Post on 06-Aug-2020
ÁRBOLES FILOGENÉTICOS
FILOGENIAS MOLECULARES
Evolución Molecular Guillermo Barturen http://bioinfo2.ugr.es/EvolMol/ gbarturen@ugr.es
FILOGÉNIAS MOLECULARES ÁRBOLES FILOGENÉTICOS
DEFINICIÓN & OBJETIVOS
La filogenética molecular es el estudio de las relaciones evolutivas entre organismos mediante el uso de datos moleculares, como: secuencias de ADN y proteínas, inserciones de elementos transponibles y otras moléculas marcadores.
Objetivos: • Reconstruir las relaciones filogénicas entre organismos • Estimar el tiempo de divergencia entre organismos • Determinar la secuencia de eventos durante la evolución de los
diferentes linajes
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FILOGÉNIAS MOLECULARES ÁRBOLES FILOGENÉTICOS
¿POR QUÉ FILOGENIAS MOLECULARES?
1. El ADN y las proteínas son entidades heredables “estrictas” 2. Los datos moleculares rara vez son ambiguos 3. Los elementos moleculares suelen modificarse con una tasa
constante 4. Las comparaciones moleculares son fácilmente cuantificables 5. La homología entre caracteres es más sencilla entre datos
moleculares 6. Algunos datos moleculares pueden establecer relaciones entre
organismos muy lejanos 7. Los datos moleculares son mucho más abundantes
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TERMINOLOGÍA
Dendrograma o Árbol filogenético (Topología)
Nodos - Terminales (OTUs) - Internos (HTUs)
Longitud de rama
Clado
Raíz
Ramas - Terminales - Internas
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Unidad taxonómica operativa Unidad taxonómica hipotética
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ÁRBOLES SIMÉTRICOS
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TIPOS DE ÁRBOLES
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ÁRBOLES CON o SIN RAÍZ
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ÁRBOLES CON o SIN RAÍZ
Para OTUs >= 3: 𝑵𝑼= 𝟐𝒏 − 𝟓 ! [𝟐𝒏−𝟑 𝒏 − 𝟑 !] 𝑵𝑹 = 𝟐𝒏 − 𝟑 ! [𝟐𝒏−𝟐 𝒏 − 𝟐 !]
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¿CÓMO “ENRAIZAR” UN ÁRBOL?
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RESOLUCIÓN DEL MÉTODO
FALTA DE RESOLUCIÓN
RESUELTO SÓLO BIFURCACIONES
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ÁRBOLES REALES o INFERIDOS
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ÁRBOLES DE GENES o ESPECIES
Divergencia Genética
Especiación
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TAXONES & CLADOS TAXÓN: especie o grupo de especies (ejem. Género, familia, ordeno clase) al que se le ha dado un nombre.
GRUPOS o CLADOS
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SELECCIÓN DE SECUENCIAS • Ortólogas: ancestro común • Presentes en todas las especies del grupo • Ritmo evolutivo adecuado (ni alto, ni bajo) • Se descartan los gaps
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RECONSTRUCCIÓN ANÁLISIS DE CLUSTER
• Métodos jerárquicos divididos • Métodos jerárquicos aglomerativos
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