Flujo de información genética III
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Degradación de Proteínas
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La degradación de las proteínas desempeña importantes funciones, ya sea por la
modulación de los niveles intracelulares de proteínas específicas (proteólisis limitada),
como por la eliminación de proteínas anormales.
La degradación de las proteínas, y de los biopolímeros en general, no fue considerada
por mucho tiempo como un mecanismo necesario en la homeostasis de células y
tejidos. Actualmente se sabe que en la degradación de determinadas proteínas reside el control de
diversos procesos biológicos. Algunos fundamentales, como la progresión del ciclo
celular.
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RecambioLas proteínas de células y tejidos están sujetas a una biosíntesis y degradación
continua. Muchos de los aminoácidos liberados durante ese recambio se reutilizan
en la síntesis de nuevas proteínas.Una persona de 70 Kg de peso, consume 100 g
de proteína al día y excreta una cantidad equivalente de productos nitrogenados. Sin
embargo, estudios con marcadores radiactivos indican que se sintetizan 400 g y
se degradan 400 g
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La degradación es ejecutada por proteasas, llamadas modernamente peptidasas
Se podrían distinguir exopeptidasas y endopeptidasas
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Clases de proteasas o peptidasasLAS MÁS IMPORTANTES EN BIOCATÁLISIS SON:
1. SERINA PROTEASAS2. ASPARTIL PROTEASAS3. METALOPROTEASAS4. CISTEIN PROTEASAS
LAS SERINA PROTEASAS SON LAS MÁS UTILIZADAS:
SE SUBDIVIDEN EN:GRUPO A: Tripsina; Quimotripsina; Elastasa; Trombina
GRUPO B: Subtilisina y homólogos
Los miembros de cada grupo tienen un ancestro común,Los grupos A y B se han hecho similares a través de un proceso de evolución
convergente
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Peptidasas según su acciónE.C.3.4.-.- Acting on peptide bonds (peptide hydrolases).There are 1582 PDB entries in enzyme class E.C.3.4.-.-E.C.3.4.11.- Aminopeptidases. [ 46 PDB entries ]E.C.3.4.13.- Dipeptidases. [ 8 PDB entries ]E.C.3.4.14.- Dipeptidyl-peptidases and tripeptidyl-peptidases. [ 4 PDB entries ]E.C.3.4.15.- Peptidyl-dipeptidases. [ 3 PDB entries ]E.C.3.4.16.- Serine-type carboxypeptidases. [ 27 PDB entries ]E.C.3.4.17.- Metallocarboxypeptidases. [ 35 PDB entries ]E.C.3.4.18.- Cysteine-type carboxypeptidases. [ 1 PDB entry ]E.C.3.4.19.- Omega peptidases. [ 6 PDB entries ]E.C.3.4.21.- Serine endopeptidases. [ 780 PDB entries ]E.C.3.4.22.- Cysteine endopeptidases. [ 122 PDB entries ]E.C.3.4.23.- Aspartic endopeptidases. [ 338 PDB entries ]E.C.3.4.24.- Metalloendopeptidases. [ 196 PDB entries ]E.C.3.4.25.- Threonine endopeptidases. [ 2 PDB entries ]E.C.3.4.99.- Endopeptidases of unknown catalytic mechanism. [ 14 PDB entries ]
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Acción de serina proteasas
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Acción de Metalo Proteasas
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Sistemas Proteolíticos
Existen evidencias de proteínas degradadas en las mitocondrias, en los cloroplastos, en el lumen del retículo
endoplásmico y en endosomas.
Sin embargo, los sistemas principales de proteolisis caracterizados se encuentran en los lisosomas o vacuolas
en el citosol .
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Sistema lisosomal vacuolar
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Funciones del lisosoma
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Fagocitosis
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Modos de captación lisosomal
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Señal KFERQ para transferencia directa al lisosoma Lys-Phe-Glu-Arg-Gln
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KFERQ
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Sistema citoplasmático o neutro de CALPAÍNAS
Calpaínas: son una familia de proteasas dependientes de calcio relacionadas con el procesamiento de numerosas enzimas y proteínas del
citoesqueleto.
El control de la actividad de estas proteasas está determinado por las concentraciones de calcio y por la presencia de calpastatina (su inhibidor
endógeno).
Cada calpaína completa es una molécula heterodimérica. El monómero mayor presenta el dominio que produce la proteolisis y es variable según su requerimiento de Ca. El monómero menor es la subunidad reguladora
conservada en todas las calpaínas.
La calpaína I actúa con baja concentración (µM) de Ca2+. La II requiere más Ca2+ (mM) . El nivel celular normal corresponde a Calpaína I. La II sería activa cuando el influjo de Ca aumenta, como en la apoptosis.
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micro
Calpaínas
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Señal PEST para calpaína
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PEST y Calpaínas
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Sistema neutro de proteolisis Ubiquitina > Proteasoma
Ub
Ubiquitina
ATPAMP
UbE1
E3
E3
E3
E2 Ub
E2 UbProteína
Proteína
Proteína
Proteasoma 26S
Proteína
(1)
Ub
Ub
UbUbUb
Ub
Ub
(6)
Ub
Ub
UbUbUb
Ub
Ub
Péptidos
ADP
ATP
(2)
(3)
(4)
(5)
(7)
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Degradación Mediada por Ubiquitina
Cuando son complejos proteicos, los E3 se denominan SCF, los cuales contienen una proteína tipo F-box, Culin-1 y una
proteína con RING finger o HECT domain.
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Ubiquitina
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Unión isopeptídica
Las proteínas E3 son capaces de transferir la Ubiquitina a un amino de Lys de la proteína a degradar, por lo cual realizan un enlace isopeptídico
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Poliubiquitinación
Para que una proteína sea eficientemente degradada debe unir al menos cuatro ubiquitinas
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Proteasoma
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Regla del N- terminal
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Ubiquitina y N - terminal
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Fases del proteasoma
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La regla del N-terminal
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Reconocimiento del N-terminal
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Ubiquitinación
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Esquema del Proteasoma
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El Proteasoma
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Proteasoma 26S
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Sitios del proteasoma
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Degradación en Núcleo
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Lactacystin
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Utilidad de los Inhibidores del Proteasoma
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Ubiquitina y ATP
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Degradación Mediada por Ubiquitina
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Esquema del Proteasoma
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La progresión del ciclo celular depende de una proteínas denominadas ciclinas específicas de cada fase. Las distintas ciclinas se degradan por ubiquitinación
ciclina1
F-box protein
CdK
F-box protein
ciclina1 ubiquitinaciónproteasoma
ciclina2represor
F-box protein
represor
ubiquitinización
ciclina2
CdK
Fase 1 Fase 2
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División Celular
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TIR-1 Aux-IAA
ARF
SCF complex
TIR-1
Aux-IAA
ARF
proteasoma
auxin
SCF complex
represor
Factor de transcripción
transcripción
ubiquitinación
Modelo de percepción de auxinas en plantas
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Recambio Proteico
Están sujetos a una biosíntesis y degradación continua. Muchos de los aminoácidos liberados
durante el recambio son reutilizados en la síntesis de nuevas proteínas.
En una persona de 70 Kg de peso, consume 100 g de proteína al día y excretará una cantidad equivalente de productos nitrogenados, sin
embargo los estudios con marcaje radioactivo indican que se sintetizan 400 g y se degradan
400 g
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RecambioLas proteínas presentan una enorme variabilidad
en cuanto a su vida media que va de pocos minutos a meses. Ej albúmina =21 días, Hb =
120 díasLas que se segregan a un medio extracelular como las enzimas digestivas, las hormonas y
los anticuerpos su recambio es rápido.En cambio las que son estructurales como el
colágeno son más estables.
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Importancia del recambioConstituye un camino para la adaptación celular
a las modificaciones del medio ambiente.Ej: esporulación
Enzimas:Proteasas intracelulares: Ej. Calpaínas (Ca+2),
proteasoma (ATP). P. Lisosómicas: Ej Catepsinas
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Señales químicas para la degradación de proteínas
Ubiquitinación: la ubiquitina se une a los grupos de lisina formando complejos degradables por el proteasoma
Oxidación de determinados residuos catalizada por metales. El Fe+2 y el OH- a los residuos de prolina y arginina
Secuencias PEST. Regiones de 12 a 60 residuos ricas en Pro, Glu, Ser y Thr.
Hay residuos N- terminales que determinan vidas medias cortas. Por ejemplo: Phe, Leu, Tyr, Trp, Lys, Arg.