CANDADOS DE VAN DER WAALS: ESTRUCTURA LOOP-N-LOCK DE LAS PROTEINAS GLOBULARES Giancarlo Alvarez...
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CANDADOS DE VAN DER WAALS: ESTRUCTURA LOOP-N-LOCK DE LAS
PROTEINAS GLOBULARES
Giancarlo AlvarezAntonio Flores
29 de agosto 2008
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• Se dan numerosos contactos entre las cadenas de la proteínas globulares.
• Las interacciones de van der Waals juegan un rol muy importante en la estabilidad de estos contactos intermoleculares.
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• Se trabajo con el numero total de contactos entre átomo – átomo.
• Se calculo el numero total de contactos de un residuo dado frente al resto de átomos de la proteína globular.
• La distribución de los contactos no es uniforme.
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Trefoil
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Globulina
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• Clusters Trefoil
• Clusters Globina
A B C D E F G H I J K L3-14 16-21 23-31 38-51 54-63 65-73 77-87 90-105 109-117 119-126 128-138 141-151
A B C D E F G H6-17 21-36 38-50 54-60 62-77 79-89 91-113 120-140
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• Los candados de van der Waals son secciones donde existe una alta concentración de contactos átomo – átomo entre 2 clusters.
• Dichos candados pueden formar lo que se llama candados compuestos.
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DIVERSOS EJEMPLOS DE LOCKS SIMPLES Y COMPUESTOS
• 8 FOLDS
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αβ Sandwich fold (1aps)Aciltransferasa (98 aa)
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Trefoil fold (1i1b)Interleucina 1beta (153 aa)
Lock Compuesto
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Globin fold (1thb)Hb estado T (141 aa)
• Forma de “waist”
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Inmunoglobulina fold (2rhe)Proteina de Bencen Jones (114 aa)
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Up-down fold (256b)citocromo B562 (106 aa)
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Jelly roll fold (2stv)Virus Necrosis tabaco (195 aa)
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Doubly wound fold (4fxn)Flavodoxina (138 aa)
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TIM Barrell fold (7tim)Triosa fosfato Isomerasa (248 aa)
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The Van Der Walls Locks
• Un par de secciones cortas que interactuan en la cadena polipeptidica haciendo una alta concentracion de contactos atomo – atomo localmente