Servicios Web en Bioinformática
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Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, yDirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia
Servicios Web en Bioinformática
Jesús M. Castagnetto, Ph.D.<[email protected]>
CONTITEL 2008http://www.contitel.org/2008/
Puno, Perú
(Videoconferencia)
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Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, yDirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia
Bioinformática
“... La ciencia que usa la [tecnología] informática para entender la Biología ...”
(de “Developing Your Bioinformatic Skills”, O´Reilly)
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Una definición más larga
● “... (E)l estudio del contenido de información y del flujo de datos en un sistema o proceso biológico. Es el puente que une las observaciones (datos), el entendimiento de como funciona un sistema (información), y la aplicación subsecuente de estos principios (conocimiento)...”
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Áreas de investigación
● Investigación genómica➔ Identificación de genes en un genoma, correlación
de genes con función, análisis de secuencias, etc.➔ Dimensionalidad: 1D, 2D
● Bioinformática estructural➔ Análisis de estructuras, plegamiento de proteínas,
etc.➔ Dimensionalidad: 3D
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Áreas de investigación● Estudios proteómicos y de rutas de
interacción➔ Redes de interacción, rutas de expresión genética y
proteínica, etc.➔ Problemas multidimensionales.
● Biología de sistemas➔ Entender a los sistemas biológicos desde el nivel
molecular, pasando por el celular, hasta el funcionamiento como parte de un organismo.
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Hoy en día, necesitamos lidiar con información en cantidades masivas
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Necesitamos usar múltiples herramientas para procesar este diluvio de los datos
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No es posible el aprender a usar todas las herramientas y fuentes de datos
Tree of LifeWeb Projecttolweb.org
BLAST Phylip
UCSC In-Silico PCR
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... felizmente han habido cambios tecnológicos y filosóficos que ayudan ha hacer esto manejable
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Nuevas tecnologías y modos de usarlas son críticas para el quehacer científico
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La tendencia mundial no es vender cajitas con software
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Es mejor ofrecer Software Como Un Servicio (SaaS)
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Servicios Web: Tecnologías que permite la interconexión de aplicativos distribuidos
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Existen varios protocolos de comunicación, desde el más sencillo y directo (REST)REpresentational
State
Transfer1
1 Fielding, R.T. “Architectural Styles and the Design of Network-based Software Architectures”, Ph.D. Dissertation (http://www.ics.uci.edu/~fielding/pubs/dissertation/top.htm)
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... pasando por uno de complejidad intermedia (XML-RPC) eXtensible
MarkupLanguageRemoteProcedureCall
http://www.xmlrpc.com/
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... finalmente, uno de gran flexibilidad, modularidad y complejidad (SOAP*)
* Inicialmente: Simple Object Access Protocol. Ya no es un considerado un acrónimo hoy en día.
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Podemos usar servicios web en almacenamiento masivoAmazon S3:SimpleStorageService
Chicago Crime Maps
S3 en Second Life
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Nos posibilitan el integrar sistemas de búsqueda
GoogleSearch API
GoogleCSE
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Incluyendo la integración de fuentes de información de forma simple y sofisticada
iGoogle
Panoramio
RSS + xFruits
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Existen tecnologías que nos permiten agregar semántica a datos y procesos
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Las mismas arquitecturas de sistemas están cambiando
Service
Oriented
Architecture
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Se han creado nuevos métodos para manejar esta tecnología
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Existen directorios de Servicios Web ofrecidos
UniversalDescription,Discovery andIntegration
http://www.xmethods.net/
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Y formas de “orquestrar” el funcionamiento de servicios
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Hasta control del flujo de trabajo científico en forma visual, modular y escalable
http://www.kepler-project.org/Taverna
http://taverna.sourceforge.net/
Sistemas Integradospara flujos de trabajocientíficos
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La web se ha convertido en una plataforma de desarrollo
Yahoo! Pipes
Congress meetsSecond Life
Real time trafficin San Francisco
Zoom and Go
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¿Cómo se está usando todo esto en Bioinformática?
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NCBI (NIH): Integración de fuentes de datos
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EMBL-EBI: Servicios Web Bioinformáticos
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SDSC: SWAMI – Plataforma de trabajo en línea para Biología Molecular
http://www.ngbw.org/
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Kepler: Flujos de trabajo científicos distribuidos
Promotores en Biología Molecular
Cálculo de laecodiversidad
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Tree of Life: Colaboración global entre biólogos
http://tolweb.org/
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Servicios de predicción de estructuras de proteínas
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Una interfaz para búsqueda de flujos de trabajo
http://www.google.com/coop/cse?cx=006491099109873764573%3Ahtaex4vgqqg
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Un mapa (parcial) de Servicios Web Bioinformáticos*
* Brendan Vaughan, http://www.ebi.ac.uk/~bren/alberto_map.html
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Y nosotros, ¿como podemos usar estas tecnologías en nuestra investigación científica?
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Aplicativos y datos tienden cada vez más hacia sistemas globales y abiertos
Usemos Sistemas Abiertos, y aprendámos de ellos
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No nos dejemos abrumar por el tsunami de datos
Integradores de información nos ayudan a ver lo relevante
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Estas son tecnologías que nos abren nuevas puertas y hacen accesible lo que antes no era
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¡Gracias!
A los organizadores de CONTITEL.
A ustedes por no aburrirse mucho con mi charla remota e interminable.
Esta y otras presentaciones están disponibles en:
http://www.castagnetto.com/