Se creyó en un principio que las diferencias entre estos pinzones tuvieron un papel determinante en la formulación de la teoría de la evolución por selección natural; sin embargo, los escritos de Darwin indican que no fue realmente así. Darwin no creía que fuesen especies con una relación especial entre ellas y de hecho, pensaba que muchos no eran ni tan siquiera pinzones.

A la vuelta de su viaje en el Beagle, Darwin presentó los pinzones, junto a otras especies de aves y mamíferos que también había recogido en el viaje, a la Geological Society of London, en su reunión de 4 de enero de 1837. Las especies de aves incluidos los pinzones, fueron entregados a John Gould, el famoso ornitólogo inglés, para su identificación. Gould dejando a un lado su retribución informó en la siguiente sesión de 10 de enero que las aves de las Islas Galápagos  que Darwin había creído de diversas familias, eran en realidad una serie de pinzones peculiares con suficiente entidad para formar un nuevo grupo en el que se incluían doce especies.

El término «pinzón de Darwin» aparece por primera vez en 1936 y después es popularizado rápidamente con los trabajos de David Lack que los estudia por primera vez con detalle. Posteriormente, desde 1973, Peter Griffin y Rosemary Grant, profesores de ecología y biología evolutiva de la Universidad de Princeton, en Estados Unidos, realizaron estudios exhaustivos y detallados, han analizado más de 19.000 ejemplares de 25 generaciones y han mostrado cómo las diferentes especies de pinzones habían ido cambiando en respuesta a los cambios ambientales.

De esta manera habrían demostrado que los cambios muy rápidos en el tamaño del cuerpo y pico en respuesta a los cambios en el suministro de alimentos son conducidos por la selección natural.

Especies:

Género Geospizao Pinzón grande de cactus (Geospiza  conirostris ).o Pinzón terrestre de pico afilado (Geospiza difficilis).o Pinzón vampiro (Geospiza difficilis septentrionalis).o Pinzón terrestre mediano (Geospiza fortis).o Pinzón terrestre pequeño (Geospiza fuliginosa).o Pinzón terrestre grande (Geospiza magnirostris).o Pinzón de cactus común (Geospiza scandens).

Género Camarhynchus.o Pinzón vegetariano (Camarhynchus crassirostris.)o Pinzón grande de árbol (Camarhynchus psittacula).o Pinzón mediano de árbol (Camarhynchus pauper).o Pinzón pequeño de árbol (Camarhynchus parvulus).o Pinzón carpintero (Camarhynchus pallidus).o Pinzón de pantano (Camarhynchus heliobates).

Género Certhidea.o El Trinador (Certhidea olivacea).

Género Pinaroloxias.

o Pinzón de la Isla de Cocos (Pinaroloxias inornata).o Pinzón de clima seco.