El Parque protege una de las más diversas comunidades de árboles en elmundo, con al menos 1.813 tipos de árboles y especies de arbustosclasificados y 300 especies aproximadamente que aún no han sidoclasificadas.. En una sola hectárea del Yasuní, hay alrededor de 644 especies deárboles, solo por citar un ejemplo.

Los árboles del dosel oscilan entre los 30 ó más metros de altura;sus troncos son rectos y sus raíces tienen estructuras zancudasque les permiten fijarse al suelo para evitar ser derribados por elviento.El área presenta también una gran diversidad de hierbas,enredaderas y bejucos; las hondonadas húmedas y los canales deriachuelos están caracterizados por el platanillo, una plantaherbácea cuyas flores son muy atractivas para los colibríes.

Por último, otro tipo de vegetación que presenta el bosquehúmedo tropical es la que presentan las islas, principalmenteaquellas sobre los ríos Napo y Curaray; en ellas dominan losguarumos y las guabas, y su vegetación es muy parecida a la quese encuentra en los bosques de varzea.