REDES TEMÁTICAS DE INVESTIGACIÓN COOPERATIVA

Red de Genotipación y Psiquiatría Genética

“Plataforma de genotipación para la identificación de factores genéticos implicados en la

susceptibilidad y en la respuesta farmacológica de las enfermedades mentales”

Angel Carracedo

Fundación Galega de Medicina Xenómica-SERGAS

Grupo de Medicina Xenómica-USC

BiomedicalBiomedical R&DR&D fundingfunding vsvs drug drug registrationregistration

L.JL.J. . LeskoLesko & J. & J. WoodcockWoodcock NatNat RevRev Drug Drug DiscovDiscov (2004)(2004)

LimitedLimited therapeutictherapeutic efficacyefficacy in in manymany TAsTAs

TheThe druggabledruggable genomegenome

¿qué es la fiebre?

¿y la migraña? ¿y la esquizofrenia?

Una de las mayores razones de la falta de eficacia en el tratamiento es que muchasenfermedades son en realidad síndromesde etiopatogenia no bien conocida y de naturaleza polifactorial y multigénica(enfermedad genéticamente compleja-QTLs)

¿cómo el análisis de la variación puedeayudarnos a conocer el componente genético de la enfermedad compleja?

99.9% idénticos

SNP: SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM

ATCGGCGTACCTGATTCCGAATCCGTATCGATCGGCGTACCTGAATCCGAATCCGTATCG

Distribución: 1 cada 300bp

10 millones de SNPs en el genoma humano

Tasa de mutación: 10-7

Aproximadamente 7,000,000 de SNPs con frecuencias validadas en bases de datos públicas y privadas

p12 p11 q11 q12 q13.1 q13.2 q13.3 q13.4p13.1Chr. 19

XRCC1

0

SNPs

CALM3DMAPOEGenes

1000 2000 3000 4000Kb

Desequilibrio de ligamiento entre poblaciónsana y afecta

Human Genetic Association Study Design

Disease ResponderAdversory reactions

Affected people

Control Non-responderNo adversory reactionsNot affected people

Allele 1 Allele 2

Marker A is associated with

Phenotype

Marker A:

Allele 1 =

Allele 2 =

Anatomy of Chromosome 6 LD Blocks

Caucasian LD Blocks African LD Blocks

HapMap and MapVar project

Association studiesCandidate gene approach

-Causative hypothesis or candidate genes (differential expression)

-Genes can be too numerous

-Bias towards specific genes

Whole genome scans

-No need of gene selection

-Regions of genomes rather than genes

-SNP density/Number of samples-Power of the studies

Concordance for Lifetime Risk of Schizophrenia

0% 10% 20% 30% 40% 50%

general population

1st cousins

uncles/aunts

nephews/nieces

grandchildren

half siblings

parents

siblings

children

fraternal twins

identical twins

shared DNA

100%

50%(1st-degree

relatives)

25%

12.5%

Numero estimado de pacientes para el estudio de asociaciNumero estimado de pacientes para el estudio de asociacióón con n con la enfermedadla enfermedad

NECESIDAD DE REDESNECESIDAD DE REDES--DEFINICIDEFINICIÓÓN DEL FENOTIPON DEL FENOTIPO

CRGCRGIMIMIMIMUPFUPFCSUBCSUB

Univ. ValenciaH. Ribera d’Alzira

Univ. Univ. IllesIlles BalearsBalearsH. Son H. Son DuretaDureta

Univ. Univ. SantiagoSantiago

FundaciFundacióón Hospital Carlos Hayan Hospital Carlos HayaH. San Juan de DiosH. San Juan de Dios

ConsorciConsorci H. H. ParcParc TaulTaulííH. H. MMúútuatua de Terrassade Terrassa

Univ. Rovira i VirgiliInstitut Pere MataH. de Sant Joan

Fundación Jiménez DíazUAM

H. Ramón y Cajal

ESTRUCTURA ORGANIZATIVA DE LA RED (1)ESTRUCTURA ORGANIZATIVA DE LA RED (1)

NodosNodosparticipantesparticipantes

SANTIAGO DE COMPOSTELASANTIAGO DE COMPOSTELAUnidadeUnidade dede

Medicina MolecularMedicina Molecular

BARCELONABARCELONACentre de Centre de RegulaciRegulacióó GenòmicaGenòmica

PlataformasPlataformasde de genotipadogenotipado

ESTRUCTURA ORGANIZATIVA DE LA RED (1)ESTRUCTURA ORGANIZATIVA DE LA RED (1)

NodosProyectos deInvestigación Financiación de los

ProyectosCompartidos con otros nodos

Totales % Nº de PI Nº de Nodos Copartícipes

Nodo 1- CRG 7 9 1.748.754CT-2004-508755/

MEIF-CT-2003-501526 /SAF2002-00799 / CO3/07/ GE /

GE-GC/ 014330

Nodo 2, Nodo 3, Nodo 4, Nodo 5,Nodo 6, Nodo 7, Nodo 8, Nodo 9,

Nodo 10 y Nodo 11

Nodo 2- USC 5 7 1.484.250GE / PGIDIT04PXIC20802PN /UE-GRD / Xunta de Galicia / 4

PN - 2001-PGC

Nodo 1, Nodo 3, Nodo 4, , Nodo5, Nodo 6, Nodo 7, Nodo 8, Nodo

9, Nodo 10 y Nodo 11

Nodo 3- IMIM 5 7 128.1302004ARCS1 00012/ SANCO

790788* / IMAS: nº 255/Maratón-TV3 / Maratón-TV3

Nodo 1, Nodo 2, Nodo 4, Nodo 5,Nodo 6, Nodo 7, Nodo 8, Nodo 9,

Nodo 10 y Nodo 11

Nodo 4-HCH 3 4 107.000 G03/184 / G03/098 /SAF00200-2003 / SAS128/2003

Nodo 1, Nodo 2, Nodo 3, Nodo 5,Nodo 6, Nodo 7, Nodo 8, Nodo 9,

Nodo 10 y Nodo 11

Nodo 5- HRyC 5 7 329.13101/0077-02 / G03/179 / CAM 08 /

SAF2003-05048 /FI6R-CT-2003-508842

Nodo 1, Nodo 2, Nodo 3, Nodo 4,Nodo 6, Nodo 7, Nodo 8, Nodo 9,

Nodo 10 y Nodo 11

Nodo 6-FMV 7 9 127.762

GV01-93 / 169/2002 / 020018 /FIS 01/ 0890 /

SAF2000-0082-C02-02 /ISCIII2003-G03/056-2 /

Conselleria

Nodo 1, Nodo 2, Nodo 3, Nodo 4,Nodo 5, Nodo 7, Nodo 8, Nodo 9,

Nodo 10 y Nodo 11

Nodo 7-CSUB 5 7 221.313Marató TV3/ FIS 01/1558 /

PI020102 / PI030010 /IST2000-25026

Nodo 1, Nodo 2, Nodo 3, Nodo 4,Nodo 5, Nodo 6, Nodo 8, Nodo 9,

Nodo 10 y Nodo 11

Nodo 8-CSPT 6 8 76.364Lundbeck1/ Janssen1/

Bristol-Myers-Squibb SL.1/Lundbeck2 / Lundbeck3/ FIS

(G03/098)

Nodo 1, Nodo 2, Nodo 3, Nodo 4,Nodo 5, Nodo 6, Nodo 7, Nodo 9,

Nodo 10 y Nodo 11

Nodo 9- IPMR 5 7 450.352FIS (011605) / Marato 010510 /Marato 010610/ FIS PI020498/

03R-392

Nodo 1, Nodo 2, Nodo 3, Nodo 4,Nodo 5, Nodo 6, Nodo 7, Nodo 8,

Nodo 10 y Nodo 11

Nodo 10-UPF 7 9 1.012.214

FIS01/1229/ SAF2001/3941 / F.Jerome Lejeune1/ GE_GC /ORPHANET/ PI021009/ GE/

SAF2004/6832

Nodo 1, Nodo 2, Nodo 3, Nodo 4,Nodo 5, Nodo 6, Nodo 7, Nodo 8,

Nodo 9 y Nodo 11

Nodo 11-FPPM 4 5 44.265BS 02003-06904-C03-03 / Gob IB003479-014/Gob IB 003885- 015/

/Gob IB 87/2003

Nodo 1, Nodo 2, Nodo 4, Nodo 4,Nodo 5, Nodo 6, Nodo 7, Nodo 8,

Nodo 9 y Nodo 10

Proyectos de la RED (Todoslos nodos) 16 21 2.382.609 G03/184

Nodo 1, Nodo 2, Nodo 3, Nodo 4,Nodo 5, Nodo 6, Nodo 7, Nodo 8,

Nodo 9, Nodo 10 y Nodo 11TOTAL 75 100 8.112.144

Fondos concedidos para la realizaciFondos concedidos para la realizacióón de proyectos n de proyectos colaborativoscolaborativos

PLAN ESTRATPLAN ESTRATÉÉGICO ORIGINAL (1)GICO ORIGINAL (1)

Objetivos 1ª Anualidad-2003 2ª Anualidad-2004 3ª Anualidad-2005

E F M A M J J A S O N D E F M A M J J A S O N D E F M A M J J A S O N D

1. Desarrollo de UnidadesCoordinadas de

Genotipación (UCG)

2. Creación de un banco demuestras de patología

psiquiátrica

3. Creación de un banco dedatos clínicos

4. Evaluación delcomponente genético

hereditario

5. Genotipación de variantesen genes candidatos

Fase de Desarrollo e implementación

Fase de Explotación o uso conjunto

Desarrollo de las Unidades Coordinadas de Desarrollo de las Unidades Coordinadas de GenotipaciGenotipacióónn (2)(2)

Tareas Nodosparticipantes

1ª Anualidad-2003 2ª Anualidad-2004 3ª Anualidad-2005

E F M A M J J A S O N D E F M A M J J A S O N D E F M A M J J A S O N DContratación de personal

especializado 1 y 2

Visitas a centros yplataformas para escoger

tecnología apropiada1 y 2

Adquisición de equipos 1 y 2

Elaboración yestandarización de

protocolos de trabajo1, 2 y 9

Entrenamiento en el manejode los equipos 1 y 2

Implementación de latecnología SNPlex 1 y 2

Optimización de laamplificación genómica 1, 2 y 9

Optimización cuantificaciónde DNA (Picogreen) 1

Implementación tecnologíaSequenom 2

Implementación tecnologíaDHPLC 1

Implementación tecnologíaPyrosequencing 1

Optimización extracciónautomática de DNA 1 y 2

Tarea pendiente de ejecución

Tarea finalizada

CreaciCreacióón de un banco de muestras de pacientes y controles (2)n de un banco de muestras de pacientes y controles (2)

Tareas Nodosparticipantes

1ª Anualidad-2003 2ª Anualidad-2004 3ª Anualidad-2005

E F M A M J J A S O N D E F M A M J J A S O N D E F M A M J J A S O N DElaboración de un

documento de acuerdosobre uso de muestras

biológicas

1, 2, 4, 5

Inventario exhaustivo demuestras disponibles

3, 4, 5, 6, 7, 8, 9,10 y 11

Elaboración de protocolosespecíficos para cada

patología

3, 4, 5, 6, 7, 8, 9,10 y 11

Elaboración de undocumento común de

Consentimiento informado eInformación al paciente

9

Estandarización y consensode protocolos comunes

3, 4, 5, 6, 7, 8, 9,10 y 11

Transformación de linfocitosde muestras control 9

Extracción de DNA depacientes psiquiátricos 1, 4, 5, 6, 9 y 11

Creación de una base dedatos clínicos común a todas

las patologías6 y 9

Creación de una base dedatos clínicos para

esquizofrenia6 y 9

Creación de una base dedatos clínicos para autismo 9

Creación de una base dedatos clínicos para

depresión postparto3 y 6

Validación de una base dedatos con tecnología

TELEFORM3

Creación de una base dedatos clínicos para APOE en

esquizofrenia9

Tarea pendiente de ejecución

Tarea finalizada

EvaluaciEvaluacióón del componente genn del componente genééticotico--hereditario (2)hereditario (2)

Tareas Nodosparticipantes

1ª Anualidad-2003 2ª Anualidad-2004 3ª Anualidad-2005

E F M A M J J A S O N D E F M A M J J A S O N D E F M A M J J A S O N DRecolección de nuevasmuestras de pacientes

con trastornospsiquiátricos

Autistas adultos 9 y 10

Autistas infantiles 3 y 10

Trastorno pordéficit de

atención conhiperactividad

3 y 8

Esquizofrenia 3, 4, 5, 6, 8 y 9

Trastornoobsesivo-compul

sivo5, 7 y 11

Trastorno bipolar 5 y 11

Trastorno depánico 3

Trastornos de laalimentación 7

Depresión Mayor 3 y 7

Absuso desubstancias 3

Juego patológico 5

Suicidio 5

Envío de DNAs a lasplataformas de

genotipado

Tarea pendiente de ejecución

Tarea finalizada

Identificar factores genIdentificar factores genééticos de susceptibilidad (2)ticos de susceptibilidad (2)

Tareas Nodosparticipantes

1ª Anualidad-2003 2ª Anualidad-2004 3ª Anualidad-2005

E F M A M J J A S O N D E F M A M J J A S O N D E F M A M J J A S O N D

Selección de genescandidatos 1

Selección de SNPs en genescandidatos 1 y 2

Genotipación de SNPs paraproyectos en el seno de la

Red1

Genotipación de SNPs paraproyectos en el seno de la

Red2

Validación de los genotiposobtenidos 1 y 2

Transferencia de datos a losinvestigadores 1 y 2

Análisis estadístico de losdatos 1 y 2

Tarea pendiente de ejecución

Tarea finalizada

Título Nodo coordinador Nodos participantes Financiación Estado

Análisis de asociación de haplotipos en los genesRGS4, DTNBP1, NRG1, G72 y DAAO con la

esquizofrenia en población española9 2, 4, 6 y 8 Red Finalizado

Estudio de los genes APOE, ESR1, ESR2 y COMT enrelación a la diferente expresión de la esquizofrenia en

hombres y mujeres9 2 y 8 Red / Fundació La Marató

TV3 Finalizado

Análisis de genes candidatos y de resonanciamagnética funcional en relación con las alucinaciones

auditivas en pacientes esquizofrénicos6 4 Red Genotipación

Marcadores de vulnerabilidad genética y neurobiológicade los trastornos esquizoafectivos en las Islas Baleares 11 Red Recogida de

muestras

Síndrome Velocardiofacial y trastornos psiquiátricos 8 1 y 9 Red Análisis estadístico

Análisis de variantes en BDNF y NTRK2 en trastornosalimentarios, trastorno bipolar, depresión mayor,

esquizofrenia y TOC1 3 y 7 Red / Genoma España Análisis estadístico

Espectro obsesivo-compulsivo y variantes en genesserotoninérgicos 5 1 y 7 Red Recogida de

muestras

Etiopatogènia del trastorn obsessiu-compulsiu: estudigenètic, neurofisiològic, neuropsicològic i de

neuroimatge estructural7 1 Red / Fundació La Marató

TV3 Genotipación

Análisis de la inversión 8p23 en el trastorno de pánico ytrastorno bipolar 1 3 y un grupo externo

(DeCode Genetics, Islandia) Red Finalizado

Estudio de polimorfismos del sistema cannabinoide enpacientes con abuso/dependencia de sustancias

psicoactivas4 3 Red Recogida de

muestras

Estudio de asociación de polimorfismos genéticos yrasgos de personalidad en el trastorno de pánico 3 1 Red Genotipación

Variables genéticas relacionadas con características individualesde los pacientes, factores farmacocinéticos y farmacodinámicos dela metadona en los pacientes adictos a opiáceos que no responden

al tratamiento con metadona.

3 1 Red / Fundació La MaratóTV3 Finalizado

Genes candidatos para el trastorno autista y el trastornopor déficit de atención con hiperactividad 3 1 Red Genotipación

Identificación de los factores genéticos implicados en lasusceptibilidad y desarrollo de los trastornos de la

conducta de alimentación: anorexia, bulimia y obesidad1 7 y un grupo externo (Univ.

Navarra) Red / Genoma España Genotipación

Factores predictores de mejoría genéticos y clínicos enlos trastornos de la alimentación 7 1 Red Genotipación

Cronobiología y genes reloj en trastornos afectivos:estudio de variantes en genes relacionados con el ritmo

circadiano en subtipos de depresión7 1 Red Recogida de

muestrasAproximación clínico-genética a la etiopatogenia del

trastorno del espectro autista (TEA) y del trastorno pordéficit de atención con hiperactividad (TDAH): estudiosde asociación y ligamiento mediante el genotipado a

gran escala de SNPs en genes candidatos

1 3, 4, 9, 10 y un grupoexterno (H. Valle Hebrón) FIS / Red Recogida de

muestras

Vulnerabilidad Genético-Ambiental a la depresiónposparto 6 1, 2, 3, 4, 5, 8, 9, 11 FIS / Red Genotipación

Estudio de vías funcionales en enfermedadespsiquiátricas 1 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 y 11 Red / Genoma España Genotipación

ContribuciContribucióón de cada grupo a la red (3)n de cada grupo a la red (3)

ColaboraciColaboracióón entre nodos de la red (5)n entre nodos de la red (5)

1 ; 2

3

4

5

6

78

9

10

11

IMIM

Málaga

Madrid

Valencia

CSUB

Sabadell

Reus

UPF

Mallorca

1 ; 2

3

4

5

6

78

9

10

11

IMIM

Málaga

Madrid

Valencia

CSUB

Sabadell

Reus

UPF

Mallorca

1 ; 2

3

4

5

6

78

9

10

11

IMIM

Málaga

Madrid

Valencia

CSUB

Sabadell

Reus

UPF

Mallorca

1 ; 21 ; 2

3

4

5

6

78

9

10

11

IMIM

Málaga

Madrid

Valencia

CSUB

Sabadell

Reus

UPF

Mallorca

Cada color corresponde a un proyecto y las flechas indican la interacción entre grupos

Genes: RGS4, DTNBP1, NRG1, G72 y DAAO

Asociación replicada en distintas poblaciones

Asociación con distintos haplotipos

Muestras: 608 casos/ 619 controles

Selección de SNPs: mapeo por LD

Genotipación:

Sequenom: 47 SNPs en 9 ensayos

Porcentaje de genotipos obtenido: 98.54%

Proyecto IGenes candidato en esquizofrenia: interacciones

Proyecto IIExpresión diferencial de esquizofrenia por sexo

Genes: APOE, COMT, ESR1, ESR2

Portadoras de APOE ε4 más temprana aparición

COMT asociación más fuerte en mujeres

Muestras: 661 casos/ 610 controles

Selección de SNPs: mapeo por LD

Genotipación: 52 SNPs por Sequenom

Proyecto III

Identificación de genes de vulnerabilidad a enfermedades mentales (SNPfun)

Selección genes (N=366):

Transmisión sináptica: receptores, transporte, metabolismo...

Crecimiento y diferenciación neuronal

Selección de SNPs

Posibles SNPs causales (mis-sense, non-sense, splicing sites, sitios de unión de factores de transcripción, regiones conservadas...) a frecuencias ≥ 5% en Caucasoides

SNPs adicionales en regiones reguladoras a frecuencias ≥ 5% en Caucasoides para análisis haplotípicos (mínimo de 3 SNPs/gen)

366 genes candidatos (16 vías funcionales) del SNC

Selección de genes candidato

noradrenalina (TH, MAO, COMT, ADRA2C, SLC6A2...)dopamina (DRD1, DRD2, SLC6A3, PPP1R1B...)neurotransmisores inhibidores (GAD1, GABRA1, GABBR1...)glutamato (GRIN2B, NOS1, GRIA2, SNAP25, GRM3, SLC1A2...)serotonina (TPH, HTR2A, HTR6, SLC6A4...)sistemas peptidérgicos (CRH, PENK, PDYN, CCK...)crecimiento y diferenciación neuronal (BDNF, EGF, RELN...)hormonas esteroideas (ESR1, REA...)receptores adrenales esteroideos (GRLL1, SERPINA6...)receptores opioides (OPRD1, OPRKL1...)receptores canabinoides (CNR1, FAAH...)receptores purinérgicos (ADORA1, ADORA2A...) sistemas colinérgicos (CHRNA7, CHMR2, ACHE...)Otros (FOXP2, GNB3...)

o Con diagnóstico de esquizofrenia (según DSM o ICD) o Con diagnóstico de trastorno de la alimentación (según DSM) o Con diagnóstico de trastorno de ansiedad (según DSM) o Con diagnóstico de trastorno bipolar (según DSM) o Con diagnóstico de depresión mayor (según DSM) o Con diagnóstico de trastorno obsesivo-compulsivo (según DSM) o Con diagnóstico de juego patológico (según DSM) o Con diagnóstico de intentos de suicidio (según DSM)

Selección de la muestra

o Selección basada en muestreo aleatorio de la población general o, en su defecto, selección de donantes de bancos de sangre

o Entrevista médica para descartar historia personal y familiar de patología psiquiátrica

Pacientes:

Controles:

En Santiago: 2000 muestras-1000 SNPs- 2M genotipos

Proyecto IVDepresión post-parto

Selección de genes

34 genes candidato implicados en neurotransmisión, eje hipotálamo-hipofisario y metabolismo de hormonas sexuales

Selección de SNPs

Mapeo por LD, aproximadamente 10 SNPs/gen (~500 SNPs)

Muestra

Cohorte de 2000mujeres deprimidas y no deprimidas en los 3 días posteriores al parto- 1M Genotipos

Principales resultados de la redPrincipales resultados de la red (4)(4)

1.1. Puesta en marchaPuesta en marcha de las Plataformas de de las Plataformas de GenotipadoGenotipado y creaciy creacióón n del Centro Nacional de del Centro Nacional de GenotipadoGenotipado (CEGEN).(CEGEN).

2.2. ElaboraciElaboracióón n de protocolos de trabajo clde protocolos de trabajo clíínico y experimental nico y experimental comcomúún para el estudio de la genn para el estudio de la genéética de las enfermedades tica de las enfermedades psiquipsiquiáátricas, que constituirtricas, que constituiráán las bases para nuevos proyectos n las bases para nuevos proyectos de investigacide investigacióón en genn en genéética psiquitica psiquiáátrica.trica.

3.3. Desarrollo Desarrollo de diversos proyectos de diversos proyectos colaborativoscolaborativos a nivel nacional e a nivel nacional e internacional sobre las bases geninternacional sobre las bases genééticas de enfermedades ticas de enfermedades psiquipsiquiáátricas de elevada tricas de elevada prevalenciaprevalencia y morbilidad.y morbilidad.

4.4. Lo mLo máás importante: Un cambio de concepto y de escala en el s importante: Un cambio de concepto y de escala en el abordaje de investigaciabordaje de investigacióón en enfermedades n en enfermedades gengenóómicasmicas: de un : de un nnúúmero bajo de muestras y de genotipos a una escala elevada y mero bajo de muestras y de genotipos a una escala elevada y competitiva.competitiva.

Coordination

NODE 1Barcelona

(CRG) (UPF)

NODE 2Santiago de

Compostela (USC)

NODE 3Madrid(CNIO)

Scientific International Committee Ethical International Committeel

Xavier Estivill

SNPlexAngel Carracedo

Sequenom / SNPlexJavier Benítez

Illumina

GeGen

Genotyping technologiesIlluminaIlluminaIllumina SNPlexSNPlexSNPlex TaqManTaqManTaqManSequenomSequenomSequenom

200200-- 5 SNPs5 SNPs 10 10 -- 1 SNPs1 SNPs1500 1500 -- 300 SNPs300 SNPs 400 400 -- 40 SNPs40 SNPs

Centro Nacional de Genotipado

Pre-genotyping

DNA extraction andquantification

Project designSNP selection based on:Function prediction•Previous LD•Known disease association

Pre-genotyping

DNA extraction andquantification

Project designSNP selection based on:Function prediction•Previous LD•Known disease association

Post-genotyping

• Data download• Format changes• Data analysis• Customer support

Post-genotyping

• Data download• Format changes• Data analysis• Customer support

Genotyping platforms:

Designs

Genotyping

Data checking

Coordination

Bioinformatics

BioinformaticsMathematicsAssociationstudiesResearchersResearchers

www.cegen.org

CEGEN-SANTIAGO• Director: Angel Carracedo• Supervisor: Chris Phillips• Manager Sequenom: María Torres• Manager SNPlex: Beatriz Sobrino• Bioinformatics: Jorge Amigo• Technicians: Inés Quintela, Begoña C., Carmen R

• Project managers:María Brión(oftalmology, cardiovascular)Xabi Costas (psychiatry, inflamation)M.J.Sobrido (neurology)Ana Vega-Toño Salas(cancer, anesthesia)

National Genotyping Center 2005• 4 pilot projects in 2004

• CeGen offered as service to the scientific community in Jan, 2005

• More than 40 projects

• Psychiatry (7 projects >4M genotypes)• Rheumathology (5 projects >3M genotypes)• Cancer (5 projects>3M genotypes)• Neurology (5 projects) (>2M genotypes)• Ophtalmology (3 projects)• Cardiovascular (3 projects)• Forensics (3 projects)• Pharmacogenetics (3 project)• Intensive health (1 project)• Non-human (1 project)

REUMATOLOGÍA

ORGANIGRAMA

ONCOLOGIAANESTESIA

OFTALMOLOGIA

PSIQUIATRIACARDIOLOGIA

NEUROLOGIA

DIGESTIVO

PEDIATRIA-UCI

CENTRO NACIONAL DE GENOTIPADO USC

FUNDACIÓN MEDICINA GENÓMICA-SERGAS

PREGENOTIPADOSelección de SNPs

PREGENOTIPADOSelección de SNPs

GENOTIPADO

Plataformas-Robótica

GENOTIPADO

Plataformas-RobóticaPOSTGENOTIPADO

Análisis

POSTGENOTIPADO

Análisis

NANOTECNOLOGIASUSC

FARMACOLOGIAUSC

BIOINFORMÁTICAUDC-USC

MATEMÁTICASUDC-USC

GENÉTICA POBLACIONESUSC

GENÉTICA EVOLUTIVAUSC

INVESTIGACIÓN EN ESTUDIOS DE ASOCIACIÓN

NECESIDAD DE CONSORCIOS (REDES) Y COLABORACIÓN

*LOS ESTUDIOS DE ASOCIACIÓN EXIGEN UN ELEVADO NÚMERO DE MUESTRAS

*PROTOCOLOS COMUNES E HISTORIAS CLÍNICAS BIEN DOCUMENTADAS

*DEFINICIÓN DE FENOTIPO

*HISTORIAL DE RESPUESTA AL TRATAMIENTO BIEN DOCUMENTADO: EFECTOS SECUNDARIOS

*DISEÑO POBLACIONAL ADECUADO: IMPORTANCIA DE BANCO DE ADN EN GALICIA

*CONSENTIMIENTOS INFORMADOS Y APROBACIÓN DE COMITÉS DE ÉTICA

Galician Population

Galicia and NorthernPortugal are the best studiedpopulations from thepopulation genetic point ofview

Lack of populationsubstructure

European geneticbackground and lack ofsignificant inmigrationsduring the last 3,000 years