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Aplicaciones web en docencia estadística y
análisis de datos genómicos
Francisco García GarcíaDavid Montaner González
Departamento de Bioinformática y Genómica. Centro de Investigación Príncipe Felipe. Valencia.
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Introducción
● Cambios tecnológicos y demanda de herramientas estadísticas
● Nuevo paradigma en Genómica: del gen al genoma
- Gran volumen de datos- Nuevos métodos de análisis- Necesidad de formación estadística específica
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Objetivos
● Búsqueda de recursos que faciliten el acceso y comprensión de la Estadística
● Desarrollo de una herramienta web para el análisis de datos genómicos
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Material y métodos Babelomics
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Material y métodos Babelomics
Estructura computacional
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Material y métodos Babelomics
http://bioinfo.cipf.es/courses
50 workshops y cursos (2004-2012)
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Material y métodos Babelomics
http://babelomics.bioinfo.cipf.es/
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Análisis de networks
Material y métodos Babelomics
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Resultados Indicadores de uso
● 1800 visitantes por mes● 200 experimentos analizados por día● 5000 usuarios registrados● 70000 usuarios anónimos
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Resultados Indicadores de uso
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Medina I, Carbonell J, Pulido L, et al. "Babelomics: an integrative platform for the analysis of transcriptomics, proteomics and genomic data with advanced functional profiling." Nucleic Acids Research. 2010;38:W210-W213
Nueda MJ, Sebastián P, Tarazona S, et al. "Functional assessment of time course microarray data." BMC Bioinformatics. 2009;10 Suppl 6:S9
Al-Shahrour F, Carbonell J, Minguez P, et al. "Babelomics: advanced functional profiling of transcriptomics, proteomics and genomics experiments." Nucleic Acids Res. 2008;
Tarraga J, Medina I, Carbonell J, et al. "GEPAS, a web-based tool for microarray data analysis and interpretation." Nucleic Acids Res. 2008;36:W308-14
Montaner D, Tarraga J, Huerta-Cepas J, et al. "Next station in microarray data analysis: GEPAS." Nucleic Acids Res. 2006;34:W486-91
Resultados Publicaciones
http://babelomics.bioinfo.cipf.es/publications
25 publicaciones + 2300 citas ( 2004-2012)
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Grado de Biotecnología
Resultados Docencia universitaria
Cursos Doctorado Bioinformática
Grado de Biotecnología, Biología y Matemáticas
Máster de Medicina Translacional
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Conclusiones
● El uso de herramientas web constituye un recurso eficiente en docencia en Estadística
● Permite el desarrollo de competencias para mejorar el acceso al mercado laboral
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Agradecimientos
http://bioinfo.cipf.es/people