La historia se centra en la rebelin de un grupo de seres marginados, reunidos en una ciudad pequea llamada Canudos (Brasil) que lucharn contra la Repblica, recin instaurada, creyndola que era el Anticristo.

La novela inicia la historia de Antonio el Consejero, un hombre muy flaco, y misterioso que recorra el Sertn de Baha, predicando la palabra del Buen Jess y anunciando la llegada del fin del mundo. Era seguido por un grupo de hombres; en cada pueblo que entraba restauraba iglesias y cementerios. En su caminar se le unieron: Joo Abade, un cruel cangaceiro que era buscado por la polica. Joo Grande, un negro errante que haba matado a la mujer que lo cri; Antonio, el Beatito, joven con vocacin religiosa y un gran amor por el prjimo; Paje, cangaceiro con una enorme cicatriz que le dibujaba la cara por completo; Antonio Vilanova, comerciante que haba cado tres veces en la ruina econmica; el Len de Natuba, un ser deforme y pequeo, que caminaba como animal, tena una hermosa letra y que posteriormente se convirti en el escriba de Canudos; Mara Quadrado, mujer que haba peregrinado a Monte Santo por haber matado a su pequeo hijo; y otros seres desposedos.

El Consejero y toda su gente se asent en Canudos, la tierra prometida, que era llamada Belo Monte; construyendo un gigantesco templo de piedra para el Buen Jess. Rechazaban elmatrimonio civil, la separacin de la iglesia del Estado, el censo, el dinero, el sistema mtrico decimal. Pasaron as los primeros aos y cuando se enteraron las autoridades de esta situacin enviaron una comitiva para buscar al dirigente de la rebelin. Los pobladores de Canudos Se hacan llamar yagunzos, por ser alzados- los corrieron, dndoles una buena paliza.

Esta escaramuza provoc el envo de un centenar de soldados para el exterminio de Canudos. Esta primera expedicin estuvo dirigida por el Teniente Pires Ferreira. Acamparon en Uau y los yagunzos salieron a su encuentro. Los soldados descansaban y cuando vieron a lo lejos una procesin de gentes miserables, no se preocuparon por nada. Todos los yagunzos les caen encima ganando, de esta manera, su primera gran batalla.

Por otro lado, en Salvador o Baha andaba un hombre rubio, tocando crneos, era Galileo Gall, revolucionario y frenlogo escocs. A l le llega una orden de expulsin del pas, por ser un extranjero indeseable; as que antes de ser expulsado decide solidarizarse con Canudos, lugar en el que vea como prosperaba una sociedad libre. Para esto va al diario El Jornal de Noticias, donde conoce a su director y presidente del Partido Republicano Progresista, Epaminondas Gonalves. El anuncio que desea publicar no puede salir impreso. Tiempo despus Gonalves le propone llevar armasa Canudos, le pagara bien y lo ayudara a salir del pas. Gall acepta, pero por cuestiones ideolgicas.

Galileo Gall busca un pistero llamado Rufino, para que lo lleve a Canudos. ste acepta, pero se va con la gente del ferrocarril de Jacobina. El revolucionario guarda las armas, que estaban en una carreta, en la casa del pistero. Pero se las roban e intentan matarlo, despus de esta situacin se abraza fuertemente con Jurema, esposa de Rufino. Ella despierta sus deseos sexuales y la viola. Pasados unos das es visitado por Caifs, hombre de Gonalves que le confiesa que l haba robado las armas e intenta matarlo pues su jefe necesitaba un hombre muerto con sus caractersticas fsicas para hacerlo pasar como un ingls. Gracias a este muerto y las armas de marca inglesa, armara una tetra para acusar al Barn Caabrava, Jefe del Partido Autonomista, de conspiracin y de querer restaurar la monarqua, ayudado por Inglaterra. Caifs estuvo a punto de matarlo, pero Jurema lo salv y cuando Gall intenta hacer lo mismo, Jurema se lo impide. Ambos huyen en una mula; el revolucionario era casi ya un cadver.

Por esos das haba llegado a Queimadas la segunda expedicin contra Canudos. Este nuevo ejrcito lo diriga el Mayor Febronio de Brito, que tena a cargo a ms de quinientos hombres, dos caones Krupp y dos ametralladoras. Al acampar en Mulung, todos los guas, pisteros y cargadores se escaparon y fueron a pedirle perdn al Consejero por haber servido al Can.

La lucha comenz en las faldas de Cambaio, los yagunzos caan y perdan terreno. Tiempo despus huyen rumbo a Canudos. Los soldados creyendo que haban ganado, se tiraron al suelo, abrindose sus ropas y zapatos. Mientras tanto en Belo Monte se reunieron hombres, mujeres, nios, ancianos y fueron en bsqueda de los ateos. Los sorprendieron descansando y los mataron. Es la segunda gran victoria yagunza.

Canudos haba comenzado a crecer y todos los das llegaban miles de peregrinos. El Beatito los reciba y vea si eran los elegidos; Antonio Vilanova reparta los lotes para que las familias construyan sus casas; Joo Grande se convirti en el Jefe de La Guardia Catlica, que tena por misin cuidar al Consejero; Mara Quadrado, La Madres de los Hombres, tena a cargo el Coro Sagrado, conformado por ocho beatas, que cocinaban, lavaban y cuidaban al Consejero.

Por otro lado, Gall estuvo a punto de morir y el circo del Gitano lo acogi junto a Jurema; la barbuda, el idiota y el enano -sobrevivientes del circo- organizaban sus funciones para sobrevivir. En Ipupiar son alcanzados por Caifs, pero esta vez no intent matarlo, slo le cort su cabellera. Los hombres que acompaaban a Caifs desenterraron a un loco que se suicid despus de haber matado a sus dos hijos para hacerlo pasar por Gall. La cabellera y el loco serviran para coartada de Gonalves.

Rufino haba comenzado a buscar a su esposa y al revolucionario para cobrar venganza y limpiar su honor. Antes de comenzar su empresa va a la hacienda del Barn de Caabrava para romper una promesa y poder matar a Jurema. En estas circunstancias el Barn se enterar del montaje de Gonalves; manda a buscar al revolucionario; era su mejor arma para echar por los suelos las artimaas de su rival poltico.

El Partido Republicano Progresista present un cadver carbonizado y una cabellera rubia, decan que era un agente ingls, que haba sido atrapado con armas de marca inglesa y que el Barn apoyaba una conspiracin en contra de la Repblica. Gonalves hizo creer a todos su versin; logrando que el Sptimo Regimiento dirigido, por el Coronel Moreira Csar - llamado el cortapescuezos por haber degollado a ms de un centenar de personas en un levantamiento se convirtiera en la tercera expedicin hacia Canudos.

El Periodista miope, hombre de aspecto caricaturesco, que fumaba opio y sufra de estornudos, viaj con Moreira Csar, como corresponsal del Diario El Jornal de Noticias, donde trabajaba. En el camino Moreira Csar sufre un taque de convulsiones. l necesitaba un lugar cmodo para descansar y reponerse y es llevado a Calumb, hacienda del Barn de Caabrava, a sabiendas que el republicano Moreira se molestara. En Calumb, Moreira y el Barn de Caabrava mantienen una fuerte discusin sobre la conspiracin, luego contina la marcha y hace llegar su regimiento a Canudos. Cuando ve que las cosas no van bien, toma su caballo para dirigir el ataque, pero cae herido por un proyectil. Es operado urgentemente y antes de morir se entera que su regimiento est perdiendo terreno; ordena un nuevo ataque, pero su Estado Mayor no obedece sus rdenes. Con mucha clera ordena al Periodista miope redactar un acta del hecho.

Los yagunzos comienzan a ganar y todo el regimiento huye. El Periodista miope en su huda se encuentra con el Padre Joaquim cura que serva de informante a Canudos y provea de medicina e informacin sobre las expediciones-. Estaba amarrado, cuando lo desata lo sigue a Canudos, donde conoce a Jurema, mujer que haba visto morir a su esposo, Rufino y Galileo Gall, en una sangrienta pelea.

Rufino haba encontrado a su esposa, pero no a Gall que haba sido llevado ante el Barn (ste lo deja libre y le da a Ulpino, un pistero para llevarlo a un lugar seguro) Rufino, llevando a Jurema, inicia nuevamente la bsqueda del revolucionario. Ulpino, su amigo, le dice el paradero dnde dej a Gall.

Paje y un grupo de yagunzos van a la hacienda de Calumb, propiedad del Barn de Caabrava y le comunican que la van a quemar porque la tierra de tanto sudar merece descansar. Este hecho provocar una honda tristeza en el Barn y la locura de Estela, su esposa, cuando ve que se quema en Calumb gran parte de su vida.

El Periodista miope conoce a Jurema en Canudos; Paje se enamora de la mujer con nombre de flor, pero ella no siente amor por l. En una situacin difcil, el miope y Jurema descubren el amor con grandes dosis de erotismo. Cuando sucede esto Jurema se haba convertido en los ojos del Periodista miope, ste haba roto sus gafas. Tambin se convirti en una especie de madre para El Enano.

Canudos se haba llenado de trincheras por todos lados. Los hombres luchaban y dorman en ellas defendiendo Belo Monte. El templo del Buen Jess serva de parapeto para los yagunzos que desde sus torres disparaban sin cesar. As esperan la ltima expedicin del General Artur Oscar que dirige, un ejrcito de cinco mil hombres armados hasta los dientes. Este ejrcito tena un enorme can que los yagunzos lo llamaron La matadeira. Este cann provocar gran destruccin en la ciudad santa. Varias veces intentaron destruirlo pero fallaron.

As comienza la guerra del fin del mundo, una guerra sin reglas; ganar un milmetro de terreno significaba un gran triunfo. Ambos bandos tenan miles de bajas. El ejrcito pidi refuerzos; mientras en Canudos, Joo Abade, Paje, Joo Grande, jefes mximos de la resistencia, luchaban contra los enviados del Perro; Antonio Vilanova provea de alimentos y municiones a los yagunzos. Los nios eran utilizados como mensajeros, se les llamaba prvulos.

Llega un momento en que Belo Monte se convierte en unas cuantas calles, por el gran avance del ejrcito. ste logr apoderarse de la nica laguna que abasteca de agua a Canudos. Todo faltaba en la tierra santa y los yagunzos slo eran huesos; los prvulos se deslizaban en las noches a robar agua, pocos regresaban, el resto mora a balazos. El agua era para los yagunzos de las trincheras, as podan resistir y seguir luchando unos da ms.

Los ataques no paraban y cada da eran ms los muertos; los yagunzos los enterraban con un trozo de madera sta se haba acabado en Belo Monte- para que sean bien recibidos por El Padre. Del otro lado, los soldados se desintegraban en plena tierra. Su hospital estaba lleno de cientos de enfermos y heridos que eran engaados, prometindoles su pronta curacin. Aqu muere Pires Ferreira, por pedido suyo, de un tiro en la sien que le dio el joven mdico Teotnio Leal Cavalcanti.

Das antes de la cada de Canudos muere el Consejero. Sus hombres ms allegados acordaron enterrarlo en el Santuario y decirle a los yagunzos que subi al cielo en cuerpo y alma, porque si les decan la verdad no resistiran la noticia. El Consejero en sus ltimas horas manda a llamar a Antonio Vilanova y lo hace prometer que recorriera el mundo enseando la palabra del Padre. Vilanova escapa junto con su familia, el Periodista miope, Jurema y el Enano. Para esto Paje va a lado contrario a entretener a los soldados para que Vilanova escape por el ro. Antes de volver a Canudos es herido y apresado por el Soldado Queluz.

El caboclo Paje es devuelto a las trincheras decapitado. Das despus el Beatito logra cruzar el crculo yagunzo y va al lado de los soldados a rogar por la vida de las mujeres y nios de Canudos. Los soldados acceden al pedido. Los yagunzos los acribillan cuando cruzan el cerco, llamando a este hecho las muertes piadosas. Los matan para que no los humillen y corten el cuello, como lo hicieron con Paje.

Luchan hasta el final, pero Canudos no pudo resistir ms y el crculo fue roto por los soldados; murieron ms de tres mil soldados y veinticinco mil yagunzos. Cuando todo estaba destruido obligaron al Beatito a llevarlos al lugar donde estaba enterrado el Consejero. El Beatito les indica el lugar por temor que lo coloquen en medio de una jaura (los perros entraban a Canudos a devorar muertos) y su cuerpo sea llevado por pedazos al infierno por los mensajeros del Can. Profanaron la tumba del Consejero y lo decapitan. Su cabeza es llevada para estudios posteriores, pero sta acabar en el fondo del mar. El Beatito es degollado y enterrado junto al cuerpo sin cabeza del Consejero.

En este panorama desolador el coronel Geraldo Macedo, un cazador de bandidos busca insistentemente a Joo Abade, cangaceiro que haba perseguido por ms de una dcada. Pregunta a los pocos sobrevivientes por el paradero de Joo Abade y una ancianita le dice que lo subieron al cielo unos arcngeles.

El Barn de Caabrava se ala con Epaminondas Gonalves, y ste es llevado a la gobernacin de Baha. Esta jugada la realizan para que no sean absorbidos por los federales y poder seguir manteniendo autonoma de Baha y todas sus propiedades.

Tiempo despus de la cada de Canudos el Barn de Caabrava recibe la visita del periodista miope que acude a l, para pedirle trabajo en su diario. Ambos mantienen una larga conversacin sobre Canudos y su rebelin. El Periodista miope no quiere que la historia de la guerra de Belo Monte se olvide; ahora l vive con Jurema y el Enano.

El Barn de Caabrava se ha retirado de la poltica y vive sus ltimos das en su casa junto con su esposa Estela, que no recuper la razn. Despus que el Periodista miope se retira de su casa, se dirige al cuarto de su esposa que duerme junto con la mucama negra, sebastiana; y viola a esta ltima mujer en presencia de su esposa.