. Epub 2012 Apr 16.
It is preferable to use the sameplatform for both prenatal andpostnatal settings. A high-resolution array guarantees aminimum of false-negative results”
Mayor resolución
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Conclusion: Based on the increased detection of clinically
relevant abnormalities in both, structurally normal and
abnormal pregnancies, chromosomal microarray analysis
should be transitioned to become the first tier test for
invasive prenatal cytogenetic diagnosis.
Indicaciones Arrays en Diagnóstico prenatal
Estimación de riesgo en 1er trimestre
PlGF
11-13+6 semanas
Factores maternos
Doppler AUt
PAPP-A
PlGF
Score
Alto riesgo
Bajo riesgo
AASdosis baja
sensibilidad y una especificidad cercanas al 90%
para la PE temprana
Embarazo normal Preeclampsia
PlGF ↑ hasta ½ 3er Trim Niveles más bajos ↓↓
Diagnostico PE en 2º y 3er trimestre
sFlt-1/PIGF
20-22 semanas
Doppler AUt
+/-
sFlt-1/PlGFDx.
Bajo riesgo
Alto riesgoSeguimiento
intensivo
Diagnostico y manejo
sensibilidad y especificidad > 95% para el
diagnóstico de la PE temprana 4-5.
4. Sunderji S,. Am J Obstet Gynecol. 2010;202:40.e1–7. 5. Verlohren S, Am J Obstet Gynecol. 2010;202:161.e1–11.
Embarazo normal Preeclampsia
PlGF ↑ hasta ½ 3er Trim Niveles más bajos ↓↓
sFlt1 ↑ final embarazo Niveles + altos y antes↑↑
Aplicaciones de los marcadores angiogénicos en la práctica clínica
Score
Herraiz et al,. Diagn Prenat. (2011);22(2):32–40
Manejo