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Predicción de Estructuras Secundarias
Primera generación:
- La información de la predicción
proviene de los residuos de una
secuencia vista en forma aislada
- Usando la base ³PDB´ (*), decir que
tan propenso es un determinado
amino ácido de adoptar cierto tipo de
estructura secundaria
Q3
= 53% - 61%
Chou - Fasman
1974
PDB = The Protein Data Bank ( http://www.rcsb.org/pdb )
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Predicción de Estructuras Secundarias
Segunda generación:
- Concepto de Ventana (ej: 7 letras)
APAFSVSP AS
- Se toma en cuenta la vecindad del
amino ácido en la predicción de laforma que adoptará la estructura
secundaria.
Q3
= 63%
Chou - Fasman
1974
GOR (*)
1987
GOR: J.Garnier, D.Osguthorpe and B.Robson
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Predicción de Estructuras Secundarias
Tercera generación:- Métodos ³ Adaptativos´
- Conceptos de Redes Neuronales
Q3
= 72.2%
Chou - Fasman
1974
GOR
1987
PHD (*)
1993
PHD: Rost & Sander, 1993
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Predicción de Estructuras Secundarias
Chou ± Fasman ( 1974): Asignación estática de valores a cada aa
Asignar a los residuos los valores probabilísticos, basado
en el análisis estadístico de un conjunto de proteínas cuyaestructura secundaria es conocida.
P(E-helix)
P( F-sheet)
P( F-turn)
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Predicción de Estructuras Secundarias
Chou ± Fasman ( 1974): Tabla de valores para cada AA
Name Abbrv P(a) P(b) P(turn) f(i) f(i+1) f(i+2) f(i+3)
Alanine A 142 83 66 0.06 0.076 0.035 0.058
Arginine R 98 93 95 0.07 0.106 0.099 0.085
Aspartic Acid D 101 54 146 0.147 0.11 0.179 0.081 Asparagine N 67 89 156 0.161 0.083 0.191 0.091
Cysteine C 70 119 119 0.149 0.05 0.117 0.128
Glutamic Acid E 151 37 74 0.056 0.06 0.077 0.064
Glutamine Q 111 110 98 0.074 0.098 0.037 0.098
Glycine G 57 75 156 0.102 0.085 0.19 0.152
Histidine H 100 87 95 0.14 0.047 0.093 0.054
Isoleucine I 108 160 47 0.043 0.034 0.013 0.056
Leucine L 121 130 59 0.061 0.025 0.036 0.07
Lysine K 114 74 101 0.055 0.115 0.072 0.095
Methionine M 145 105 60 0.068 0.082 0.014 0.055
Phenylalanine F 113 138 60 0.059 0.041 0.065 0.065
Proline P 57 55 152 0.102 0.301 0.034 0.068Serine S 77 75 143 0.12 0.139 0.125 0.106
Threonine T 83 119 96 0.086 0.108 0.065 0.079
Tryptophan W 108 137 96 0.077 0.013 0.064 0.167
Tyrosine Y 69 147 114 0.082 0.065 0.114 0.125
Valine V 106 170 50 0.062 0.048 0.028 0.053
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Predicción de Estructuras Secundarias
Chou ± Fasman ( 1974): Reglas para E-helix.
1. Identificar cuando una región de 6 amino ácidos tiene 4 que
son P(E)>100. (Posible núcleo de E-helix)2. Extenderse por la secuencia de amino ácidos en ambas
direcciones, hasta que encontremos 4 amino ácidos que
tienen como promedio P(E)<100 .(Posible final de E-helix)
3. Si tenemos un segmento de mas de 5 amino ácidos y la suma
de los P(E)>P( F). Marcamos la región como E-helix.
4. Repetimos para toda la secuencia
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Predicción de Estructuras Secundarias
Chou ± Fasman ( 1974): Reglas para F-sheet.
1. Identificar cuando una región de 5 amino ácidos tiene 3 que
son P( F)>100. (Posible F-sheet)2. Extenderse por la secuencia de amino ácidos en ambas
direcciones, hasta que encontremos 4 amino ácidos que en
promedio tienen P( F)<100. (Posible fin de F-sheet)
3. Si tenemos un segmento de mas de 5 amino ácidos y la suma
de los P( F)>P(E). Marcamos la región como F-sheet.
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Predicción de Estructuras Secundarias
Chou ± Fasman ( 1974): Reglas para los overlaps.
1. Si las regiones de alfa y las betas se superponen: Calcular la
suma de los P(E) y de los P( F) para esa región2. Si 7P(E) > 7P( F) entonces se predice una E-helix
3. Si 7P(E) < 7P( F) entonces se predice una F-sheet
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Predicción de Estructuras Secundarias
f(j) es el valor que figura en la tabla de Chou-Fasman (versión extendida)
Chou ± Fasman ( 1974): Reglas para los F-turn.
1. La probabilidad de que una región de 4 amino ácidos
(aa[1..4]) sea F-turn esta calculada como una condiciónsobre los valores P( F-turn) y f(i).
2. Se dice que la región es F-turn si:
- f(aa[1]) x f(aa[2]) x f(aa[3]) x f(aa[4]) > 0.000075
- P(aa[1]) + P(aa[2]) + P(aa[3]) + P(aa[4]) > 400
- Cada aa[i] cumple con7P(E-helix) < 7P( F-turn) > 7P( F-sheet)
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Predicción de Estructuras Secundarias
Chou ± Fasman ( 1974): Ejemplo ³YSPYAELMRSYG´
Name Abbrv P(a) P(b) P(turn) f(i) f(i+1) f(i+2) f(i+3)
Alanine A 142 83 66 0.06 0.076 0.035 0.058
Arginine R 98 93 95 0.07 0.106 0.099 0.085
Aspartic Acid D 101 54 146 0.147 0.11 0.179 0.081
Asparagine N 67 89 156 0.161 0.083 0.191 0.091Cysteine C 70 119 119 0.149 0.05 0.117 0.128
Glutamic Acid E 151 37 74 0.056 0.06 0.077 0.064
Glutamine Q 111 110 98 0.074 0.098 0.037 0.098
Glycine G 57 75 156 0.102 0.085 0.19 0.152
Histidine H 100 87 95 0.14 0.047 0.093 0.054
Isoleucine I 108 160 47 0.043 0.034 0.013 0.056
Leucine L 121 130 59 0.061 0.025 0.036 0.07
Lysine K 114 74 101 0.055 0.115 0.072 0.095
Methionine M 145 105 60 0.068 0.082 0.014 0.055
Phenylalanine F 113 138 60 0.059 0.041 0.065 0.065
Proline P 57 55 152 0.102 0.301 0.034 0.068
Serine S 77 75 143 0.12 0.139 0.125 0.106
Threonine T 83 119 96 0.086 0.108 0.065 0.079
Tryptophan W 108 137 96 0.077 0.013 0.064 0.167Tyrosine Y 69 147 114 0.082 0.065 0.114 0.125
Valine V 106 170 50 0.062 0.048 0.028 0.053
Y S P Y A E L M R S Y G
P(alfa) 69 77 57 69 142 151 121 145 98 77 69 57
P(beta)147 75 55 147 83 37 130 105 93 75 147 75
YSPYAELMRSYG
Busco una región de 6 amino ácidos
tal que 4 tengan P(alfa) > 100
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Predicción de Estructuras Secundarias
Chou ± Fasman ( 1974): Ejemplo ³YSPYAELMRSYG´ y sus E-helix
Name Abbrv P(a) P(b) P(turn) f(i) f(i+1) f(i+2) f(i+3)
Alanine A 142 83 66 0.06 0.076 0.035 0.058
Arginine R 98 93 95 0.07 0.106 0.099 0.085
Aspartic Acid D 101 54 146 0.147 0.11 0.179 0.081
Asparagine N 67 89 156 0.161 0.083 0.191 0.091Cysteine C 70 119 119 0.149 0.05 0.117 0.128
Glutamic Acid E 151 37 74 0.056 0.06 0.077 0.064
Glutamine Q 111 110 98 0.074 0.098 0.037 0.098
Glycine G 57 75 156 0.102 0.085 0.19 0.152
Histidine H 100 87 95 0.14 0.047 0.093 0.054
Isoleucine I 108 160 47 0.043 0.034 0.013 0.056
Leucine L 121 130 59 0.061 0.025 0.036 0.07
Lysine K 114 74 101 0.055 0.115 0.072 0.095
Methionine M 145 105 60 0.068 0.082 0.014 0.055
Phenylalanine F 113 138 60 0.059 0.041 0.065 0.065
Proline P 57 55 152 0.102 0.301 0.034 0.068
Serine S 77 75 143 0.12 0.139 0.125 0.106
Threonine T 83 119 96 0.086 0.108 0.065 0.079
Tryptophan W 108 137 96 0.077 0.013 0.064 0.167Tyrosine Y 69 147 114 0.082 0.065 0.114 0.125
Valine V 106 170 50 0.062 0.048 0.028 0.053
Y S P Y A E L M R S Y G
P(alfa) 69 77 57 69 142 151 121 145 98 77 69 57
P(beta) 147 75 55 147 83 37 130 105 93 75 147 75
YSPYAELMRSYG
Solo ³ A´ y ³E´ tienen P(alfa) > 100
Desplazo la ventana
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Predicción de Estructuras Secundarias
Chou ± Fasman ( 1974): Ejemplo ³YSPYAELMRSYG´ y sus E-helix
Name Abbrv P(a) P(b) P(turn) f(i) f(i+1) f(i+2) f(i+3)
Alanine A 142 83 66 0.06 0.076 0.035 0.058
Arginine R 98 93 95 0.07 0.106 0.099 0.085
Aspartic Acid D 101 54 146 0.147 0.11 0.179 0.081
Asparagine N 67 89 156 0.161 0.083 0.191 0.091Cysteine C 70 119 119 0.149 0.05 0.117 0.128
Glutamic Acid E 151 37 74 0.056 0.06 0.077 0.064
Glutamine Q 111 110 98 0.074 0.098 0.037 0.098
Glycine G 57 75 156 0.102 0.085 0.19 0.152
Histidine H 100 87 95 0.14 0.047 0.093 0.054
Isoleucine I 108 160 47 0.043 0.034 0.013 0.056
Leucine L 121 130 59 0.061 0.025 0.036 0.07
Lysine K 114 74 101 0.055 0.115 0.072 0.095
Methionine M 145 105 60 0.068 0.082 0.014 0.055
Phenylalanine F 113 138 60 0.059 0.041 0.065 0.065
Proline P 57 55 152 0.102 0.301 0.034 0.068
Serine S 77 75 143 0.12 0.139 0.125 0.106
Threonine T 83 119 96 0.086 0.108 0.065 0.079
Tryptophan W 108 137 96 0.077 0.013 0.064 0.167Tyrosine Y 69 147 114 0.082 0.065 0.114 0.125
Valine V 106 170 50 0.062 0.048 0.028 0.053
Y S P Y A E L M R S Y G
P(alfa) 69 77 57 69 142 151 121 145 98 77 69 57
P(beta) 147 75 55 147 83 37 130 105 93 75 147 75
YSPYAELMRSYG
Solo ³ A´, ³E´ y ³L´ tienen P(alfa) > 100
Desplazo la ventana
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Predicción de Estructuras Secundarias
Chou ± Fasman ( 1974): Ejemplo ³YSPYAELMRSYG´ y sus E-helix
Name Abbrv P(a) P(b) P(turn) f(i) f(i+1) f(i+2) f(i+3)
Alanine A 142 83 66 0.06 0.076 0.035 0.058
Arginine R 98 93 95 0.07 0.106 0.099 0.085
Aspartic Acid D 101 54 146 0.147 0.11 0.179 0.081
Asparagine N 67 89 156 0.161 0.083 0.191 0.091Cysteine C 70 119 119 0.149 0.05 0.117 0.128
Glutamic Acid E 151 37 74 0.056 0.06 0.077 0.064
Glutamine Q 111 110 98 0.074 0.098 0.037 0.098
Glycine G 57 75 156 0.102 0.085 0.19 0.152
Histidine H 100 87 95 0.14 0.047 0.093 0.054
Isoleucine I 108 160 47 0.043 0.034 0.013 0.056
Leucine L 121 130 59 0.061 0.025 0.036 0.07
Lysine K 114 74 101 0.055 0.115 0.072 0.095
Methionine M 145 105 60 0.068 0.082 0.014 0.055
Phenylalanine F 113 138 60 0.059 0.041 0.065 0.065
Proline P 57 55 152 0.102 0.301 0.034 0.068
Serine S 77 75 143 0.12 0.139 0.125 0.106
Threonine T 83 119 96 0.086 0.108 0.065 0.079
Tryptophan W 108 137 96 0.077 0.013 0.064 0.167Tyrosine Y 69 147 114 0.082 0.065 0.114 0.125
Valine V 106 170 50 0.062 0.048 0.028 0.053
Y S P Y A E L M R S Y G
P(alfa) 69 77 57 69 142 151 121 145 98 77 69 57
P(beta) 147 75 55 147 83 37 130 105 93 75 147 75
YSPYAELMRSYG
Posible E-helix
Extiendo la ventana hasta que 4
amino-ácidos tengan P(alfa)<100
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Predicción de Estructuras Secundarias
Chou ± Fasman ( 1974): Ejemplo ³YSPYAELMRSYG´ y sus E-helix
Name Abbrv P(a) P(b) P(turn) f(i) f(i+1) f(i+2) f(i+3)
Alanine A 142 83 66 0.06 0.076 0.035 0.058
Arginine R 98 93 95 0.07 0.106 0.099 0.085
Aspartic Acid D 101 54 146 0.147 0.11 0.179 0.081
Asparagine N 67 89 156 0.161 0.083 0.191 0.091Cysteine C 70 119 119 0.149 0.05 0.117 0.128
Glutamic Acid E 151 37 74 0.056 0.06 0.077 0.064
Glutamine Q 111 110 98 0.074 0.098 0.037 0.098
Glycine G 57 75 156 0.102 0.085 0.19 0.152
Histidine H 100 87 95 0.14 0.047 0.093 0.054
Isoleucine I 108 160 47 0.043 0.034 0.013 0.056
Leucine L 121 130 59 0.061 0.025 0.036 0.07
Lysine K 114 74 101 0.055 0.115 0.072 0.095
Methionine M 145 105 60 0.068 0.082 0.014 0.055
Phenylalanine F 113 138 60 0.059 0.041 0.065 0.065
Proline P 57 55 152 0.102 0.301 0.034 0.068
Serine S 77 75 143 0.12 0.139 0.125 0.106
Threonine T 83 119 96 0.086 0.108 0.065 0.079
Tryptophan W 108 137 96 0.077 0.013 0.064 0.167Tyrosine Y 69 147 114 0.082 0.065 0.114 0.125
Valine V 106 170 50 0.062 0.048 0.028 0.053
Y S P Y A E L M R S Y G
P(alfa) 69 77 57 69 142 151 121 145 98 77 69 57
P(beta) 147 75 55 147 83 37 130 105 93 75 147 75
YSPYAELMRSYG
Mas no se puede
Busco los posibles F-sheet
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Predicción de Estructuras Secundarias
Chou ± Fasman ( 1974): Ejemplo ³YSPYAELMRSYG´ y sus F-sheet
Name Abbrv P(a) P(b) P(turn) f(i) f(i+1) f(i+2) f(i+3)
Alanine A 142 83 66 0.06 0.076 0.035 0.058
Arginine R 98 93 95 0.07 0.106 0.099 0.085
Aspartic Acid D 101 54 146 0.147 0.11 0.179 0.081
Asparagine N 67 89 156 0.161 0.083 0.191 0.091Cysteine C 70 119 119 0.149 0.05 0.117 0.128
Glutamic Acid E 151 37 74 0.056 0.06 0.077 0.064
Glutamine Q 111 110 98 0.074 0.098 0.037 0.098
Glycine G 57 75 156 0.102 0.085 0.19 0.152
Histidine H 100 87 95 0.14 0.047 0.093 0.054
Isoleucine I 108 160 47 0.043 0.034 0.013 0.056
Leucine L 121 130 59 0.061 0.025 0.036 0.07
Lysine K 114 74 101 0.055 0.115 0.072 0.095
Methionine M 145 105 60 0.068 0.082 0.014 0.055
Phenylalanine F 113 138 60 0.059 0.041 0.065 0.065
Proline P 57 55 152 0.102 0.301 0.034 0.068
Serine S 77 75 143 0.12 0.139 0.125 0.106
Threonine T 83 119 96 0.086 0.108 0.065 0.079
Tryptophan W 108 137 96 0.077 0.013 0.064 0.167Tyrosine Y 69 147 114 0.082 0.065 0.114 0.125
Valine V 106 170 50 0.062 0.048 0.028 0.053
Y S P Y A E L M R S Y G
P(alfa) 69 77 57 69 142 151 121 145 98 77 69 57
P(beta) 147 75 55 147 83 37 130 105 93 75 147 75
YSPYAELMRSYG
Extiendo la ventana hasta encontrar 4
residuos con P(beta) < 100
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Predicción de Estructuras Secundarias
Chou ± Fasman ( 1974): Ejemplo ³YSPYAELMRSYG´ y sus F-sheet
Name Abbrv P(a) P(b) P(turn) f(i) f(i+1) f(i+2) f(i+3)
Alanine A 142 83 66 0.06 0.076 0.035 0.058
Arginine R 98 93 95 0.07 0.106 0.099 0.085
Aspartic Acid D 101 54 146 0.147 0.11 0.179 0.081
Asparagine N 67 89 156 0.161 0.083 0.191 0.091Cysteine C 70 119 119 0.149 0.05 0.117 0.128
Glutamic Acid E 151 37 74 0.056 0.06 0.077 0.064
Glutamine Q 111 110 98 0.074 0.098 0.037 0.098
Glycine G 57 75 156 0.102 0.085 0.19 0.152
Histidine H 100 87 95 0.14 0.047 0.093 0.054
Isoleucine I 108 160 47 0.043 0.034 0.013 0.056
Leucine L 121 130 59 0.061 0.025 0.036 0.07
Lysine K 114 74 101 0.055 0.115 0.072 0.095
Methionine M 145 105 60 0.068 0.082 0.014 0.055
Phenylalanine F 113 138 60 0.059 0.041 0.065 0.065
Proline P 57 55 152 0.102 0.301 0.034 0.068
Serine S 77 75 143 0.12 0.139 0.125 0.106
Threonine T 83 119 96 0.086 0.108 0.065 0.079
Tryptophan W 108 137 96 0.077 0.013 0.064 0.167Tyrosine Y 69 147 114 0.082 0.065 0.114 0.125
Valine V 106 170 50 0.062 0.048 0.028 0.053
Y S P Y A E L M R S Y G
P(alfa) 69 77 57 69 142 151 121 145 98 77 69 57
P(beta) 147 75 55 147 83 37 130 105 93 75 147 75
YSPYAELMRSYG
Mas no se puede
Reglas de overlap
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Predicción de Estructuras Secundarias
Chou ± Fasman ( 1974): Ejemplo ³YSPYAELMRSYG´ resultado overlap
Name Abbrv P(a) P(b) P(turn) f(i) f(i+1) f(i+2) f(i+3)
Alanine A 142 83 66 0.06 0.076 0.035 0.058
Arginine R 98 93 95 0.07 0.106 0.099 0.085
Aspartic Acid D 101 54 146 0.147 0.11 0.179 0.081
Asparagine N 67 89 156 0.161 0.083 0.191 0.091Cysteine C 70 119 119 0.149 0.05 0.117 0.128
Glutamic Acid E 151 37 74 0.056 0.06 0.077 0.064
Glutamine Q 111 110 98 0.074 0.098 0.037 0.098
Glycine G 57 75 156 0.102 0.085 0.19 0.152
Histidine H 100 87 95 0.14 0.047 0.093 0.054
Isoleucine I 108 160 47 0.043 0.034 0.013 0.056
Leucine L 121 130 59 0.061 0.025 0.036 0.07
Lysine K 114 74 101 0.055 0.115 0.072 0.095
Methionine M 145 105 60 0.068 0.082 0.014 0.055
Phenylalanine F 113 138 60 0.059 0.041 0.065 0.065
Proline P 57 55 152 0.102 0.301 0.034 0.068
Serine S 77 75 143 0.12 0.139 0.125 0.106
Threonine T 83 119 96 0.086 0.108 0.065 0.079
Tryptophan W 108 137 96 0.077 0.013 0.064 0.167Tyrosine Y 69 147 114 0.082 0.065 0.114 0.125
Valine V 106 170 50 0.062 0.048 0.028 0.053
Y S P Y A E L M R S Y G
P(alfa) 69 77 57 69 142 151 121 145 98 77 69 57
P(beta) 147 75 55 147 83 37 130 105 93 75 147 75
YSPYAELMRSYG
7P(alfa) = 860
7P(beta) = 800}La región es E-helix
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Predicción de Estructuras Secundarias
Chou ± Fasman ( 1974): Ejemplo ³YSPYAELMRSYG´ representación
Name Abbrv P(a) P(b) P(turn) f(i) f(i+1) f(i+2) f(i+3)
Alanine A 142 83 66 0.06 0.076 0.035 0.058
Arginine R 98 93 95 0.07 0.106 0.099 0.085
Aspartic Acid D 101 54 146 0.147 0.11 0.179 0.081
Asparagine N 67 89 156 0.161 0.083 0.191 0.091Cysteine C 70 119 119 0.149 0.05 0.117 0.128
Glutamic Acid E 151 37 74 0.056 0.06 0.077 0.064
Glutamine Q 111 110 98 0.074 0.098 0.037 0.098
Glycine G 57 75 156 0.102 0.085 0.19 0.152
Histidine H 100 87 95 0.14 0.047 0.093 0.054
Isoleucine I 108 160 47 0.043 0.034 0.013 0.056
Leucine L 121 130 59 0.061 0.025 0.036 0.07
Lysine K 114 74 101 0.055 0.115 0.072 0.095
Methionine M 145 105 60 0.068 0.082 0.014 0.055
Phenylalanine F 113 138 60 0.059 0.041 0.065 0.065
Proline P 57 55 152 0.102 0.301 0.034 0.068
Serine S 77 75 143 0.12 0.139 0.125 0.106
Threonine T 83 119 96 0.086 0.108 0.065 0.079
Tryptophan W 108 137 96 0.077 0.013 0.064 0.167Tyrosine Y 69 147 114 0.082 0.065 0.114 0.125
Valine V 106 170 50 0.062 0.048 0.028 0.053
Y S P Y A E L M R S Y G
P(alfa) 69 77 57 69 142 151 121 145 98 77 69 57
P(beta) 147 75 55 147 83 37 130 105 93 75 147 75
YSPYAELMRSYG
--HHHHHHHH --
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Predicción de Estructuras Secundarias
GOR III ( 1987): Segunda Generación
Este método toma en cuenta la vecindad del
amino ácido
Puede asumirse que si un amino ácido esta
rodeado por residuos que tienen predisposición a
plegarse en forma de al E-helix, el amino ácido
formará parte de la E-helix aunque su
preferencia por ese plegamiento sea muy baja.
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Predicción de Estructuras Secundarias
GOR III ( 1987): Segunda Generación
Este método toma en cuenta la vecindad del
amino ácido
Puede asumirse que si un amino ácido esta
rodeado por residuos que tienen predisposición a
plegarse en forma de al E-helix, el amino ácido
formará parte de la E-helix aunque su
preferencia por ese plegamiento sea muy baja.
Ventana de 17 amino ácidos
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Predicción de Estructuras Secundarias
GOR III ( 1987): Segunda Generación
Este método toma en cuenta la vecindad del
amino ácido
Puede asumirse que si un amino ácido esta
rodeado por residuos que tienen predisposición a
plegarse en forma de al E-helix, el amino ácido
formará parte de la E-helix aunque su
preferencia por ese plegamiento sea muy baja.
Ventana de 17 amino ácidos
Matriz para la predicción de las E-helix
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Predicción de Estructuras Secundarias
GOR III ( 1987): Segunda Generación
Este método toma en cuenta la vecindad del
amino ácido
Puede asumirse que si un amino ácido esta
rodeado por residuos que tienen predisposición a
plegarse en forma de al E-helix, el amino ácido
formará parte de la E-helix aunque su
preferencia por ese plegamiento sea muy baja.
Ventana de 17 amino ácidos
Matriz para la predicción de las E-helix
Matriz para la predicción de las F-sheet
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Predicción de Estructuras Secundarias
GOR III ( 1987): Segunda Generación
Este método toma en cuenta la vecindad del
amino ácido
Puede asumirse que si un amino ácido esta
rodeado por residuos que tienen predisposición a
plegarse en forma de al E-helix, el amino ácido
formará parte de la E-helix aunque su preferencia
por ese plegamiento sea muy baja.
Ventana de 17 amino ácidos
Matriz para la predicción de las E-helix
Matriz para la predicción de las F-sheet
Matriz para la predicción de las F-turn
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Predicción de Estructuras Secundarias
GOR III ( 1987): Segunda Generación
La predicción del amino ácido aa[j] es
calculada como la suma de los valores de los
aa[j ± 8] amino ácidos anteriores y de los aa[j +
8] amino ácidos posteriores, según su posición
con respecto a aa[j]
La predicción del amino ácido ³R´ (Arginina) para ser parte de un plegamiento E-helix en el
método GOR es la suma de sus 16 vecinos que lo rodean
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Predicción de Estructuras Secundarias
GOR III ( 1987): Segunda Generación
La predicción del amino ácido aa[j] es
calculada como la suma de los valores de los
aa[j ± 8] amino ácidos anteriores y de los aa[j +
8] amino ácidos posteriores, según su posición
con respecto a aa[j]
GOR V (2002) es la ultima versión del método. 84.000 residuos se usan para calcular sus tablas.
Tablas para varias configuraciones de ventanas Q3 = 72,4% - 73,6% (cuando se midió este indice?)
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Predicción de Estructuras Secundarias
Tercera Generación: Redes Neuronales