Alex Sánchez Introducción a la Bioinformática Herramientas de búsqueda en bases de datos SRS y...

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Introducción a la BioinformáticaIntroducción a la Bioinformática Alex Sánchez

Herramientas de búsqueda en bases de datos

SRS y Entrez

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Contenido de la presentación

• La extracción de información• SRS Inicio y búsqueda rápida• Busquedas mejoradas• Visualización de los resultados• Enlaces a otras bases de datos

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Extracción de información

• La búsqueda y extracción de información de las BD se realiza con herramientas específicas como SRS o Entrez

• Suelen estar asociadas a los bancos de datos– NCBI : Entrez– EBI: SRS

• Evolucionan muy rápidamente pasando a incorporar las características que los diferenciaban en anteriores versiones:– La última versión de SRS incorpora un extenso acceso a PubMed

como hacía la anterior de Entrez

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SRS

• Sequence Retrieval System • Es el sistema de recuperación de la información

disponible en el EBI• Dispone de muchas posibilidades por lo que se

puede trabajar de formas diversas• Haciendo click aquí se accede a tutoriales de

distinto nivel en el EBI

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Inicio de sesión

• Tras iniciar la sesión se accede a la página principal Top Page

• Desde esta pagina es posible…– Seleccionar la base de datos donde buscar

• Puede seleccionarse todo (“all”), uno o más bancos (“SWALL”, “EMBL”,…) o subconjuntos de estos (“TrEMBL”,…)

– Realizar consultas sencillas (“Quick search”) mediante un solo término

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Inicio de SRS y búsqueda rápida:

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Búsqueda estándar

• Más completa

• Permite combinar campos y términos– Elegir “Standard Query”

– Introducir términos de búsqueda

– Seleccionar campos donde buscar

– Combinar con AND / OR…

– Seleccionar formato de salida

• En vez de la anterior se puede, p.ej. buscar – Description = “Prion” AND Organism = “Bovin”

– Pasamos a obtener 10 resultados

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Busca estándar: Entrada

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Busca estándar: resultados

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Visualización de los resultados

• Haciendo doble clic sobre los resultados se accede a la información contenida en la BD de donde procede

• Es posible visualizar los resultados en distintos formatos

• Si, por ejemplo, deseamos proseguir con los análisis podemos obtener la secuencia en formato FASTA seleccionando FastaSeq en el menú View

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Resultados en formato FASTA

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Ejemplos de búsquedas estándar

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Ejemplos de búsquedas complejas

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Busqueda extendida

• Si se desea precisar aún más la búsqueda– Por un rango de fechas determinado

– Por la longitud de la secuencia

– …

Puede realizarse mediante “Extended query”

• Por ejemplo se desea averiguar cuantas secuencias de tamaño superior a 200 AA se depositaron el año 2000?

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Búsquedas extendidas (1): Fechas

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Búsquedas extendidas (2): Tamaños

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Combinación de resultados

• En ocasiones puede ser conveniente combinar varias consultas– Por ejemplo si se desea utilizar operadores distintos

entre las partes de la consulta • (“A” y “B”) o (“C” y “D”) pero no “E”

• Puede hacerse seleccionando la página Results y en ella marcar– Las consultas que se desea combinar

– Los operadores que se desea emplear

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Visualización de los resultados (2)

• Podemos variar la formas de visualizar los resultados mediante las vistas– La vista estándar muestra tan sólo un listado de los

hallazgos

– Podemos seleccionar que campos deseamos que aparezcan, de forma que accedamos más rápidamente a la información que nos interesa

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Análisis de los resultados

• El objetivo usual de realizar búsquedas es realizar algún tipo de análisis con las secuencias halladas

• Alunos análisis habituales pueden lanzarse directamente desde la pantalla de resultados– BlastN, NFASTA, Clustalw …

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Enlaces a otras bases de datos

• Es posible enlazar varias bases de datos de forma que una vez efectuada una consulta, se acceda a la BD enlazada para visualizar los resultados de la consulta– Enlazando SWISSPROT con PDB es posible visualizar

las estructuras moleculares de las proteínas que hemos hallado en una consulta

• Si buscamos “hydrogenase” en SWISSPROT hallamos 970 entradas

• Si enlazamos con PDB veremos que se dispone de la estructura 3D (en PDB) de 31 de las anteriores

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