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FORCEFIELD: MODELOS MOLECULARES

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FORCEFIELD: MODELOS MOLECULARES

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FORCEFIELD??

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BASE:

FORMA FUNCIONAL

Describir cada componente de energía.

La energía de enlace es determinada usando

Oscilaciones armónicas

PARAMETROS

Características de los átomos

Preferencias de los átomos

Limitaciones

ETOTAL = ESTRETCH + EBEND + ES-B + ETORSION + EvdW + EDP-DP

COMPONENTES:

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● “Todos los átomos”: consideran todos los átomos de la molécula explícitamente, incluyendo a los hidrógenos.

Los parámetros son raramente transferibles entre distintos campos de fuerza.

Se usan resultados experimentales

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FORCEFIELD MODERNOS

Usado para determinar estructuras y energías de hidrocarburos

MM2/MM3/MM4

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AMBERAssisted Model Building and Energy

Refinement

PARAMETROS:

•FF

•GAFF

•GLYCAM

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Programas:

LEaP is used for preparing input files for the simulation programs

Antechamber automates the process of parameterizing small organic molecules using GAFF

sander is the central simulation program and provides facilities for energy minimization and molecular dynamics with a wide variety of options

nmode calculates normal modes MM-PBSA allows for implicit solvent calculations on

snap shots from molecular dynamics simulations

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CHARMM

Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics force field

Usa tanto para moleculas pequeñas como para complejos macroleculas biologicas.

La versión comercial de CHARMM, llamada CHARMm

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CHARMM22 Proteínas CHARMM27 ADN – ARN – LIPIDOS

CHARMM27/ CHARMM22 : INTERACCIONES

PROGRAMAS : SIMULACION

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MMFF94

Estudio de las interacciones del receptor-ligando. Esto requiere la predicción de las energías

conformacionales y buena predicción de geometrías moleculares

Evitando modelamiento de conformaciones incorrectas del ligando - receptor

Interacciones modelo de van der Waals. Su método mejora el el potencial de Lennard-Jones .

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Campos de Fuerza de Segunda Generación

CFF Variedad Compuestos orgánicos MMFF (Merck) MM2,MM3,MM4 (Allinger)

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Campos de Fuerza polarizables basados en cargas puntuales

PFF( Polarizable Force Field) DRF90( Van Duijnen) SP-Basis Chemical Potential Equalization

(CPE) approach (Chelli & Procacci) CHARMM Polarizable Force Field (Brooks) AMBER Polarizable Force Field

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Campos de Fuerza polarizables basados en multipolos distribuidos

SIBFA (Sum of Interactions Between Fragments Ab initio computed)->moléculas pequeñas y proteínas flexibles)

AMOEBA. ORIENT (procedimiento desarrollado por

Stone) Non-Empirical Molecular Orbital (NEMO).

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Campos de Fuerza polarizables basados en DENSIDAD

Gaussian Electrostatic Model (GEM). (basado en ajuste de densidades)

Procedimiento polarizable basado en la aproximación de Kim-Gordon approach (Hutter)


Agregados supra moleculares

Agregados supra moleculares

chaperonas moleculares

chaperonas moleculares

Musculacion Bases Moleculares

Musculacion Bases Moleculares

INDAGATIO Nº10 - unife.edu.pe · transformar la energía química en energía luminosa mediante complejos me-canismos moleculares. El sistema diseñado por Eduardo Mayoral utilizaría

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ORBITALES MOLECULARES 2011B

ORBITALES MOLECULARES 2011B

Bases Moleculares Hematopoyesis

Bases Moleculares Hematopoyesis

GEOMETRÍAS MOLECULARES

GEOMETRÍAS MOLECULARES

HERRAMIENTAS MOLECULARES

HERRAMIENTAS MOLECULARES

MARCADORES MOLECULARES Breve revisión de los marcadores moleculares

MARCADORES MOLECULARES Breve revisión de los marcadores moleculares

Modelos moleculares

Modelos moleculares

Esquemas moleculares

Esquemas moleculares

Aspectos Moleculares de...

Aspectos Moleculares de...

Tamices moleculares

Tamices moleculares

Basejgys Moleculares

Basejgys Moleculares

Necrosis - Bases Moleculares

Necrosis - Bases Moleculares

MARCADORES MOLECULARES

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INTERACCIONES MOLECULARES

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Enfermedades Moleculares

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