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Hay un hecho de singular trascendencia que marcó una nueva época en la vida de nuestra Diócesis y fue la creación del Seminario Mayor San José.La Diócesis como sabemos ha sido siempre bendecida con abundantes vocaciones. Desde su creación no han faltado aspirantes al Sacerdocio que hasta ese momento se formaban en el Seminario Mayor de Bogotá.Por el año 1979 en Bogotá la diócesis contaba con un buen número de seminaristas ( 55) y tres más que adelantaban sus estudios en el Seminario Nacional de Cristo Sacerdote en la Ceja ( Ant.). Finalizando el año el Señor Cardenal Arzobispo de Bogotá, Mons. Aníbal Muñoz Duque comunicó que el cupo del Seminario No permitía recibir más seminaristas de nuestra diócesis. Era un momento difícil y se hacía urgente conseguir cupo en otro Seminario para unos treinta seminaristas de primero y segundo de Filosofía.

Gracias a Dios se encontró pronto una solución favorable para el año 1980. En Tunja fueron muy bien acogidos los treinta seminaristas por el Señor Arzobispo, Mons. William Augusto Trujillo Arango y por el Rector, Padre Álvaro Jarro Tobos.Se veía claramente que el progresivo aumento de las vocaciones y la perspectiva de su ascenso hacían pensar en una solución definitiva, la de tener un Seminario Mayor propio. Es así como se estudian varias propuestas hasta llegar a la adoptada. La solución consistió en comprar a la comunidad de los padres Eudistas las edificaciones que ellos tenían en Tocancipá y que habían sido su Seminario Menor; y trasladar allí el Menor de la diócesis y el edificio de Zipaquirá acomodarlo para que comenzara a funcionar el Seminario Mayor.

Los fundadores fueron 19 alumnos de Zipaquirá, 7 de Facatativá, 3 de Girardot, todos ellos internos, estos son sus nombres: Jairo Pinzón, Luis Alfonso Castellanos, Carlos Alfredo Roncancio, Emilio Sánchez, Víctor Hugo Rodas, Bonifacio Arias, Olmán Velásquez, Luis Eduardo Beltrán, José Antonio Ortega, Octavio Lobo, Germán Ernesto Montoya, Javier Orlando Parra, Héctor Fernando Rodríguez, Abel Díaz, Ciro González, Mauricio Gantiva, Carlos Gómez Londoño, Alirio Brand, Fabio Rodríguez, Jaime Vallejo, Fernando García, Hernando Eliseo Beltrán, Hernán Villalba, Carlos Varón, Juan Francisco Tinjacá, Francisco Jiménez, Manuel Rodríguez, Alonso Cuervo y Ruperto Romero. De este grupo, 19 recibieron años más tarde el Presbiterado. Como externos se matricularon también para primero de filosofía 4 religiosos Terciarios Capuchinos, cuya residencia estaba en Cajicá.

Desde un principio el Seminario Mayor contó con la valiosa colaboración de las Hermanas Auxiliares Sacerdotales del Santísimo Sacramento, para la buena marcha de la casa.Invitó a toda la comunidad diocesana para emprender esta obra magna; En una carta escrita de enero de 1980 dirigida a toda la diócesis sobre el Seminario manifestaba: "cuando la obra es de todos, la obra gigante, sin dejar de serlo, será llevadera y realizable". Y pedía allí explícitamente la colaboración con la oración y el aporte material, añadía: "Cuando pensamos en dónde hacer el Seminario y cómo hacerlo, aparecen varias posibilidades de lugar; pero todas ellas requieren fuerte sumas de dinero del orden de decenas de millones. Este aspecto nos asusta... y no nos asusta. Nos asusta cuando pensamos en obra de hombres, que la diócesis no tiene dinero, que nuestros diocesanos son pobres, etc.; pero no nos asusta, cuando pensamos que somos hombres de fe, que esta es una obra de Dios, de la Iglesia, y que todos, con esta visión de fe le vamos a poner el hombro y, más que el hombro, nuestra oración, nuestra vida de testimonio y el granito de arena que Dios bendecirá”.

En abril del mismo año 1980 envió una carta a cada una de las familias de la diócesis, recordando que la obra de las vocaciones en la Iglesia, en la diócesis es la obra prioritaria. Desde ese momento pensó el Señor Obispo en mandar a preparar a los sacerdotes para la formación de los futuros pastores.Monseñor Rubén vivía pendiente de sus Seminarios ( Mayor y Menor). Asistía a las reuniones con los superiores, dio por un tiempo la cátedra de Introducción al Derecho Canónico y orientaba además seminarios de vida consagrada y de administración parroquial. Acompañaba al equipo en la planeación del año académico y se hacía presente en las fiestas y acontecimientos más importantes de la vida de la comunidad. Siempre se mostró celoso frente a las críticas que se hacían al Seminario.

En 1980, Mons. Rubén Buitrago Trujillo, al ser el tercer Obispo de Zipaquirá, pidió a la Provincia de Canadá de la Compañía de los Padres de San Sulpicio fundar un primer seminario en su diócesis. Al aceptar esta invitación, la Provincia de Canadá nombró como primer rector al Padre Alfredo Botero Maya, p.s.s., quien asumió en Enero de 1981 la dirección del Seminario con un equipo compuesto de Sulpicianos y de Sacerdotes de la Diócesis.

Durante el primer año, el Seminario acogía a 28 seminaristas y alcanzaba aproximadamente a 130 hacia el final de los años 1990. Los rectores han sido los Padres Carlos Ballén, p.s.s. (1987) y Manuel Bautista, p.s.s. (1994).

El Seminario fue dirigido por Padres Sulpicianos durante 18 años, hasta el final del año de 1999. Después, los sacerdotes de la Diócesis de Zipaquirá en cabeza del cuarto Obispo, Mons. Jorge Enrique Jiménez Carvajal (1992- 2004) asumieron la dirección del Seminario. Como rectores entonces se tuvo: En primer lugar Mons. Daniel Caro Borda , luego le sucedió Mons. Julio Alfredo Castañeda Rozo .

En diciembre de 2007, el Consejo provincial aceptó responder a un pedido del nuevo Obispo, Mons. Héctor Cubillos, actual Obispo, de una colaboración puntual con la Diócesis de Zipaquirá. Posteriormente, el Consejo provincial nombró al Padre Hernando Chitiva, p.s.s., como rector a partir de enero de 2008. Y Desde Enero de 2011, el Padre José María Castro, p.s.s., como nuevo rector, asegura la animación del Seminario. El equipo de formadores está integrado por seis padres de la diócesis. A saber: el Padre Jorge Enrique Malpica, el Padre Fernando Quiroga, el Padre William Antonio Cárdenas, el Padre John Alexander Nova, el Padre Jonny Hernán Torres, también se cuenta con el servicio y el apoyo de Mons. Carlos Gómez, y el Padre Juan Manuel Beltrán quienes viven en la casa y son formadores externos.