Elías Aguirre Romero nació en Chiclayo, el 1 de octubre de 1843. Fue hijo de Carlos Aguirre y de María Candelaria Romero.

Tras completar sus estudios elementales en su tierra natal, pasó a Lima donde los continuó en el Liceo que dirigían los hermanos Manuel Trinidad e Isidoro Mariano Pérez (1854). Luego ingresó a la Escuela Naval (1858), recibiendo el 3 de agosto de 1860 los despachos de guardiamarina y embarcándose al efecto en la fragata América.

Fue sucesivamente ascendido a alférez de fragata en 1864 y a teniente segundo en 1865. Pasó la corbeta Unión, a bordo de la cual concurrió al combate naval de Abtao donde las flotas aliadas de Perú y Chile vencieron a la escuadra española (7 de febrero de 1866). Por

su participación mereció el ascenso a teniente primero y el título de "Benemérito de la Patria".

Formó parte de la comisión de marinos peruanos que adquirió en los Estados Unidos los monitores Atahualpa y Manco Cápac. Los expertos norteamericanos se negaron a conducir dichas naves en la riesgosa travesía hacia el Perú.

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