Cytoscape: plugin BINGO

Cytoscape: plugin BINGOInstituto Tecnologico de La PazBioinformaticaCalixto Heredia Lidda MariamPluginsUna de las grandes cualidades de Cytoscape es que es de cdigo abierto, por lo que cualquier usuario puede aportar nuevas herramientas creando un plugin y distribuyndolo.

Esto ha convertido a Cytoscape en una aplicacon muy poderosa con multitud de utilidades para resolver.BINGOLa herramienta Biological Networks Gene Ontology (Bingo) Herramienta de Java de cdigo abierto, calcula trminos GO en la red y los muestra como una red de GO en trminos significativos.Bingo se puede utilizar ya sea en una lista de genes, pegada como texto, o de forma interactiva en subgrafos de redes biolgicas visualizados en Cytoscape.

Que es GO? El proyecto de ontologa de genes (GO) es un esfuerzo de colaboracin para hacer frente a la necesidad de descripciones coherentes de productos gnicos a travs de bases de datos.

Fundado en 1998, el proyecto comenz como una colaboracin entre tres bases de datos organismo modelo, FlyBase (Drosophila), la base de datos del genoma Saccharomyces (SGD) y la base de datos del genoma del ratn (MGD).Que es GO?El Consorcio GO (GOC) ha crecido desde entonces para incorporar muchas bases de datos, entre ellos varios de los principales repositorios del mundo para plantas, animales, y de los genomas microbianos. Ha desarrollado tres, vocabularios estructurados controlados (ontologas) que describen productos genticos en trminos de sus procesos biolgicos asociados, componentes celulares y moleculares funciones de manera independiente de la misma especie. Bibliografiahttp://geneontology.org/http://www.psb.ugent.be/cbd/papers/BiNGO/Home.htmlhttp://www.psb.ugent.be/cbd/papers/BiNGO/Tutorial.html