Puedo analizar

Estructra primaria: composición y orden de los aa

Estructura secundaria: interacción entre aa cercanos Alfa hélices (H) Hojas plegadas beta (E) Giros (T) Colas ( C)

Estructura Terciaria: interacción entre aa no cercanos Puentes di sulfuro Interacciones hidrofóbicas

Estructura cuaternaria: interacción entre subunidades

Estructura primaria: composición y orden de los aa

Composición aminiacídica

Peso molecular teórico

Punto isoeléctrico

Hidrofobicidad

Numero de aaPeso molecularPI % composion de aaCoef de ext molarVida media en distintos org.

http://ca.expasy.org/tools/#proteome

Hidrofobicidad

http://bp.nuap.nagoya-u.ac.jp/sosui/sosui_submit.html

Sosui: indica si la prot es soluble o tiene segmentos transmembrana

http://bp.nuap.nagoya-u.ac.jp/sosui/sosui_submit.html

Estructura secundaria: interacción entre aa cercanos Alfa hélices (H) Hojas plegadas beta (E) Giros (T) Colas ( C) Areas acceseibles a solventes (ASA)

http://sable.cchmc.org/

También puedo buscar dominios

Los dominios están asociados a funciones o estructuras

Varios programas llevan a bases de datos

http://ca.expasy.org/tools/#proteome

Determina los dominios encontradosComparado con la base de datos de prosite

clic

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml

Motivos particulares:

Hay varios motores de búsqueda Los puedo encontrar en el expasy

Ej. Motivo de union al DNA HTH