B IOINFORMÁTICA : I NTERFAZ GRÁFICA PARA COMPARACIÓN DE GENOMAS VÍA WEB Oscar Castro García...
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BIOINFORMÁTICA: INTERFAZ GRÁFICA PARA COMPARACIÓN DE GENOMAS
VÍA WEB
Oscar Castro GarcíaTutores: Jordi Gonzàlez, Mario Huerta
Julio 2009
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ÍNDICE
IntroducciónEstado del arteObjetivosImplementación
Pre-proceso Trabajo realizado
Especificaciones técnicasDemoConclusionesFuturos desarrollos
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Qué es un genoma?
Secuenciación del ADN
TCAATATGGACGCCTGTAAAGGAGAGCATAGGCTATGTTTATGTTTCTAGGCGCGTCACGGTTAAAGCGAGCAAGCTATTGGGTTCGCTTACTTTGTTAGCGAGTTTAATATCTTTTGTGGTTGGTGCAGCATATGGTA
TTAC
La longitud de un genoma se contabiliza por su número de bases.
INTRODUCCIÓN
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Sub-división de los genomas en 3 grandes Dominios (Carl Woese)
Archaea Bacteria Eucariota
INTRODUCCIÓN
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Maximal Unique Matchings
• Secuencias que aparecen en los dos genomas• Únicas. No se repiten a lo largo de las secuencias• Longitud mas larga posible
En el proceso evolutivo de las especies, en ocasiones la cadena de un gen muta invirtiéndose completamente
..taggcATGGCACAATAGaact.. ..taggcATGGCACAATAGaact..
..taacctagGATAACACGGTAtt.
...taacctagATGGCACAATAGtt..
INTRODUCCIÓN
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IntroducciónEstado del arteObjetivosImplementación
Pre-proceso Trabajo realizado
Especificaciones técnicasDemoConclusionesFuturos desarrollos
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• MUMmer [1999]• MUMs On-Line [2002]• MALGEN [2003]
• M-GCAT [2006]
ESTADO DEL ARTE
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IntroducciónEstado del arteObjetivosImplementación
Pre-proceso Trabajo realizado
Especificaciones técnicasDemoConclusionesFuturos desarrollos
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• Proporcionar una interface gráfica vía web a la comunidad científica para el estudio de las relaciones entre genomas.
• Claves: visión en detalle de la comparación de genomas para poder observar los cambios evolutivos, interactividad con el usuario, fácil de manejar e intuitiva.
• Modificar la aplicación principal (FILOMUMS) para que lance nuestra interface.
• Generar los datos que necesitará nuestra aplicación.
• Gestionar el servidor web para poder lanzar nuestras aplicaciones.
OBJETIVOS
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IntroducciónEstado del arteObjetivosImplementación
Pre-proceso Trabajo realizado
Especificaciones técnicasConclusionesFuturos desarrollos
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Pre-procesoGestio_genomes
IMPLEMENTACIÓN
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Pre-procesoGestio_genomes
Rename
IMPLEMENTACIÓN
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Pre-procesoGestio_genomes
Rename
Mumunix
IMPLEMENTACIÓN
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Pre-procesoGestio_genomes
Rename
Mumunix
Lanza_mums
IMPLEMENTACIÓN
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Pre-procesoGestio_genomes
Rename
Mumunix
Lanza_mums
FILOMUMS
IMPLEMENTACIÓN
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Trabajo realizado
IMPLEMENTACIÓN
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IntroducciónEstado del arteObjetivosImplementación
Pre-proceso Trabajo realizado
Especificaciones técnicasDemoConclusionesFuturos desarrollos
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Entorno de desarrolloSistemas operativos: Windows,
LinuxHerramientas de desarrolloC++ (gcc)ActionScript 2 (Flash)Java (Eclipse)PHPJavascript
ESPECIFICACIONES TÉCNICAS
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IntroducciónEstado del arteObjetivosImplementación
Pre-proceso Trabajo realizado
Especificaciones técnicasDemoConclusionesFuturos desarrollos
![Page 20: B IOINFORMÁTICA : I NTERFAZ GRÁFICA PARA COMPARACIÓN DE GENOMAS VÍA WEB Oscar Castro García Tutores: Jordi Gonzàlez, Mario Huerta Julio 2009.](https://reader036.fdocumento.com/reader036/viewer/2022062519/5665b45a1a28abb57c90c620/html5/thumbnails/20.jpg)
Host: PC Local:
DEMO Off-line
Host: revolutionresearch.uab.es
DEMO On-line
DEMO
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IntroducciónEstado del arteObjetivosImplementación
Pre-proceso Trabajo realizado
Especificaciones técnicasDemoConclusionesFuturos desarrollos
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• Cumplimiento de todos los objetivos.• Abierto a nuevas funcionalidades para el
futuro.• Descubrimiento del mundo de la biología
molecular y de la bioinformática.• Participación en un proyecto puntero en
investigación.
CONCLUSIONES
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IntroducciónEstado del arteObjetivosImplementación
Pre-proceso Trabajo realizado
Especificaciones técnicasDemoConclusionesFuturos desarrollos
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• Ubicación de genes dentro del genoma• Acceso a bases de datos del NCBI• Seguimiento de MUMs comunes a varios
genomas• Localización de genes mediante un buscador
FUTUROS DESARROLLOS
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BIOINFORMÁTICA: INTERFAZ GRÁFICA PARA COMPARACIÓN DE GENOMAS
VÍA WEB
Oscar Castro GarcíaTutores: Jordi Gonzàlez, Mario Huerta
Julio 2009