1
ANALISIS MUTASI GEN CATp PADA BAKTERI Salmonella Typhi YANG RESISTEN TERHADAP KLORAMFENIKOL
ANALYSIS OF CATp GENE MUTATION IN Salmonella typhi BACTERIA WHICH RESISTANT TO CHLORAMPHENICOL
Andi Salsa Anggeraini
P1506211008
KONSENTRASI MIKROBIOLOGI PROGRAM STUDI BIOMEDIK PROGRAM PASCASARJANA UNIVERSITAS HASANUDDIN
MAKASSAR 2013
2
ANALISIS MUTASI GEN CAT P PADA BAKTERI Salmonella Typhi YANG RESISTEN TERHADAP KLORAMFENIKOL
Tesis
Sebagai Salah Satu Syarat untuk Mencapai Gelar Magister
Program Studi
Biomedik
Disusun dan diajukan oleh
Andi Salsa Anggeraini
kepada
PROGRAM PASCASARJANA
UNIVERSITAS HASANUDDIN
MAKASSAR
2013
3
PERNYATAAN KEASLIAN TESIS
Yang bertanda tangan dibawah ini Nama : ANDI SALSA ANGGERAINI Nomor Mahasiswa : P1506211008 Pogram Studi : BIOMEDIK Menyatakan dengan sebenarnya bahwa tesis yang saya tulis ini benar-benar
merupakan hasil karya saya sendiri, bukan merupakan pengambilalihan tulisan atau
pemikiran orang lain. Apabila dikemudian hari terbukti atau dapat dibuktikan bahwa
sebagian atau keseluruhan tesis ini hasil nkarya orang lain, saya bersedia menerima
sanksi atas perbuatan tersebut.
Makassar, OKTOBER 2013
Yang menyatakan
ANDI SALSA ANGGERAINI
4
PRAKATA
Bismillahirrahmanirrahim
Assalamualaikum Warahmatullahi Wabarakatuh
Segala puji bagi Allah SWT penguasa alam semesta dan syukur Alhamdulliah
kami panjatkan kehadirat Allah SWT , yang telah menurunkan rahmat, hidayah dan
perlindungan-Nya. Serta tak lupa kami mengirimkan salam dan salawat kepada
junjungan kami Nabi besar Muhammad SAW beserta seluruh keluarga dan para
sahabatnya atas selesainya tesis ini.
Latar belakang penelitian ini berdasarkan pada pengamatan penulis terhadap
penggunaan antibiotik yang tak terkendali yang menyebabkan meningkatnya jumlah
kasus resistensi. Kasus resistensi ini juga banyak terjadi pada pasien demam tifoid
diseluruh dunia tak terkecuali Makassar. Jika kasus resistensi tidak mendapat
penanganan yang lebih maka jumlah angka kematian yang diakibatkan oleh demam
tifoid semakin meningkat.
Banyak kendala yang dihadapi oleh penulis dalam rangka penyusunan tesis ini,
yang hanya berkat bantuan berbagai pihak, maka tesis ini dapat diselesaikan.
Ungkapan yang tulus dan penuh rasa hormat pertama-tama penulis sampaikan
kepada Mama dan Papa tercinta yang telah memberi dukungan moril kepada
penulis sehingga dapat dapat menyelesaikan tesis ini.
Dalam kesempatan ini penulis juga mengucapkan terima kasih yang sebesar-
besarnya dan sedalam-dalamnya kepada Prof.dr.Mochammad Hatta, SpMK, Ph.D
5
selaku Ketua Komisi Penasehat yang telah menyediakan waktu, tenaga dan pikiran
disela –sela kesibukan beliau untuk membimbing dan memberi dorongan demi
penyelesaian pendidikan saya dan Prof.Dr.dr.Asa’ad Maidin,MSc, SpMK selaku
Anggota Komisi Penasihat.
Ucapan terimakasih selanjutnya kami sampaikan kepada Prof.dr.Rosdiana
Natzir, Ph.D, Dr.dr.Khaerani Rasyid, MKes, SpPD, KGH,SpGK, dan
dr.Rahmawati Minhajat,SpPD, Ph.D selaku penguji yang telah memberikan
masukan dan saran demi kelengkapan tesis ini.
Terima kasih yang tak terhingga penulis haturkan kepada Pak Markus yang
telah sabar dan banyak membantu peneliti di laboratorium, kak Romi Usman yang
telah banyak berpartisipasi dalam penelitian ini, dan Pak Mus.
Terima kasih juga kepada Dr.Irwan Akib, S.Pd, M.Pd selaku Rektor
Universitas Muhammadiyah, Ir. Muh Syaiful Saleh M.Si selaku Ketua BPH
Universitas Muhammadiyah Makassar dan dr. Mahmud Ghaznawie, SpPA (K),
Ph.D selaku Dekan Fakultas Kedokteran Universitas Muhammadiyah Makassar, dan
kepada Pembantu Rektor 1,2,3 dan 4. yang telah memberikan ijin kepada penulis
untuk melanjutkan Sekolah dan memberikan dukungan materiil sehingga penulis
dapat menyelesaikan studinya.
Tak lupa penulis juga mengucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya buat
Prof.dr.Budu,SpM,KVR,Ph.D, MMed yang selalu memberikan dorongan moril
kepada Penulis untuk melanjutkan kuliah.
Akhirnya ungkapan terima kasih, penghargaan yang setinggi-tingginya penulis
sampaikan kepada suami tercinta dr.Agussalim Bukhari,Ph.D yang telah memberi
dorongan dan semangat hingga akhirnya penulis dapat menyelesaikan tesis ini serta
6
kedua anak-anakku, Muhammad Rais Buana Sakti dan Nabila Azzahra. Terima
kasih telah menjadi anak-anak yang baik dan tidak merepotkan selama ini.
Kepada seluruh pihak yang tidak sempat disebutkan satu persatu dalam
menyelesaikan tesis ini, semoga Allah SWT Yang Maha Pengasih dan Maha
Penyayang senantiasa melimpahkan karunia dan Rahmat-Nya.
Wassalamualaikum Wr Wb,
Makassar, Oktober 2013
Andi Salsa Anggeraini
7
8
9
DAFTAR ISI
Halaman Pengajuan ii
Halaman Persetujuan iii
Prakata iv
Abstrak vii
Abstract viii
Daftar Isi ix
Daftar Tabel xii
Daftar Gambar xiii
Daftar Lampiran xiv
BAB 1 PENDAHULUAN 1
A. Latar Belakang 1
B Rumusan Masalah 4
C Tujuan Penelitian 4
D Manfaat Penelitian 4
BAB II TINJAUAN PUSTAKA
A. DEMAM TIFOID 5
DEFINISI 5
EPIDEMIOLOGI 5
GEJALA KLINIS 5
B. SALMONELLA TYPHII 6
C. UJI DIAGNOSTIK SALMONELLA TYPHII 8
D. KLORAMFENIKOL 9
E. GEN CATP 10
F. PCR 11
10
G UJI SENSITIFITAS METODE KIRBY-BAUER 14
BAB III KERANGKA KONSEP 17
BAB IV METODE PENELITIAN 18
A. RANCANGAN PENELITIAN 18
B. TEMPAT DAN WAKTU 18
C. POPULASI 18
D. KRITERIA INKLUSI DAN EKSKLUSI 18
E. SAMPEL PENELITIAN 19
F. ALAT DAN BAHAN PENELITIAN 19
G. LANGKAH KERJA 21
Pencatatan 21
Penilaian Klinis dan Laboratorium 21
Pengambilan spesimen 21
Isolasi DNA 21
DNA sequencing method 22
Elektroforesis hasil PCR 23
H. IDENTIFIKASI VARIABEL 24
I. ALUR PENELITIAN 25
J. DEFINISI OPERASIONAL 26
K. ANALISA DATA 26
L. IJIN PENELITIAN DAN ETHICAL CLEARANCE 26
11
BAB V HASIL DAN PEMBAHASAN 27
A. HASIL 27
B. PEMBAHASAN 34
BAB V I PENUTUP 37
A. KESIMPULAN 37
B. SARAN 37
DAFTAR PUSTAKA 38
LAMPIRAN
12
DAFTAR TABEL
Nomor Halaman
Tabel. 1 Salmonella spp pada media gula 8
Tabel. 2 Tes Biokimia Salmonella spp 9
Tabel 3 Interpretasi Zona Penghambatan Uji Kultur 16
Tabel 4 Tabel Hasil Uji Sensitifitas Salmonella typhii 31
Tabel 5 Tabel ekspresi mutasi gen CAT P pada Salmonella
Typhii yang resisten dan Sensitif 33
13
DAFTAR GAMBAR
Nomor Halaman
Gambar. 1 Skema Mekanisme Kloramfenikol 10
Gambar. 2 Mekanisme inaktivasi kloramfenikol 10
Gambar. 3 Skema Tahap PCR 13
Gambar 4 Plat Kirby Bauer 15
Gambar 5 Ilustrasi Uji Sensitivitas 16
Gambar 6 Isolat Salmonella typhii negatif 27
Gambar 7 Isolat Salmonella typhii positif 28
Gambar 8 Media TSIA 28
Gambar 9 Tes TSIA Positif 29
Gambar 10 Uji Sensitifitas Positif 30
Gambar 11 Uji Sensitifitas Negatif 30
Gambar 12 Ekspresi Gen CAT P Positif 32
Gambar 13 Ekspresi Gen CAT P Negatif 33
14
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1 Reverse Primer Product PCR
Lampiran 2 Forward Primer Product PCR
Lampiran 3 Synthetic construct trap vector for isolation of bacterial IS elements, aminoglycoside-3:adenyltransferase(aadA), neomycin phosphotransferase (neo), chloramphenicol acetyl transferase (cat), beta-lactamase (bla) genes, complete cds
15
BAB I
PENDAHULUAN
A. LATAR BELAKANG
Demam tifoid merupakan masalah kesehatan didunia terutama di negara
berkembang seperti yang ditemukan secara endemik di seluruh Afrika, Amerika
Selatan, Asia Timur dan khususnya di Asia Selatan . Tifoid merupakan penyakit
sistemik akut yang disebabkan oleh infeksi Salmonella typhi berbagai serovars.
(Haque A et al.,2005)
Diperkirakan setiap tahun terdapat lebih dari 20 juta kasus demam tifoid, yang
mengakibatkan 700.000 kematian di seluruh dunia . Di negara maju, angka kasus
kejadian dan kematian telah jauh menurun hal ini disebabkan oleh kombinasi dari
peningkatan sanitasi dan kebersihan, vaksin, dan terapi antimikroba yang efektif.
(Mirza et al., 2000). Dua hal pertama sulit bahkan tidak mungkin untuk diterapkan di
negara berkembang, dan sayangnya efektivitas terapi antimikroba juga menjadi
terkikis oleh munculnya resistensi antibiotik di negara berkembang, antibiotik yang
paling tersedia untuk pengobatan tifoid adalah kloramfenikol, ampisilin, dan
kotrimoksazol.( Mirza et al., 2000)
Dengan jumlah penduduk yang lebih kurang 224.904.900 dan luas wilayah 8,3
juta km2 dan mempunyai 17.504 pulau , Indonesia memiliki angka kematian akibat
infeksi tifoid lebih tinggi daripada di negara-negara lain di Asia Tenggara selain
Papua New Guinea dan menjadi masalah kesehatan utama. (Hatta et al., 2007).
Prevalensi di Indonesia pada tahun 2007 adalah 358 sampai 810 per 100.000 atau
kira-kira sekitar 64% penduduk Indonesia menderita demam typhoid dalam kurun
waktu 3 sampai 19 tahun . Tingkat kematian bervariasi antara 3,1-10,4% dalam
kurun waktu sepanjang tahun.(Hatta et al., 2008)
16
Sulawesi adalah salah satu dari lima pulau terbesar di kepulauan Indonesia dan
memiliki populasi 42.708.400 , prevalensi penderita demam tifoid di Selatan-Sulawesi
merupakan salah satu yang tertinggi , rate untuk kasus tahun 1991 adalah dari 100
ribu penduduk 257 orang penduduk terkena demam typhoid dan pada tahun 2007
menjadi meningkat menjadi 386 per 100 ribu penduduk. Demam tifoid merupakan
salah satu penyakit endemik di Sulawesi selatan dan merupakan empat penyakit
infeksi tersering yang dilaporkan dari 24 kabupaten di Sulawesi Selatan. Tifoid dapat
menyebabkan septikemia, dan dilaporkan insiden rata-rata sekitar 2.500 per 100.000
penduduk. (Hatta et al., 2007)
Sebelum tahun 2001 tingkat resistensi antibiotik pada Salmonella Typhi yang di
laporkan dari Indonesia khususnya Sulawesi selatan sangat rendah yaitu kurang
dari 1% dan kloramfenikol tetap menjadi obat pilihan, namun sejak tahun 2001
resistensi telah meningkat dan pada tahun 2007 sekitar 6,8% dari isolate salmonella
typhii telah resisten terhadap ketiga obat lini pertama yaitu: ampicillin, kloramfenikol,
dan kotrimoksazol. (Hatta et al., 2007). Resistensi beberapa obat (MDR) merupakan
masalah utama dalam pengendalian dalam kasus tifoid, karena dikaitkan dengan
peningkatan morbiditas yang mengarah ke toksisitas demam tifoid yang dapat
mengakibatkan angka kematian meningkat secara signifikan. (Haque A et al., 2005)
Resistensi obat pada demam tifoid ini merupakan suatu hal yang serius di
Indonesia , karena dibutuhkan obat pengganti yang cukup mahal untuk terapi tifoid.
Sebuah usaha serius diperlukan dengan pelayanan medis untuk mendapatkan
diagnosis yang benar sehingga pengobatan atau vaksinasi dapat digunakan untuk
mengendalikan penyebaran resistensi obat-obatan tifoid ini. (Hatta et al., 2008)
Resistensi Plasmid-encoded kloramfenikol pertama kali dilaporkan tahun
1970, dengan peningkatan jumlah resistensi di Amerika Tengah. (Mirza et al., 2000) .
Mekanisme resistensi terhadap kloramfenikol ada tiga , yaitu penurunan
17
permeabilitas membran, mutasi sub unit ribosom 50S, dan penguraian kloramfenikol
asetiltransferase. Sangat mudah untuk memilih mengurangi permeabilitas membran
terhadap kloramfenikol secara in vitro dengan passage bakteri secara serial, dan hal
ini merupakan mekanisme yang paling sering dari resistensi kloramfenikol level
rendah. Resistensi level tinggi biasanya karena gen CAT, gen ini mengkode enzim
kloramfenikol asetiltrasferase, dimana enzim ini menginaktivasi kloramfenikol lewat
ikatan secara kovalen dengan satu atau dua grup asetil yang berasal dari asetil-S-
koenzim A, dengan grup hidroksil pada molekul kloramfenikol. Asetilasi mencegah
kloramfenikol berikatan dengan ribosom. Resistensi terkait mutasi pada subunit
ribosom 50S merupakan hal yang jarang
Resistensi terhadap kloramfenikol (Cm) diperantarai oleh enzim yang terletak
pada plasmid yang disebut Acetyltransferase kloramfenikol (CAT). Enzim CAT
dikodekan oleh family gen CAT yang terdapat dalam bakteri Gram negatif (Nogrady
et al., 2005)
Resistensi kloramfenikol yang terkait dengan analisis mutasi pada gen CAT P
pada Salmonella typhii sebagai penyebab demam tifoid belum banyak diketahui,
khususnya di Indonesia, untuk itu diperlukan penelitian lebih lanjut mengenai hal ini.
B. Rumusan Masalah
Apakah mutasi gen CAT P menyebabkan Salmonella typhii menjadi resisten
terhadap kloramfenikol pada penderita demam tifoid ?
C. Tujuan Penelitian
Tujuan umum
1. Mengetahui terdapat mutasi atau tidak pada gen CAT P pada Salmonella
typhii yang resisten terhadap kloramfenikol pada penderita demam tifoid
18
Tujuan khusus
1. Mengukur sensitifitas kloramfenikol terhadap isolat Salmonella typhii
menggunakan metode konvensional
2. Mendeteksi mutasi gen CAT P pada isolat Salmonella typhii yang resisten
3. Mendeteksi mutasi gen CAT P pada isolat Salmonella typhii yang sensitive
D. Manfaat Penelitian
1. Memberikan informasi ilmiah mengenai mutasi gen CAT P yang terjadi pada
isolate Salmonella typhii yang resisten terhadap kloramfenikol pada demam
tifoid.
19
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
A. Demam Tifoid
Definisi
Demam tifoid atau typhoid adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri
Salmonella enterica, khususnya turunannya yaitu Salmonella typhii. Penyakit ini
dapat ditemukan di seluruh dunia, dan disebarkan melalui makanan dan minuman
yang telah tercemar oleh feses. (Parry C M, M.B,.2012., Gaind R.,2006)
Epidemiologi
Demam tifoid telah menjadi masalah yang cukup penting di beberapa negara.
Pada hampir seluruh dunia, diperkirakan 17 juta orang menderita penyakit ini per
tahunnya. Hampir sebagian besar terjadi di kota-kota dengan pendepatan
pertahunnya rendah, terutama di Asia Selatan, Afrika, Amerika Latin.(Chau TT.,
2007). Di Sulawesi Selatan, demam tifoid merupakan salah satu penyakit infeksi
yang penting. Penyakit ini endemik hampir di seluruh wilayah dan dilaporkan
merupakan empat besar penyakit tersering pada 24 kabupaten di Sulawesi
Selatan.(Hatta et al., 2011)
Gejala Klinis
Gejala klinis demam tifoid pada anak biasanya lebih ringan jika dibanding dengan
penderita dewasa. Masa inkubasi rata-rata 10 – 20 hari. Setelah masa inkubasi maka
ditemukan gejala prodromal, seperti rasa tidak enak badan, lesu, nyeri kepala,
pusing dan tidak bersemangat. Selain itu, gejala klinis yang biasa ditemukan, yaitu:
(Parry CM, M.B,.2012)
20
Pada kasus-kasus yang khas, demam berlangsung 3 minggu. Bersifat remiten
dan suhu tidak berapa tinggi. Selama minggu pertama, suhu tubuh berangsur angsur
meningkat setiap hari, biasanya menurun pada pagi hari dan meningkat lagi pada
sore dan malam hari. Dalam minggu kedua, penderita terus berada dalam keadaan
demam. Dalam minggu ketiga suhu tubuh berangsur-angsur turun dan normal
kembali pada akhir minggu ketiga. (Parry CM, M.B,.2012)
Umumnya kesadaran penderita menurun walaupun tidak seberapa dalam, hanya
apatis sampai somnolen. Jarang terjadi sopor, koma atau gelisah. (Parry CM,
M.B,.2012)
Hampir sebagian besar pasien yang telah diterapi tetap mengeksresikan patogen
selama sebulan setelah gejala klinis menghilang, dan hampir sekitar 5% berlanjut
hingga lima bulan kemudian. Sekitar 3% menjadi carier dan tetap berlanjut
mengeksresikan organism tersebut sepanjang hidupnya. Carier akan berkembang
setelah adanya infeksi asimptomtik. (Hatta et al., 2011)
B. Salmonella typhii
Salmonella enterica serotip typhii merupakan family Enterobacteriaciae.
Salmonella typhii dapat tumbuh baik pada suhu antara 35 0C dan 37 0C, tapi juga
dapat tumbuh pada suhu sekitar 450C. Bakteri ini dapat tumbuh pada kisaran pH 3.8
sampai 9.5, memiliki aktivitas minimal di air pada kadar 0.94, selain itu dapat juga
tumbuh dengan ada atau tidak adanya oksiden.
Salmonella typhii dapat mati dengan pemanasan pada suhu 700C selama satu
menit atau kurang. Pertumbuhan bakteri ini akan berkurang pada suhu kurang dari -
21
150C. Bakteri ini dapat mengalami transisi menjadi status VNC (Viable but Non-
Culturable) di air , hidup tapi tidak bisa dikultur ((Parry CM, M.B,.2012) ;
Bakteri ini memiliki serologi positif terhadap antigen lipopolisakarida O9 dan O12,
antigen flagellar protein Hd, dan antigen kapsular polisakarida Vi. Antigen kapsular
sebagian besar terbatas pada S.typhii, walaupun dapat ditemukan pada beberapa
strain S.enterica serotip hirscfeldii (paratyphi C) dan Dublin, serta Cirobacter freundii.
Tipe Flagella yang unik, Hj ditemukan pada beberapa isolate S.typhii di Indonesia.
( Hatta et al., 2011)
Pada area yang endemik dengan penyakit ini, kontak dengan pasien atau carrier
dapat diduga sebagai faktor risiko utama, tetapi faktor risiko lainnya seperti
kemiskinan, tingkat pendidikan yang rendah, kondisi higiene yang buruk dan faktor
suplai air, serta makan di luar rumah. (Hatta et al., 2007)
Bakteri ini berbentuk batang, gram negatif, tidak membentuk spora, motil,
berkapsul dan mempunyai flagella (bergerak dengan fili). (Parry.C.M, M.B,.2012) .
Baru-baru ini diketahui sekuens genom lengkap dengan estimasi 4599 sekuens
kode. Genom serotip S. typhi, enterik CT18 S. enterica serotip typhimurium LT2, dan
Escherichia coli pada dasarnya collinear, meskipun fakta bahwa E. coli dan S.
enterica berbeda sekitar 100 juta tahun yang lalu. Kebutuhan lingkungan yang sama
oleh bakteri ini mungkin menjelaskan hubungan gen keduanya. (Parry, M.B,.2012)
C. Uji Diagnostik Laboratorium Salmonella typhii
Prosedur laboratorium yang di gunakan pada diagnosis penyakit menular pada
manusia meliputi identifikasi morfologi gen dengan pewarnaan spesimen, isolasi
biakan dan identifikasi juga deteksi antigen. (Brooks,.2007)
22
Pada demam enterik dan septikemia, biakan darah sering positif dalam minggu
pertama penyakit. Biakan urine dapat positif setelah minggu kedua. Pada demam
enterik, feses akan memberikan hasil positf mulai minggu kedua atau ketiga pada
enterokolitis selama minggu pertama. (Brooks,.2007)
Biakan pada medium selektif; specimen diletakkan pada agar salmonella-shigella
(SS), agar Hektoen, XLD atau agar deoksilat-sitrat, yang membantu pertumbuhan
salmonella-shigella. (Brooks,.2007)
Uji aglutinasi pengenceran (tes Widal) : Interpretasinya : Titer O yang tinggi atau
meningkat (≥ 1:160) menandakan adanya infeksi akut. Dan Titer H yang tinggi (≥
1:160) menunjukan riwayat imunisasi atau infeksi masa lampau. Untuk titer antibodi
yang tinggi terhadap antigen vi timbul pada beberapa carier. (Brooks,.2007)
Untuk membedakan salmonella typhii dan salmonella spp lainnya kita
melakukan uji tes biokimia.
Tabel. 1 Media Gula
No Mikroorganisme Glu Lac Man Mal Suc H2S Ind Mot Citrat
1 S.typhosa + - + + - + - + -
2 S.para typhosa + g -/+ + - + + - + +
Ket : Glu : glukosa. Lac: laktosa, Man : mannitol, Mal : maltose, suc : sucrose, Ind : Indol, Mot :motility, cit : simmon’s citrate (Sumber : Brooks.,2007)
23
Tabel.2 Tes Biokimia
No mikroorganisme
ae
rob
an
ae
rob
ka
tala
se
oksid
ase
ure
a
ON
PG
ph
en
ilala
n
nitra
t
KC
N
Arg
inin
hydro
lysis
Gela
tin h
ydro
liis
de
ca
rbo
xyla
se
VP
MR
Glu
ko
na
t
1 S.typhosa + + - - - - + - d+ - +L - +
2 S.para typhosa + + - - - - + - + - +O - +
(Sumber : Brooks.,2007)
D. KLORAMFENIKOL
Kloramfenikol aktif terhadap organisme Gram (+) dan Gram (-) tetapi
karena toksisitasnya, penggunaanya dilarang pada infeksi yang letal. Mekanisme
kerja kloramfenikol mengikat ribosom bakteri sub unit 50s dan menghambat
sintesa protein pada reaksi transferase peptidil.
Meskipun pengikatan tRNA di daerah pengenalan kodon pada sub unit 30 S
ribosom terganggu, obat ini muncul untuk mencegah terjadinya ikatan dari asam
amino yang mengandung ujung tRNA aminoasil ke daerah akseptor pada 50S
subunit ribosom. Interaksi antara peptidyltransferase dan asam amino substrat tidak
bisa terjadi, dan pembentukan ikatan peptida dihambat. Resistensi bakteri gram
negatif terhadap kloramfenikol biasanya disebabkan oleh plasmid dan karena
adanya asetiltransferase tertentu yang menginaktivasi obat. (Smith A.,2004 ).
Spektrum antibiotik kloramfenikol adalah antibiotik spektrum luas, yang aktif tidak
hanya terhadap bakteri tetapi juga terhadap mikroorganisme lain. Kloramfenikol
sebagai obat pilihan pada pengobatan demam tifoid di Indonesia telah lama
24
digunakan sehingga memungkinkan terjadinya perubahan kepekaan Salmonella typhi
terhadap antibiotika tersebut. (Nurtjahyani ., 2012)
E. Gen CAT P
Kloramfenikol asetiltransferase (atau CAT) adalah enzim bakteri yang
mendetoksifikasi antibiotik kloramfenikol dan bertanggung jawab untuk resistensi
pada bakteri kloramfenikol. Enzim ini secara kovalen melekat pada gugus asetil dari
asetil-KoA untuk kloramfenikol, yang mencegah kloramfenikol mengikat ke ribosom.
(Smith A., 2004)
Gambar.1 Skema mekanisme aksi kloramfenikol (Sumber :Musdalifa I., 2012)
Gambar : 2 Mekanisme inaktivasi kloramfenikol (Sumber : Musdalifa I.,2012)
25
F. Polymerase Chain Reaction (PCR)
Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan suatu teknologi biokimia pada
biologi molekuler untuk menggandakan satu atau beberapa potongan DNA menjadi
beberapa kali lipat, menghasilkan ribuan sampai jutaan salinan dari urutan DNA
tertentu. PCR ditemukan pertama kali pada tahun 1983 oleh Kary Mullis. (Yuwono.,
2006)
Hampir semua aplikasi PCR menggunakan DNA polimerase tahan panas, seperti
polimerase Taq, merupakan enzim yang diisolasi dari bakteri Thermus aquaticus.
Polimerase DNA enzimatik akan membentuk untai DNA baru dengan menggunakan
DNA beruntai tunggal sebagai cetakan dan DNA oligonukleotida (DNA primer),
dibutuhkan untuk inisiasi sintesis DNA. Sebagian besar metode PCR menggunakan
siklus termal, yaitu pemanasan dan pendinginan secara bergantian pada suhu
tertentu. Siklus termal ini sangat dibutuhkan untuk memisahkan dua untai DNA heliks
ganda pada suhu tinggi yang disebut pemanasan DNA. Pada suhu yang lebih
rendah, setiap untai tersebut kemudian digunakan sebagai cetakan pada sintesis
DNA oleh DNA polymerase yang secara selektif mengkopi target DNA.
(Yuwono.,2006)
Biasanya PCR terdiri dari 20-30 perubahan suhu, disebut siklus, dimana setiap
siklus terdiri dari 2-3 tahap suhu yang berbeda. Siklus ini biasanya didahului tahap
suhu tunggal (hold) pada suhu tinggi (900C). Suhu yang digunakan dan lamanya
waktu yang diterapkan dalam setiap siklus tergantung pada berbagai parameter,
termasuk enzim yang digunakan untuk sintesis DNA, konsentrasi ion divalen dan
dNTP dalam reaksi, dan suhu leleh (Tm) dari primer. (Yuwono., 2006)
26
Proses amplifikasi terbagi menjadi 3 tahap termal tahap-tahap tersebut, yaitu :
Tahap initialisasi : langkah ini terdiri dari pemanasan reaksi dengan suhu 94-96 ° C
(98 ° C atau jika polimerase termostabil ekstrem digunakan), dilakukan selama 1-9
menit. Hal ini hanya diperlukan untuk polimerase DNA yang memerlukan aktivasi
panas dengan hot-start PCR.Tahap denaturasi : tahap ini merupakan siklus
pertama yang terdiri dari reaksi pemanasan 94-980C selama 20-30 detik, yang
menyebabkan pemanasan DNA dari cetakan DNA dengan merusak ikatan hydrogen
antara basa, menghasilkan molekul DNA untai tunggal. Tahap annealing : suhu
reaksi diturunkan ke 50-65 ° C selama 20-40 detik memungkinkan annealing primer
ke cetakan DNA untai tunggal. Biasanya suhu pada tahap ini sekitar 3-50C di bawah
Tm dari primer yang digunakan. Ikatan hidrogen Stabil DNA-DNA hanya terbentuk
ketika urutan primer sesuai urutan cetakan. Polimerase mengikat hibrida primer-
template dan mulai pembentukan DNA Tahap ekstensi/elongasi.Tahap ekstensi /
elongasi : suhu pada tahap ini tergantung pada polimerase DNA yang digunakan,
Taq polimerase memiliki aktivitas pada suhu optimum 75-800C, dan umumnya suhu
720C yang digunakan dengan enzim ini. Pada langkah ini polimerase DNA
mensintesis untai DNA baru melengkapi untai cetakan DNA dengan menambahkan
dNTP yang melengkapi cetakan dalam 5 'ke 3' arah, kondensasi gugus 5'-fosfat dari
dNTP dengan 3'-hidroksil kelompok di akhir untai (memperpanjang) DNA baru.
Waktu perpanjangan tergantung baik pada DNA polimerase yang digunakan dan
pada panjang fragmen DNA yang akan diperkuat. Pada suhu optimum, polimerase
DNA akan polimerisasi seribu basis per menit. Dalam kondisi optimum, yaitu bila
tidak ada keterbatasan karena substrat membatasi atau reagen, pada setiap langkah
ekstensi, jumlah target DNA dua kali lipat, yang mengarah ke eksponensial
(geometris) amplifikasi fragmen DNA spesifik. Elongasi terakhir : pada tahap ini
dilakukan pada suhu 70-740C selama 5-15 menit setelah siklus PCR terakhir untuk
27
memastikan bahwa setiap DNA beruntai tunggal tersisa sepenuhnya diperpanjang.
Final Hold : tahap ini dilakukan pada 4-150C untuk waktu yang tidak terbatas, dapat
digunakan untuk penyimpanan jangka pendek dari reaksi. (Yuwono.,2006)
Gambar 3. Skema tahap siklus PCR. (1) denaturasi pada 94-960C. (2)
Annealing pada 650C (3) Pemanjangan pada 720C (empat siklus
yang ditampilkan di sini). Garis biru mewakili template DNA yang
primer (panah merah) anneal yang diperpanjang oleh DNA
polimerase (lingkaran hijau muda), untuk memberikan produk
DNA pendek (garis hijau), yang sendiri digunakan sebagai
cetakan selama PCR berlangsung.
Sumber : (Yuwono.,2006)
Untuk memeriksa apakah PCR dihasilkan fragmen DNA diantisipasi (amplimer
atau amplikon), agarosa gel elektroforesis digunakan untuk pemisahan ukuran
28
produk PCR. Ukuran produk PCR ditentukan oleh perbandingan dengan DNA ladder
(penanda berat molekul), yang berisi fragmen DNA ukuran diketahui, dijalankan pada
gel bersama produk PCR (Yuwono.,2006)
PCR spesifik untuk S. enteric serovar typhii yang dapat digunakan untuk
mendeteksi patogen ini pada sampel darah, urin, dan feses. Sensitivitas kultur darah,
PCR pada darah, urin, dan feses, serta tes widal berturut-turut adalah 61.8%,
84.5%, 69.3%, 46.9% dan 39.0%. (Hatta et al, 2007)
Pada penelitian yang dilakukan oleh Hatta dkk, sensitivitas PCR pada darah dan
urin lebih tinggi secara signifikan, dan sensitivitas PCR pada feses sama dengan
kultur darah. Kombinasi PCR pada urin dan feses menunjukkan hasil positif pada 16
dari 23 pasien tifoid. Dari studi tersebut, penulis menyimpulkan PCR darah
merupakan metode yang sensitive untuk mendiagnosis demam tifoid, dan PCR pada
urin dan feses dapat digunakan sebagai pemeriksaan tambahan. (Hatta et al, 2007).
G. Uji Sensitifitas Metode Kirby Bauer
Salah satu metode yang digunakan untuk menentukan kerentanan antibiotik
adalah disk sensitivitas metode Kirby-Bauer (dinamai W. Kirby dan A. W. Bauer di
1966). Dalam metode ini, antibiotik diserap paper disk dan kemudian ditempatkan
pada agar plate Mueller-Hinton agar plate menggunakan mekanisme dispenser atau
forcep steril. (Harley and Prescott.,2002)
Plat kemudian diinkubasi selama 16 sampai 18 jam, dan diameter zona
inhibisi diukur sekitar disk ke milimeter terdekat. Penghambatan zona diameter yang
dihasilkan akan menunjukkan kerentanan dari bakteri terhadap antibiotik. (Harley
and Prescott.,2002)
29
Gambar. 4 Plat Kirby-Bauer. S aureus diinokulasi pada plat agar Mueller-Hinton dan
berbagai antibiotik. Tampak diameter zona berbagai hambatan
Sumber : (Harley and Prescott.,2002)
Pola kerentanan antibiotik yang disebut antibiograms. Antibiograms dapat
ditentukan dengan membandingkan diameter zona yang diperoleh dengan zona
ukuran diameter untuk kerentanan.
Metode Kirby-Bauer tidak terbatas terhadap antibiotik. Hal ini juga dapat
digunakan untuk mengukur sensitivitas setiap mikroorganisme ke berbagai agen
antimikroba seperti sulfonamid dan kemoterapi sintetis.
30
Tabel . 3 Interpretasi Zona Penghambatan Uji Kultur
Sumber: Berdasarkan data dari Komite Nasional untuk Standar Laboratorium Klinik (NCCLS).
Gambar. 5 Ilustrasi Uji sensitifitas antimikroba Kirby Bauer
Sumber : (Harley and Prescott., 2002)
31
BAB III KERANGKA KONSEP
Keterangan
Variable bebas : Gen CAT P / (Variabel yang diteliti)
Variabel tergantung : resistensi kloramfenikol
Variabel antara : penurunan permebilitas membran dan
mutasi subunit ribosom 50S (variabel yang tidak
diteliti )
Variabel Perancu : Plasmid
Penurunan
permeabilitas membran
Faktor Ekstra kromosom
Plasmid
Resistensi Kloramfenikol Penguraian kloramfenikol
asetil transferase
GEN CAT P Mutasi sub unit
ribosom 50 S
32
BAB IV
METODE PENELITIAN
A. RANCANGAN PENELITIAN
Penelitian ini merupakan rancangan penelitian dengan metode cross sectional,
dimana pada penelitian ini dibagi menjadi kelompok isolat yang masih sensitif
terhadap kloramfenikol dan isolat resisten terhadap kloramfenikol.
B. TEMPAT DAN WAKTU
Penelitian dilakukan di bagian Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran
Universitas Hasanuddin, Makassar dan rumah sakit Syeh Yusuf Makassar, yang
akan dilaksanakan pada bulan Maret hingga Mei 2013.
C. POPULASI
Sampel penelitian ini adalah seluruh populasi yang memenuhi kriteria inklusi
dan tidak termasuk dalam kriteria eksklusi penelitian. Pengambilan sampel dilakukan
dengan cara puposive sampling.
D. KRITERIA INKLUSI DAN EKSKLUSI
Kriteria Inklusi :
1) Isolat Salmonella typhii yang resisten dan sensitif terhadap
khloramphenikol
2) Penderita menyetujui dan menandatangani informed consent.
33
Kriteria eksklusi :
Isolat Salmonella typhii yang terkontaminasi mikroorganisme lain
Isolat Salmonella spp selain Salmonella typhii
E. SAMPEL PENELITIAN
Penentuan besar sampel berdasarkan rumus proporsi finit.
N . Z2 . P .(1 - P)
n = -----------------------------------
d2 (N-1) + Z2 . P.(1 – P)
Keterangan :
n = Besar sampel
N = 30 (perkiraan jumlah pasien demam tifoid dalam 3 bulan
Z = Nilai standar deviasi normal (1.96)
P = Prevalensi salmonella typhii (0,25)
d = Tingkat ketelitian (0,05)
Berdasarkan rumus tersebut didapatkan perhitungan besar sampel sebesar
27,25. Dalam penelitian ini dibulatkan menjadi 30 sampel.
F. ALAT DAN BAHAN PENELITIAN
Alat- alat yang digunakan pada penelitian ini adalah:
4 150 × 15 mm Plat agar SS
Medium Broth
Agar miring TSIA
Antibiotik harddisk dispenser (BBL atau DIFCO)
31 swab steril
34
Inkubator 37 ° C ,
mistar pengukur, lilin pensil, 70% etil alkohol dan gelas,
Bunsen burner
Mesin PCR (Biorad), Gel DOC, Mesin Elektroforesis
-Sentrifuge
-Waterbath
-Laminal Flow
-BSC Tipe II
-Mikropipet (200 ul, 100 ul, 20 ul, 10 ul)
-Cetakan Agarosa
-Tips (1000 ul, 100 ul, 20 ul, 10 ul)
-Tabung efendorf
-Tabung PCR
-Erlenmeyer
-Gelas ukur
-Rak tabung
-Plat Steril
-Sarung tangan
Bahan-bahan yang digunakan pada penelitian ini adalah:
Primer spesifik CAT P CPRF U46780 CCGTTGATATATCCCAATGG dan
CPRR CTGGTGAAACTCACCCAGGG
623 bp
- Enzim PCR ( Go taq Master Mix Green )
- RNAse Free water
- Agarosa
- Ethidium Bromida
35
- TBE 0,5
- Loading Dey
- DNA Leader / Marker ( 100 bp )
G. LANGKAH KERJA
Pencatatan. Pasien demam tifoid yang datang ke RS dan Puskesemas yang
memenuhi kriteria inklusi dan eksklusi akan diberi penjelasan dan diminta untuk
terlibat dalam penelitian setelah menandatangani informed consent. Pengisian
kuesioner mengenai data pribadi dan riwayat penyakit.
Penilaian klinis dan laboratorium. Kita melakukan Pemeriksaan fisik secara
umum dan Pemeriksaan Tes Widal
Pengambilan specimen. Spesimen darah diambil dan dilakukan kultur darah
untuk mendapatkan isolat S.typhi. Setelah itu dilakukan tes sensitivitas cakram
kloramfenikol untuk mendapatkan kelompok resisten dan sensitif terhadap
kloramfenikol. Isolat selanjutnya akan diuji dengan PCR lalu dilakukan Sequencing
untuk dilihat apakah terdapat mutasi gen CAT P.
Isolasi DNA dengan menggunakan BOOM prosedur. Isolat dicampur dengan
900 ml aqua steril dalam vial 1,5 ml dan di centrifus pada 1000 rpm selama 5 menit
dan supernatan dikumpulkan. Lalu supernatan di centrifused lagi 5.000 rpm selama
30 menit dan mengumpulkan sedimen. Centrifuge 10 menit pada 12.000 xg dan
supernatan dihapus oleh sistem hisap vakum. Isolat sedimen dilakukan sesuai
dengan metode Boom. Secara singkat, menempatkan 900 ul penyangga lisis L6
(melarutkan 120 g GuSCN (Fluka Chemie AG, Buchs, Swiss) dalam 100 ml dari 0,1
M. Tris-HCL, pH 6,4 Panaskan larutan pada 60oC untuk menghilangkan GuSCN
tersebut.Volume akhir dari solusi akan 200 ml. Tambahkan 22 ml larutan 0,2 M.
EDTA disesuaikan dengan NaOH sampai pH 8,0 dan 2,6 g Triton X-100 (Packard
36
Instrumen, USA), konsentrasi akhir akan menjadi sekitar 50 mM Tris-HCL, 5 M
GuSCN, 20 mM EDTA, 0,1% Triton X-100) ke dalam botol ml 1,5 dengan screwcap
(Sarstedt, Assist trading Co, Ltd, Jepang). Tambahkan 200 ul sedimen dan 20
suspensi diatom ul. Vortex campuran ini dan kocok pada rpm 100 gyrotary pengocok
selama 10 menit. Vortex lagi dan kemudian disentrifus dalam microfuge Eppendorf
(Sarstedt, Assist Trading Co, Ltd, Jepang) pada 12.000 xg selama 15 detik. Hapus
supernatan oleh sistem hisap vakum dan mencuci dua kali dengan 1 penyangga
mencuci L2 ml (melarutkan 120 g GuSCN dalam 100 ml 0,1 M Tris-HCl, pH 6,4).
Cuci dua kali dengan 1 ml etanol 70% dan sekali dengan 1 ml aseton. Lepaskan
supernatan aseton. Keringkan botol terbuka dalam waterbath 56oC selama 10 menit.
Tambahkan 60 ul TE buffer elusi yang mengandung 1 mM EDTA dalam 10 mM Tris-
HCL, pH 8,0 dan menetaskan botol selama setidaknya 10 menit pada 56oC.
Centrifuge 30 detik pada 12.000 xg, mentransfer hati-hati tentang 50 ul dari
supernatan ke botol baru dan disimpan pada-20oC sampai PCR dilakukan tanpa
pengetahuan sebelumnya dari klasifikasi sampel.
DNA sequencing method
Cycle Sequencing . Reagen yang digunakan adalah ABI PRISM BigDye
Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit. Komponen reagen dalam boks: Ready
Reaction Mix (BigDye Terminator), pGEM -3Zf(+) double-stranded DNA sampel
Template: 0.2 uglul = 200 nglul (sebagai sampel DNA) . Letakkan pada suhu ruang
dan simpan diatas es sebelum dipakai. Aliqout reagen dalam voleme kecil untuk
mencegah kerusakan reagen fluoresen akibat terlalu sering di freeze-thaw dan
terkena cahaya selain untuk menghindari terjadinya kontaminasi, masukkan pipet
reagen kedalam tube PCR 0,2 ml, campur merata lalu spin sebentar (sentrifuse ), set
Program PCR sebagai berikut:
37
*Siklus (30 X) :
- 940 C, 1 menit
- 940C. 1,5 menit
- 50°C, 1 menit
- 72°C , 1 menit
- 72°C, 1 menit sampai siap dipurifikasi , letakkan tube sampel pada
instrumen PCR (Thermal cycler), Set volume reaksi = 20 ul , run (Start).
Elektroforesis hasil PCR
Pembuatan gel. Agarose ditimbang 1,5 gr dan dilarutkan dalam 100 ml TBE
Buffer 0,5 untuk mendapatkan larutan agarose 1,5 % lalu campuran agarosa dan
TBE Buffer 0,5 dipanaskan hingga larut kemudian ditunggu hingga agak dingin
kemudian ditambah 2 μl Ethidium Bromida. Larutan agarosa dituang ke dalam
cetakan dan ditunggu hingga beku.
Pembuatan DNA marker. Sebanyak 25 µl DNA 100 bp ladder dimasukkan ke
dalam tube berisi 1 ml Blue Juice Loading Dye, dan dicampur untuk marker
kemudian Laber tube dilepas dan diganti menjadi marker
Persiapan running elektroforesis. Gel yang telah beku dimasukkan ke dalam
elektroforesis dan direndam dalam larutan TBE 0,5x. Sebanyak 8 μl amplikon hasil
PCR ditambah dengan 2 μl Blue Juice Loading Dye (tanpa marker), dicampur dan
dimasukkan ke dalam sumur-sumur gel sebanyak 10 μl. Pada lubang pertama
tambahkan 10 μl DNA leader 100 bp dimasukkan ke dalam sumur di dekat kontrol
positif.
Running elektroforesis. Elektroforesis dihidupkan dan dijalankan dari muatan
negatif (katoda) ke muatan positif (anoda) pada 100 A dan 40 menit. Setelah
38
elektroforesis dilihat pita yang terbentuk. Apabila pita sejajar dengan kontrol positif
berarti hasil positif.
39
H. Identifikasi Variabel
Variabel bebas : mutasi gen CAT P
Variabel tergantung : kloramfenikol
Variabel perancu : plasmid
Variabel antara :penurunan permeabilitas, mutasi subunit ribosom 50S
40
I. Alur Penelitian
Identifikasi Isolat S.typhi
Penderita demam tifoid
Kultur darah
sensitif
Subyek
PCR
Kriteria inklusi dan eksklusi
Resistensi obat adalahperlawanan
yang terjadi ketika
bakteri, virus dan parasit lainnya
secara bertahap kehilangan
kepekaan terhadap obat yang
sebelumnya membunuh mereka.
Saat obat lebih banyak digunakan,
risiko resistensi obat meningkat
karena kasus penggunaan antibiotik
yang tidak tepat atau putus obat
meningkat Resistensi obat adalah
perlawanan yang terjadi ketika
bakteri, virus dan parasit lainnya
secara bertahap kehilangan
kepekaan terhadap obat yang
sebelumnya membunuh mereka.
Saat obat lebih banyak digunakan,
risiko resistensi obat meningkat
karena kasus penggunaan antibiotik
yang tidak tepat atau putus obat
meningkat Resistensi obat adalah
perlawanan yang terjadi ketika
bakteri, virus dan parasit lainnya
secara bertahap kehilangan
kepekaan terhadap obat yang
sebelumnya membunuh mereka.
Saat obat lebih banyak digunakan,
risiko resistensi obat meningkat
karena kasus penggunaan antibiotik
yang tidak tepat atau putus obat
meningkat
Tes biokimia
Tes sensitifitas cakram kloramfenikol
Resisten
Mutasi gen CAT P/tidak
Analisis data
Laporkan data
Sequencing
http://kamuskesehatan.com/arti/obat/http://kamuskesehatan.com/arti/virus/http://kamuskesehatan.com/arti/obat/http://kamuskesehatan.com/arti/virus/http://kamuskesehatan.com/arti/obat/http://kamuskesehatan.com/arti/virus/
41
J. DEFINISI OPERASIONAL
Isolat salmonella typhii : isolate yang diuji dengan tesTSIA (+), mengeluarkan H2S
pada medium tampak berwarna hitam.
Pasien demam tifoid : pasien yang di diagnosa oleh dokter dengan anamnesa,
pemeriksaan fisik dengan tes widal dengan titer 1/320 sebagai penderita demam tifoid.
Resistensi : perlawanan yang terjadi ketika bakteri, virus dan parasit lainnya secara
bertahap kehilangan kepekaan terhadap obat yang sebelumnya membunuh mereka. R : ≤
12 mm, I : 13-17mm, S : ≥ 17 mm
K. ANALISIS DATA
Data hasil penelitian diolah dan disajikan dalam bentuk gambar, tabel, dan
narasi.
L. IJIN PENELITIAN DAN ETHICAL CLEARANCE
Permintaan ijin dari pasien untuk dijadikan sampel penelitian serta
persetujuan dari Komisi Etik Penelitian Biomedik pada Manusia Fakultas
Kedokteran Universitas Hasanuddin
http://kamuskesehatan.com/arti/virus/
42
BAB V
HASIL DAN PEMBAHASAN
A. HASIL
Penelitian ini dilakukan selama periode bulan Juni - Agustus 2013 di RS.Syech Yusuf
dan PKM Maros Makassar. Dari 100 sampel yang diperoleh, 31 sampel yang memenuhi
kriteria inklusi dan dilakukan uji sampel di Laboratorium Mikrobiologi Universitas
Hasanuddin Makassar . Penelitian ini menggunakan metode penelitian purposive
sampling. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk melihat ekspresi gen CATp pada
Salmonella typhii yang positif dan negatif.
Pengumpulan Sampel dan Kultur bakteri. Sampel yang dikumpulkan berupa darah
sebanyak 5cc dan dimasukkan dalam medium broth lalu diinkubasi selama 24 jam.
Setelah di Inkubasi sampel dikultur dalam medium agar SS dan di Inkubasi kembali
selama 24 jam. Tampak koloni bulat, putih, licin. berukuran kecil dan sedang. Hasil yang
diperoleh terdapat 31 koloni sampel Salmonella typhii.
Gambar 6. Isolat Salmonella Negatif. Tak tampak koloni
Koloni (-) Koloni (-)
Koloni (-)
43
Gambar 7. Isolat Salmonella Positif. Tampak koloni berwarna putih . Warna hitam
merupakan gas yang dibentuk oleh S typhii
Tes Biokimia. Untuk membedakan apakah isolate yang ditemukan merupakan isolate
Salmonella typhii bukan salmonella yang lainnya kita melakukan uji biokimia. Uji biokimia
yang kita lakukan adalah tes TSIA dengan cara menanam isolate yang ditemukan
kedalam agar miring TSIA, dan di inkubasi pada suhu 37 °C. Hasilnya dapat kita baca
setelah 24 jam. Hasil yang diperoleh terdapat 31 sampel positif S typhii.
Gambar 8. Media TSIA
Koloni (+)
Koloni (+)
Koloni (+)
44
Gambar 9. Tes TSIA Positif. Pada gambar terlihat warna hitam yang merupakan ciri khas
S typhii. Mengeluarkan gas.
Uji sensitivitas. Uji ini dilakukan untuk melihat sensitivitas isolat terhadap antibiotik,
antibiotik yang digunakan adalah kloramfenikol menggunakan Metode Kirby Bauer. Isolate
S.typhi yang telah di tes TSIA dilakukan uji sensitivitas terhadap kloramfenikol dengan
menggunakan disk cakram kloramfenikol 30µg. Sebelumnya isolat Salmonella typhii di
apus dalam medium agar dengan menggunakan kapas lidi, setelah merata , disk cakram
diletakkan pada isolate yang telah diapus dalam medium agar. Kemudian medium
diinkubasi selama 18-24 jam. Dari hasil penelitian diperoleh 1 strain S.typhi yang resisten
dan 30 strain S.typhi yang sensitif terhadap kloramfenikol .
Redish basa
(alkaline)
Slight H2S
Yellow butt (acidic)
45
Gambar 10. Uji Sensitivitas. Pada gambar terlihat zona sensitvitas pada Sampel S12,S14.
Gambar 11. Uji Sensitivitas. Pada gambar terlihat zona sensitvitas pada Sampel MMS049
Dan pada sampel MMS 030 tidak tampak zona sensitivitas atau resisten
Untuk hasil Uji Sensitivitas Salmonella typhii terhadap kloramfenikol dapat dilihat pada
tabel 4
Resisten (1mm) Sensitif (27 mm)
Sensitif (27mm)
Sensitif (25mm)
46
Tabel 4. Tabel hasil uji sensitivitas salmonella typhii
Sampel Uji Sensitivitas Diameter
1 S 27 mm 2 S 24 mm 3 R 1 mm 4 S 29 mm 5 S 31 mm 6 S 25 mm 7 S 25 mm 8 S 30 mm 9 S 33 mm 10 S 26 mm 11 S 30 mm 12 S 27 mm 13 S 20 mm 14 S 27 mm 15 S 25 mm 16 S 30 mm 17 S 25 mm 18 S 26 mm 19 S 24 mm 20 S 25 mm 21 S 26 mm 22 S 28 mm 23 S 24 mm 24 S 24 mm 25 S 35 mm 26 S 27 mm 27 S 27 mm 28 S 27 mm 29 S 25 mm 30 S 23 mm 31 S 29 mm
PCR. Setelah didapatkan hasil uji sensitivitas tahap selanjutnya melihat mutasi gen
CAT P dengan menggunakan PCR. Sebelum 31 sampel dilihat ekspresi mutasi gen CAT
P kita menguji 10 sampel secara acak dengan PCR (Polymerase Chain Reaction) untuk
memastikan apakah sampel yang ada benar salmonella typhii dengan melihat ekspresi
47
gen Salmonella typhi. Dengan siklus 90°C selama satu menit , 94°C selama 45 detik,
57°C selama 45 detik, 72°C selama 1 menit 30 detik selama 40 kali. Hasil yang diperoleh
semua sampel yang diuii yaitu 10 sampel semuanya positif mengekspresikan gen
Salmonella typhii.
Berikutnya ke 31 sampel baik yang sensitif dan resisten diuji untuk melihat ekspresi
mutasi gen CAT P di PCR dengan siklus 94°C selama 1 menit, 94°C selama 1,5 menit,
50°C selama 1 menit , 72 °C selama 1 menit dan 72°C selama 5 menit selama 30 kali dan
diperoleh 7 sampel yang mengekspresikan mutasi gen CAT P. Ekspresi gen dapat
dilihat pada gambar 12.
Gambar 12. Ekspresi Gen CAT P tampak pada sampel 1,2,3,10,11,12,13
48
Gambar 13. Pada sampel 17 sampai sampel 31 tidak nampak ekspresi Gen CAT P
Tabel 5. Tabel ekpresi mutasi gen CAT P pada Salmonela typhii yang resisten dan
sensitif
Disk Difusi
Gen CAT P Total
Positif Negatif
N % N %
R 1 100 0 0 1
S 6 20 24 80 30
Jumlah 7 22 24 77 31
Dari tabel 5 tampak mutasi gen CAT P tidak hanya terdapat pada yang isolate yang
resisten, namun mutasi juga didapatkan pada isolate yang sensitive. Prosentase
kehadiran mutasi gen CAT P pada isolate yang resisten 100% dan prosentase isolate
yang sensitive 20%. Total prosentase isolate yang mengalami mutasi gen CAT P adalah
22 %.
436
7
49
B. PEMBAHASAN
Demam tifoid merupakan masalah kesehatan di negara yang sedang berkembang.
Sampai saat ini untuk menegakkan diagnosis masih menggunakan standar baku yaitu
berdasarkan kultur darah . Metode diagnostik yang cepat, sederhana, dan murah sangat
dibutuhkan. Tes serologi Widal merupakan tes yang memenuhi kriteria tersebut, dan
hingga saat ini masih banyak digunakan. (Rahman A, Fatmawati.,2011)
Berdasarkan hasil penelitian ini sensitifitas dan spesifitas tes widal sangatlah
rendah. Dari 100 sampel yang dikumpulkan , pasien yang diuji dengan tes widal positif
dan titer H 1/320 dan dilakukan tes kultur darah yang memberikan hasil positif pada kultur
hanya 31(31%) sampel. Hal ini sesuai dengan penelitian yang dilakukan oleh Rahman A
dan Fatmawati. Dalam penelitiannya mereka melaporkan untuk nilai spesifisitas tes
serologi Widal berdasarkan cut-off point adalah: Salmonella thypi O (10%), Salmonella
thypi H (16,667%).(Rahman A, FAtmawati., 2011)
Menurut penelitian yang dilakukan oleh Zulfikar A. Butta kultur darah mempunyai
nilai sensitifitas sebesar 40-80%. Dan pada daerah endemik memiliki nilai yang lebih
rendah, kemungkinan hal ini disebabkan karena tingginya penggunaan antibiotik.
(Rahman A, Fatmawati., 2011)
Di negara maju, angka kejadian infeksi Salmonella dan wabah telah meningkat
beberapa kali lipat selama beberapa waktu terakhir. Berdasarkan penelitian yang kami
lakukan dari 100 sampel kami berhasil mengumpulkan 31 (31%) sampel isolat salmonella
typhii dan dari penelitian ini isolat Salmonella typhii yang resisten didapatkan 1 isolat dari
31 jumlah sampel. Penelitian ini menunjukkan ada penurunan jumlah pasien yang
50
resisten terhadap khlormfenikol (3,2%). Karena pada penelitian sebelumnya data yang
telah dilaporkan oleh Smith pada tahun 2007 ada sekitar 6,8%. (Hatta dan Ratnawati.,
2008). Mungkin hal ini di dapat disebabkan oleh karena jangka waktu penelitian yang
singkat dibanding penelitian yang dilakukan oleh Smith.
Plasmid berperan sebagai perantara dalam produksi enzim CAT. Kloramfenikol
asetiltransferase (atau CAT) adalah enzim bakteri yang mendetoksifikasi antibiotik
kloramfenikol dan bertanggung jawab untuk resistensi pada bakteri kloramfenikol. Dari
hasil penelitian yang dilakukan didapatkan 1 sampel resisten yang positif mengekspreikan
gen CAT P (100%) dan 6 sampel yang sensitive mengekspresikan mutasi gen CAT P
(22%).
Menurut Sambrook., 2001 dan Wain dkk.,2003 gen yang bertanggung jawab terhadap
resistensi kloramfenikol terletak pada Tn 9 dengan panjang 1102 bp dan yang mengkode
enzim CAT panjangnya 293 bp. (Nurtjahyani ., 2012) Pada penelitian ini yang mengkode
enzim CAT p panjangnya 436 bp
Gen CAT p yang terdeteksi pada sampel 1,2,3,10,11,12,13 (7 dari 31 sampel) 23%
bukan merupakan gen tunggal yang menjadi penyebab reaksi terhadap kloramphenikol
hal ini mungkin di sebabkan juga oleh gen yang di sandi oleh plasmid gen resisten yang
dimiliki oleh kuman sehingga tetap tampak secara phenotypenya sensitif terhadap
khloramphenikol.
Adanya gen CAT P positif pada sampel no 1,2,10,11,12,13 yang sensitif terhadap
khloramphenikol disebabkan belum terekspresinya gen tersebut secara phenotype
sehingga belum terlihat adanya resisten pada sampel tersebut.
51
Pada sampel no 3 ditemukan gen CAT P dimana sampel tersebut telah terekspresi
phenotypenya yang dapat dinilai dengan menggunakan test disk difusi yang memberi
hasil khloramphenikol resisten dengan diameter disk difusi 1 mm.
52
BAB VI
PENUTUP
A. KESIMPULAN
1. Gen CAT P bukan merupakan satu-satunya faktor yang menyebabkan resistensi
pada khloramphenikol.
2. Gen CAT P dapat ditemukan pada isolate Salmonella yang resisten dan sensitive
B. SARAN
1. Perlu dilakukan penelitian dengan jumlah sampel dan waktu penelitian yang lebih
lama
2. Diperlukan penelitian lebih lanjut untuk mengetahui bagaimana penggunaan
antibiotik seperti khloramphenikol dalam masyarakat.
3. Perlunya pertimbangan untuk mencari alat penegakan diagnosa yang lebih akurat
dan cepat selain tes Widal dalam menegakkan diagnosa di Puskesmas dan Rumah
sakit.
53
DAFTAR PUSTAKA
Brooks GF, Butel JS, Morse SA. 2004 Prinsip Mikrobiologi Kedokteran diagnostic.
Brooks,Melnick & Adelberg’s medical microbiology,(23), 717-18 Chau TT, Campbell JI, Galindo CM. 2007. Antimicrobial drugs resistance of Salmonella
enteric serovar typhi in Asia and molecular mechanism of reduced susceptibility to the fluoroquinolones. Antimic Agent Chemother, 51(12), 4315-23
Gaind R, Paglietti B, Murgia M, et al. 2006. Molecular characterization of ciprofloxacin-
resistant Salmonella enteric seroar typhi and paratyphi A causing enteric fever in India. J Antimic Chemother, 58, 1139-44
Hatta M, Smits HL. 2007. Detection of Salmonella typhi by nested polymerase chain
reaction in blood, urine, and stool samples. J Trop Med Hyg, 76(1), 139-43 Hatta M, Ratnawati. 2008. Enteric fever in endemic areas of Indoneisa: an increasing
problem of resistance. J Infect Develop Countries, 2(4), 279-82 Hatta M, Sultan AR, Pastoor R, Smits HL. 2011. New flagellin gene for salmonella enteric
serovar typhi from the ease Indonesian archipelago. Am J Trop Med Hyg, 1-6 Haque A, Haque A, Sarwar Y. 2005. Multiplex PCR for determination of drug resistance
against standard anti typhoid drugs in blood sampel of typhoid patients Mirza S, Kariuki S, Mamun KZ, Beeching NJ, Hart CA. 2000. Analysis of plasmid and
chromosomal DNA of multidrug resistant Salmonella enteric serovar typhi from Asia. J Clin Microbiol, 38(4), 1449-52
Musdalifah I 2012. Deteksi Gen Resisten Chloramphenicol dan Erytromycin pada Llasmid
Bakteri Asam Laktat dari Pangan Fermentasi Tradisional Indonesia. Jakarta ; FMIPA Program Studi Biologi -UI
N.Noogrady, I.Gado, P. Zsolt Fekete. 2005. Chloramphenicol resistance genes in
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium isolated from human and animal sources in Hungary. Vet. Med. – Czech, 50,(4): 164–170
Nurtjahyani D,S. 2012. Transformasi dna plasmid salmonella typhi resisten kloramfenikol
ke kultur salmonella typhi sensitif kloramfenikol. Prospektus, X(2) Parry CM, Hien TT, Dougan G, White NJ, Farrar JJ. 2002. Typhoid Fever. NEJM, 347(22) Prescott LM, Harley JP .2002. The Effects of Chemical Agents on Bacteria II:
Antimicrobial Agents (Kirby-Bauer Method) , 5((43), 257-61
54
Rachman, A.,Fatmawati. 2011. Uji Diagnostik Tes Serologi Wudal dibandingkan dengan kultur darah sebagai baku emas untuk diagnostic demam tifoid di RSUP dr.Kariadi Semarang. Semarang : Program Pascasarjana UNDIP
Smith A . 2004 . Hugo and Russell’s Pharmaceutical Microbiology, Seventh ed, Blackwell
Science. UK Yuwono T . 2006. Teori dasar PCR, PT Andi. Jogjakarta
55
Lampiran 1. Reverse : CTGGTGAAACTCACCCAGGG – complementary : ccctgggtgagtttcaccag
PCR product 436 bp
U46780:Synthetic construct trap vector for...
Query ID
gi|1197593|gb|U46780.1|SCU46780
Description
Synthetic construct trap vector for isolation of bacterial IS elements, aminoglycoside-
3:adenyltransferase (aadA), neomycin phosphotransferase (neo), chloramphenicol acetyl
transferase (cat), beta-lactamase (bla) genes, complete cds
Molecule type
nucleic acid
Query Length
8097
Subject ID
lcl|44835
Description
None
Molecule type
nucleic acid
Subject Length
20
Other reports: Search Summary
Dot Matrix View
Plot of gi|1197593|gb|U46780.1|SCU46780 vs lcl|44835
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?cmd=Search&db=nucleotide&term=U46780.1&dopt=GenBankhttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgihttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
56
Descriptions
Sequences producing significant alignments:
Select:AllNone Selected:0
Alignments Download Graphics Show/hide columns of the table presenting sequences producing
significant alignments
Sequences producing significant alignments:
Select for downloading or viewing reports Description Score Percent Ident Accession
None provided -16124.0 0% 44835
Alignments
Download Graphics Next Previous Descriptions
Sequence ID: lcl|44835Length: 20Number of Matches: 1
Related Information
Range 1: 1 to 20Graphics Next Match Previous Match
Alignment statistics for match #1
NW Score Identities Gaps Strand
-16124 20/8097(0%) 8077/8097(99%) Plus/Plus
Query 1 GGGGATCCGGTGATTGATTGAGCAAGCTTTATGCTTGTAAACCGTTTTGTGAAAAAATTT 60
Query 61 TTAAAATAAAAAAGGGGACCTCTAGGGTCCCCAATTAATTAGTAATATAATCTATTAAAG 120
Query 121 GTCATTCAAAAGGTCATCCACCGGATCAGCTTAGTAAAGCCCTCGCTAGATTTTAATGCG 180
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgihttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgihttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgihttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgihttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#alignInfohttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#dsDownloadhttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgihttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#dsConfighttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#dsConfighttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#dsConfighttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Get&ALIGNMENTS=100&ALIGNMENT_VIEW=Pairwise&BLAST_SPEC=GlobalAln&DATABASE_SORT=0&DESCRIPTIONS=100&DYNAMIC_FORMAT=on&FIRST_QUERY_NUM=0&FORMAT_OBJECT=Alignment&FORMAT_PAGE_TARGET=&FORMAT_TYPE=HTML&I_THRESH=&LINE_LENGTH=60&MASK_CHAR=2&MASK_COLOR=1&NUM_OVERVIEW=0&OLD_BLAST=false&PAGE=Nucleotides&QUERY_INDEX=0&QUERY_NUMBER=0&RESULTS_PAGE_TARGET=&RID=2ZVUWC7711N&SHOW_LINKOUT=yes&STEP_NUMBER=&WORD_SIZE=11&OLD_VIEW=false&DISPLAY_SORT=1&HSP_SORT=1http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#alnHdr_44835http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgihttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#dlgDwnl_44835http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/sviewer/?RID=2ZVUWC7711N&id=lcl%7C44835&tracks=%5bkey:sequence_track,name:Sequence,display_name:Sequence,id:STD1,category:Sequence,annots:Sequence,ShowLabel:true%5d%5bkey:gene_model_track,CDSProductFeats:false%5d%5bkey:alignment_track,name:other%20alignments,annots:NG%20Alignments%7CRefseq%20Alignments%7CGnomon%20Alignments%7CUnnamed,shown:false%5d&v=1:20&appname=ncbiblast&link_loc=fromSubjhttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#dtr_44835http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/sviewer/?RID=2ZVUWC7711N&id=lcl%7C44835&tracks=%5bkey:sequence_track,name:Sequence,display_name:Sequence,id:STD1,category:Sequence,annots:Sequence,ShowLabel:true%5d%5bkey:gene_model_track,CDSProductFeats:false%5d%5bkey:alignment_track,name:other%20alignments,annots:NG%20Alignments%7CRefseq%20Alignments%7CGnomon%20Alignments%7CUnnamed,shown:false%5d&v=1:20&appname=ncbiblast&link_loc=fromHSP
57
Query 181 GATGTTGCGATTACTTCGCCAACTATTGCGATAACAAGAAAAAGCCAGCCTTTCATGATA 240
Query 241 TATCTCCCAATTTGTGTAGGGCTTATTATGCACGCTTAAAAATAATAAAAGCAGACTTGA 300
Query 301 CCTGATAGTTTGGCTGTGAGCAATTATGTGCTTAGTGCATCTAACGCTTGAGTTAAGCCG 360
Query 361 CGCCGCGAAGCGGCGTCGGCTTGAACGAATTGTTAGACATTATTTGCCGACTACCTTGGT 420
Query 421 GATCTCGCCTTTCACGTAGTGGACAAATTCTTCCAACTGATCTGCGCGCGAGGCCAAGCG 480
Query 481 ATCTTCTTCTTGTCCAAGATAAGCCTGTCTAGCTTCACGTATGACGGGCTGATACTGGGC 540
Query 541 CGGCAGGCGCTCCATTGCCCAGTCGGCAGCGACCTCCTTCGGCGCGATTTTGCCGGTTAC 600
Query 601 TGCGCTGTACCAAATGCGGGACAACGTAAGCACTACATTTCGCTCATCGCCAGCCCAGTC 660
Query 661 GGGCGGCGAGTTCCATAGCGTTAAGGTTTCATTTAGCGCCTCAAATAGATCCTGTTCAGG 720
Query 721 AACCGGATCAAAGAGTTCCTCCGCCGCTGGACCTACCAAGGCAACGCTATGTTCTCTTGC 780
Query 781 TTTTGTCAGCAAGATAGCCAGATCAATGTCGATCGTGGCTGGCTCGAAGATACCTGCAAG 840
Query 841 AATGTCATTGCGCTGCCATTCTCCAAATTGCAGTTCGCGCTTAGCTGGATAACGCCACGG 900
Query 901 AATGATGTCGTCGTGCACAACAATGGTGACTTCTACAGCGCGGAGAATCTCGCTCTCTCC 960
Query 961 AGGGGAAGCCGAAGTTTCCAAAAGGTCGTTGATCAAAGCTCGCCGCGTTGTTTCATCAAG 1020
Query 1021 CCTTACGGTCACCGTAACCAGCAAATCAATATCACTGTGTGGCTTCAGGCCGCCATCCAC 1080
Query 1081 TGCGGAGCCGTACAAATGTACGGCCAGCAACGTCGGTTCGAGATGGCGCTCGATGACGCC 1140
Query 1141 AACTACCTCTGATAGTTGAGTCGATACTTCGGCGATCACCGCTTCCCTCATGATGTTTAA 1200
Query 1201 CTTTGTTTTAGGGCGACTGCCCTGCTGCGTAACATCGTTGCTGCTCCATAACATCAAACA 1260
Query 1261 TCGACCCACGGCGTAACGCGCTTGCTGCTTGGATGCCCGAGGCATAGACTGTACCCCAAA 1320
58
Query 1321 AAAACAGTCATAACAAGCCATGAAAACCGCCACTGCGCCGTTACCACCGCTGCGTTCGGT 1380
Query 1381 CAAGGTTCTGGACCAGTTGCGTGAGCGCATACGCTACTTGCATTACAGCTTACGAACCGA 1440
Query 1441 ACAGGCTTATGTCCACTGGGTTCGTGCCTTCATCCGTTTCCACGGTGTGCGTCACCCGGC 1500
Query 1501 AACCTTGGGCAGCAGCGAAGTCGAGGCATTTCTGTCCTGGCTGGCGAACGAGCGCAAGGT 1560
Query 1561 TTCGGTCTCCACGCATCGTCAGGCATTGGCGGCCTTGCTGTTCTTCTACGGCAAGGTGCT 1620
Query 1621 GTGCACGGATCTGCCCTGGCTTCAGGAGATCGGAAGACCTCGGCCGTCGCGGCGCTTGCC 1680
Query 1681 GGTGGTGCTGACCCCGGATGAAGTGGTTCGCATCCTCGGTTTTCTGGAAGGCGAGCATCG 1740
Query 1741 TTTGTTCGCCCAGCTTCTGTATGGAACGGGCATGCGGATCAGTGAGGGTTTGCAACTGCG 1800
Query 1801 GGTCAAGGATCTGGATTTCGATCACGGCACGATCATCGTGCGGGAGGGCAAGGGCTCCAA 1860
Query 1861 GGATCGGGCCTTGATGTTACCCGAGAGCTTGGCACCCAGCCTGCGCGAGCAGGGGAATTG 1920
Query 1921 ATCCGGTGGATGACCTTTTGAATGACCTTTAATAGATTATATTACTAATTAATTGGGGAC 1980
Query 1981 CCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAATTTTTTCACAAAACGGTTTACAAGCATAAAG 2040
Query 2041 CTTGCTCAATCAATCACCGGATCCCCAGCTTTAATGCGGTAGTTTATCACAGTTAAATTG 2100
Query 2101 CTAACGCAGTCAGGCACCGTGTATGAAATCTAACAATGCGCTCATCGTCATCCTCGGCAC 2160
Query 2161 CGTCACCCTGGATGCTGTAGGCATAGGCTTGGTTATGCCGGTACTGCCGGGCCTCTTGCG 2220
Query 2221 GGATATCGTCCATTCCGACAGCATCGCCAGTCACTATGGCGTGCTGCTAGCGCTATATGC 2280
Query 2281 GTTGATGCAATTTCTATGCGCACCCGTTCTCGGAGCACTGTCCGACCGCTTTGGCCGCCG 2340
Query 2341 CCCAGTCCTGCTCGCTTCGCTACTTGGAGCCACTATCGACTACGCGATCATGGCGACCAC 2400
Query 2401 ACCCGTCCTGTGGATCTGATCAAGAGACAGGATGGATCGTTTCGCATGATTGAACAAGAT 2460
59
Query 2461 GGATTGCACGCAGGTTCTCCGGCCGCTTGGGTGGAGAGGCTATTCGGCTATGACTGGGCA 2520
Query 2521 CAACAGACAATCGGCTGCTCTGATGCCGCCGTGTTCCGGCTGTCAGCGCAGGGGCGCCCG 2580
Query 2581 GTTCTTTTTGTCAAGACCGACCTGTCCGGTGCCCTGAATGAACTGCAGGACGAGGCAGCG 2640
Query 2641 CGGCTATCGTGGCTGGCCACGACGGGCGTTCCTTGCGCAGCTGTGCTCGACGTTGTCACT 2700
Query 2701 GAAGCGGGAAGGGACTGGCTGCTATTGGGCGAAGTGCCGGGGCAGGATCTCCTGTCATCT 2760
Query 2761 CACCTTGCTCCTGCCGAGAAAGTATCCATCATGGCTGATGCAATGCGGCGGCTGCATACG 2820
Query 2821 CTTGATCCGGCTACCTGCCCATTCGACCACCAAGCGAAACATCGCATCGAGCGAGCACGT 2880
Query 2881 ACTCGGATGGAAGCCGGTCTTGTCGATCAGGATGATCTGGACGAAGAGCATCAGGGGCTC 2940
Query 2941 GCGCCAGCCGAACTGTTCGCCAGGCTCAAGGCGCGCATGCCCGACGGCGAGGATCTCGTC 3000
Query 3001 GTGACCCATGGCGATGCCTGCTTGCCGAATATCATGGTGGAAAATGGCCGCTTTTCTGGA 3060
Query 3061 TTCATCGACTGTGGCCGGCTGGGTGTGGCGGACCGCTATCAGGACATAGCGTTGGCTACC 3120
Query 3121 CGTGATATTGCTGAAGAGCTTGGCGGCGAATGGGCTGACCGCTTCCTCGTGCTTTACGGT 3180
Query 3181 ATCGCCGCTCCCGATTCGCAGCGCATCGCCTTCTATCGCCTTCTTGACGAGTTCTTCTGA 3240
Query 3241 GCGGGACTCTGGGGTTCGAAATGACCGACCAAGCGACGCCCAACCTGCCATCACGAGATT 3300
Query 3301 TCGATTCCACCGCCGCCTTCTATGAAAGGTTGGGCTTCGGAATCGTTTTCCGGGACGCCG 3360
Query 3361 GCTGGATGATCCTCCAGCGCGGGGATCTCATGCTGGAGTTCTTCGCCCACCCCGGGCTCG 3420
Query 3421 ATCCCCTCGCGAGTTGGTTCAGCTGCTGCCTGAGGCTGGACGACCTCGCGGAGTTCTACC 3480
Query 3481 GGCAGTGCAAATCCGTCGGCATCCAGGAAACCAGCAGCGGCTATCCGCGCATCCATGCCC 3540
Query 3541 CCGAACTGCAGGAGTGGGGAGGCACGATGGCCGCTTTGGTCGAGATTTTCAGGAGCTAAG 3600
60
Query 3601 GAAGCTAAAATGGAGAAAAAAATCACTGGATATACCACCGTTGATATATCCCAATGGCAT 3660
Query 3661 CGTAAAGAACATTTTGAGGCATTTCAGTCAGTTGCTCAATGTACCTATAACCAGACCGTT 3720
Query 3721 CAGCTGGATATTACGGCCTTTTTAAAGACCGTAAAGAAAAATAAGCACAAGTTTTATCCG 3780
Query 3781 GCCTTTATTCACATTCTTGCCCGCCTGATGAATGCTCATCCGGAATTCCGTATGGCAATG 3840
Query 3841 AAAGACGGTGAGCTGGTGATATGGGATAGTGTTCACCCTTGTTACACCGTTTTCCATGAG 3900
Query 3901 CAAACTGAAACGTTTTCATCGCTCTGGAGTGAATACCACGACGATTTCCGGCAGTTTCTA 3960
Query 3961 CACATATATTCGCAAGATGTGGCGTGTTACGGTGAAAACCTGGCCTATTTCCCTAAAGGG 4020
Query 4021 TTTATTGAGAATATGTTTTTCGTCTCAGCCAATCCCTGGGTGAGTTTCACCAGTTTTGAT 4080
||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CCCTGGGTGAGTTTCACCAG 20
Query 4081 TTAAACGTGGCCAATATGGACAACTTCTTCGCCCCCGTTTTCACCATGGGCAAATATTAT 4140
Query 4141 ACGCAAGGCGACAAGGTGCTGATGCCGCTGGCGATTCAGGTTCATCATGCCGTCTGTGAT 4200
Query 4201 GGCTTCCATGTCGGCAGAATGCTTAATGAATTACAACAGTACTGCGATGAGTGGCAGGGC 4260
Query 4261 GGGGCGTAATTTTTTTAAGGCAGTTATTGGTGCCCTTAAACGCCTGGTGCTACGCCTGAA 4320
Query 4321 TAAGTGATAATAAGCGGATGAATGGCAGAAATTCGACCGATGCCCTTGAGAGCCTTCAAC 4380
Query 4381 CCAGTCAGCTCCTTCCGGTGGGCGCGGGGCATGACTATCGTCGCCGCACTTATGACTGTC 4440
Query 4441 TTCTTTATCATGCAACTCGTAGGACAGGTGCCGGCAGCGCTCTGGGTCATTTTCGGCGAG 4500
Query 4501 GACCGCTTTCGCTGGAGCGCGACGATGATCGGCCTGTCGCTTGCGGTATTCGGAATCTTG 4560
Query 4561 CACGCCCTCGCTCAAGCCTTCGTCACTGGTCCCGCCACCAAACGTTTCGGCGAGAAGCAG 4620
Query 4621 GCCATTATCGCCGGCATGGCGGCCGACGCGCTGGGCTACGTCTTGCTGGCGTTCGCGACG 4680
Query 4681 CGAGGCTGGATGGCCTTCCCCATTATGATTCTTCTCGCTTCCGGCGGCATCGGGATGCCC 4740
61
Query 4741 GCGTTGCAGGCCATGCTGTCCAGGCAGGTAGATGACGACCATCAGGGACAGCTTCAAGGA 4800
Query 4801 TCGCTCGCGGCTCTTACCAGCCTAACTTCGATCACTGGACCGCTGATCGTCACGGCGATT 4860
Query 4861 TATGCCGCCTCGGCGAGCACATGGAACGGGTTGGCATGGATTGTAGGCGCCGCCCTATAC 4920
Query 4921 CTTGTCTGCCTCCCCGCGTTGCGTCGCGGTGCATGGAGCCGGGCCACCTCGACCTGAATG 4980
Query 4981 GAAGCCGGCGGCACCTCGCTAACGGATTCACCACTCCAAGAATTGGAGCCAATCAATTCT 5040
Query 5041 TGCGGAGAACTGTGAATGCGCAAACCAACCCTTGGCAGAACATATCCATCGCGTCCGCCA 5100
Query 5101 TCTCCAGCAGCCGCACGCGGCGCATCTCGGGCAGCGTTGGGTCCTGGCCACGGGTGCGCA 5160
Query 5161 TGATCGTGCTCCTGTCGTTGAGGACCCGGCTAGGCTGGCGGGGTTGCCTTACTGGTTAGC 5220
Query 5221 AGAATGAATCACCGATACGCGAGCGAACGTGAAGCGACTGCTGCTGCAAAACGTCTGCGA 5280
Query 5281 CCTGAGCAACAACATGAATGGTCTTCGGTTTCCGTGTTTCGTAAAGTCTGGAAACGCGGA 5340
Query 5341 AGTCAGCGCCCTGCACCATTATGTTCCGGATCTGCATCGCAGGATGCTGCTGGCTACCCT 5400
Query 5401 GTGGAACACCTACATCTGTATTAACGAAGCGCTGGCATTGACCCTGAGTGATTTTTCTCT 5460
Query 5461 GGTCCCGCCGCATCCATACCGCCAGTTGTTTACCCTCACAACGTTCCAGTAACCGGGCAT 5520
Query 5521 GTTCATCATCAGTAACCCGTATCGTGAGCATCCTCTCTCGTTTCATCGGTATCATTACCC 5580
Query 5581 CCATGAACAGAAATTCCCCCTTACACGGAGGCATCAAGTGACCAAACAGGAAAAAACCGC 5640
Query 5641 CCTTAACATGGCCCGCTTTATCAGAAGCCAGACATTAACGCTTCTGGAGAAACTCAACGA 5700
Query 5701 GCTGGACGCGGATGAACAGGCAGACATCTGTGAATCGCTTCACGACCACGCTGATGAGCT 5760
Query 5761 TTACCGCAGCTGCCTCGCGCGTTTCGGTGATGACGGTGAAAACCTCTGACACATGCAGCT 5820
Query 5821 CCCGGAGACGGTCACAGCTTGTCTGTAAGCGGATGCCGGGAGCAGACAAGCCCGTCAGGG 5880
62
Query 5881 CGCGTCAGCGGGTGTTGGCGGGTGTCGGGGCGCAGCCATGACCCAGTCACGTAGCGATAG 5940
Query 5941 CGGAGTGTATACTGGCTTAACTATGCGGCATCAGAGCAGATTGTACTGAGAGTGCACCAT 6000
Query 6001 ATGCGGTGTGAAATACCGCACAGATGCGTAAGGAGAAAATACCGCATCAGGCGCTCTTCC 6060
Query 6061 GCTTCCTCGCTCACTGACTCGCTGCGCTCGGTCGTTCGGCTGCGGCGAGCGGTATCAGCT 6120
Query 6121 CACTCAAAGGCGGTAATACGGTTATCCACAGAATCAGGGGATAACGCAGGAAAGAACATG 6180
Query 6181 TGAGCAAAAGGCCAGCAAAAGGCCAGGAACCGTAAAAAGGCCGCGTTGCTGGCGTTTTTC 6240
Query 6241 CATAGGCTCCGCCCCCCTGACGAGCATCACAAAAATCGACGCTCAAGTCAGAGGTGGCGA 6300
Query 6301 AACCCGACAGGACTATAAAGATACCAGGCGTTTCCCCCTGGAAGCTCCCTCGTGCGCTCT 6360
Query 6361 CCTGTTCCGACCCTGCCGCTTACCGGATACCTGTCCGCCTTTCTCCCTTCGGGAAGCGTG 6420
Query 6421 GCGCTTTCTCATAGCTCACGCTGTAGGTATCTCAGTTCGGTGTAGGTCGTTCGCTCCAAG 6480
Query 6481 CTGGGCTGTGTGCACGAACCCCCCGTTCAGCCCGACCGCTGCGCCTTATCCGGTAACTAT 6540
Query 6541 CGTCTTGAGTCCAACCCGGTAAGACACGACTTATCGCCACTGGCAGCAGCCACTGGTAAC 6600
Query 6601 AGGATTAGCAGAGCGAGGTATGTAGGCGGTGCTACAGAGTTCTTGAAGTGGTGGCCTAAC 6660
Query 6661 TACGGCTACACTAGAAGGACAGTATTTGGTATCTGCGCTCTGCTGAAGCCAGTTACCTTC 6720
Query 6721 GGAAAAAGAGTTGGTAGCTCTTGATCCGGCAAACAAACCACCGCTGGTAGCGGTGGTTTT 6780
Query 6781 TTTGTTTGCAAGCAGCAGATTACGCGCAGAAAAAAAGGATCTCAAGAAGATCCTTTGATC 6840
Query 6841 TTTTCTACGGGGTCTGACGCTCAGTGGAACGAAAACTCACGTTAAGGGATTTTGGTCATG 6900
Query 6901 AGATTATCAAAAAGGATCTTCACCTAGATCCTTTTAAATTAAAAATGAAGTTTTAAATCA 6960
Query 6961 ATCTAAAGTATATATGAGTAAACTTGGTCTGACAGTTACCAATGCTTAATCAGTGAGGCA 7020
63
Query 7021 CCTATCTCAGCGATCTGTCTATTTCGTTCATCCATAGTTGCCTGACTCCCCGTCGTGTAG 7080
Query 7081 ATAACTACGATACGGGAGGGCTTACCATCTGGCCCCAGTGCTGCAATGATACCGCGAGAC 7140
Query 7141 CCACGCTCACCGGCTCCAGATTTATCAGCAATAAACCAGCCAGCCGGAAGGGCCGAGCGC 7200
Query 7201 AGAAGTGGTCCTGCAACTTTATCCGCCTCCATCCAGTCTATTAATTGTTGCCGGGAAGCT 7260
Query 7261 AGAGTAAGTAGTTCGCCAGTTAATAGTTTGCGCAACGTTGTTGCCATTGCTGCAGGCATC 7320
Query 7321 GTGGTGTCACGCTCGTCGTTTGGTATGGCTTCATTCAGCTCCGGTTCCCAACGATCAAGG 7380
Query 7381 CGAGTTACATGATCCCCCATGTTGTGCAAAAAAGCGGTTAGCTCCTTCGGTCCTCCGATC 7440
Query 7441 GTTGTCAGAAGTAAGTTGGCCGCAGTGTTATCACTCATGGTTATGGCAGCACTGCATAAT 7500
Query 7501 TCTCTTACTGTCATGCCATCCGTAAGATGCTTTTCTGTGACTGGTGAGTACTCAACCAAG 7560
Query 7561 TCATTCTGAGAATAGTGTATGCGGCGACCGAGTTGCTCTTGCCCGGCGTCAACACGGGAT 7620
Query 7621 AATACCGCGCCACATAGCAGAACTTTAAAAGTGCTCATCATTGGAAAACGTTCTTCGGGG 7680
Query 7681 CGAAAACTCTCAAGGATCTTACCGCTGTTGAGATCCAGTTCGATGTAACCCACTCGTGCA 7740
Query 7741 CCCAACTGATCTTCAGCATCTTTTACTTTCACCAGCGTTTCTGGGTGAGCAAAAACAGGA 7800
Query 7801 AGGCAAAATGCCGCAAAAAAGGGAATAAGGGCGACACGGAAATGTTGAATACTCATACTC 7860
Query 7861 TTCCTTTTTCAATATTATTGAAGCATTTATCAGGGTTATTGTCTCATGAGCGGATACATA 7920
Query 7921 TTTGAATGTATTTAGAAAAATAAACAAATAGGGGTTCCGCGCACATTTCCCCGAAAAGTG 7980
Query 7981 CCACCTGACGTCTAAGAAACCATTATTATCATGACATTAACCTATAAAAATAGGCGTATC 8040
Query 8041 ACGAGGCCCTTTCGTCTTCAAGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCATCGATAAGCT
64
Lampiran 2.
U46780:Synthetic construct trap vector for...
Query ID
gi|1197593|gb|U46780.1|SCU46780
Description
Synthetic construct trap vector for isolation of bacterial IS elements, aminoglycoside-
3:adenyltransferase (aadA), neomycin phosphotransferase (neo), chloramphenicol acetyl
transferase (cat), beta-lactamase (bla) genes, complete cds
Molecule type
nucleic acid
Query Length
8097
Subject ID
lcl|32329
Description
None
Molecule type
nucleic acid
Subject Length
20
Other reports: Search Summary
Dot Matrix View
Plot of gi|1197593|gb|U46780.1|SCU46780 vs lcl|32329
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?cmd=Search&db=nucleotide&term=U46780.1&dopt=GenBankhttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgihttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
65
Descriptions
Sequences producing significant alignments:
Select:AllNone Selected:0
Alignments Download Graphics Show/hide columns of the table presenting sequences producing
significant alignments
Sequences producing significant alignments:
Select for downloading or viewing reports Description Score Percent Ident Accession
None provided -16124.0 0% 32329
Alignments
Download Graphics Next Previous Descriptions
Sequence ID: lcl|32329Length: 20Number of Matches: 1
Related Information
Range 1: 1 to 20Graphics Next Match Previous Match
Alignment statistics for match #1
NW Score Identities Gaps Strand
-16124 20/8097(0%) 8077/8097(99%) Plus/Plus
Query 1 GGGGATCCGGTGATTGATTGAGCAAGCTTTATGCTTGTAAACCGTTTTGTGAAAAAATTT 60
Query 61 TTAAAATAAAAAAGGGGACCTCTAGGGTCCCCAATTAATTAGTAATATAATCTATTAAAG 120
Query 121 GTCATTCAAAAGGTCATCCACCGGATCAGCTTAGTAAAGCCCTCGCTAGATTTTAATGCG 180
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgihttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgihttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgihttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgihttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#alignInfohttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#dsDownloadhttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgihttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#dsConfighttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#dsConfighttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#dsConfighttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Get&ALIGNMENTS=100&ALIGNMENT_VIEW=Pairwise&BLAST_SPEC=GlobalAln&DATABASE_SORT=0&DESCRIPTIONS=100&DYNAMIC_FORMAT=on&FIRST_QUERY_NUM=0&FORMAT_OBJECT=Alignment&FORMAT_PAGE_TARGET=&FORMAT_TYPE=HTML&I_THRESH=&LINE_LENGTH=60&MASK_CHAR=2&MASK_COLOR=1&NUM_OVERVIEW=0&OLD_BLAST=false&PAGE=Nucleotides&QUERY_INDEX=0&QUERY_NUMBER=0&RESULTS_PAGE_TARGET=&RID=2ZVKKS4011N&SHOW_LINKOUT=yes&STEP_NUMBER=&WORD_SIZE=11&OLD_VIEW=false&DISPLAY_SORT=1&HSP_SORT=1http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#alnHdr_32329http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgihttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#dlgDwnl_32329http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/sviewer/?RID=2ZVKKS4011N&id=lcl%7C32329&tracks=%5bkey:sequence_track,name:Sequence,display_name:Sequence,id:STD1,category:Sequence,annots:Sequence,ShowLabel:true%5d%5bkey:gene_model_track,CDSProductFeats:false%5d%5bkey:alignment_track,name:other%20alignments,annots:NG%20Alignments%7CRefseq%20Alignments%7CGnomon%20Alignments%7CUnnamed,shown:false%5d&v=1:20&appname=ncbiblast&link_loc=fromSubjhttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#dtr_32329http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/sviewer/?RID=2ZVKKS4011N&id=lcl%7C32329&tracks=%5bkey:sequence_track,name:Sequence,display_name:Sequence,id:STD1,category:Sequence,annots:Sequence,ShowLabel:true%5d%5bkey:gene_model_track,CDSProductFeats:false%5d%5bkey:alignment_track,name:other%20alignments,annots:NG%20Alignments%7CRefseq%20Alignments%7CGnomon%20Alignments%7CUnnamed,shown:false%5d&v=1:20&appname=ncbiblast&link_loc=fromHSP
66
Query 181 GATGTTGCGATTACTTCGCCAACTATTGCGATAACAAGAAAAAGCCAGCCTTTCATGATA 240
Query 241 TATCTCCCAATTTGTGTAGGGCTTATTATGCACGCTTAAAAATAATAAAAGCAGACTTGA 300
Query 301 CCTGATAGTTTGGCTGTGAGCAATTATGTGCTTAGTGCATCTAACGCTTGAGTTAAGCCG 360
Query 361 CGCCGCGAAGCGGCGTCGGCTTGAACGAATTGTTAGACATTATTTGCCGACTACCTTGGT 420
Query 421 GATCTCGCCTTTCACGTAGTGGACAAATTCTTCCAACTGATCTGCGCGCGAGGCCAAGCG 480
Query 481 ATCTTCTTCTTGTCCAAGATAAGCCTGTCTAGCTTCACGTATGACGGGCTGATACTGGGC 540
Query 541 CGGCAGGCGCTCCATTGCCCAGTCGGCAGCGACCTCCTTCGGCGCGATTTTGCCGGTTAC 600
Query 601 TGCGCTGTACCAAATGCGGGACAACGTAAGCACTACATTTCGCTCATCGCCAGCCCAGTC 660
Query 661 GGGCGGCGAGTTCCATAGCGTTAAGGTTTCATTTAGCGCCTCAAATAGATCCTGTTCAGG 720
Query 721 AACCGGATCAAAGAGTTCCTCCGCCGCTGGACCTACCAAGGCAACGCTATGTTCTCTTGC 780
Query 781 TTTTGTCAGCAAGATAGCCAGATCAATGTCGATCGTGGCTGGCTCGAAGATACCTGCAAG 840
Query 841 AATGTCATTGCGCTGCCATTCTCCAAATTGCAGTTCGCGCTTAGCTGGATAACGCCACGG 900
Query 901 AATGATGTCGTCGTGCACAACAATGGTGACTTCTACAGCGCGGAGAATCTCGCTCTCTCC 960
Query 961 AGGGGAAGCCGAAGTTTCCAAAAGGTCGTTGATCAAAGCTCGCCGCGTTGTTTCATCAAG 1020
Query 1021 CCTTACGGTCACCGTAACCAGCAAATCAATATCACTGTGTGGCTTCAGGCCGCCATCCAC 1080
Query 1081 TGCGGAGCCGTACAAATGTACGGCCAGCAACGTCGGTTCGAGATGGCGCTCGATGACGCC 1140
Query 1141 AACTACCTCTGATAGTTGAGTCGATACTTCGGCGATCACCGCTTCCCTCATGATGTTTAA 1200
Query 1201 CTTTGTTTTAGGGCGACTGCCCTGCTGCGTAACATCGTTGCTGCTCCATAACATCAAACA 1260
Query 1261 TCGACCCACGGCGTAACGCGCTTGCTGCTTGGATGCCCGAGGCATAGACTGTACCCCAAA 1320
67
Query 1321 AAAACAGTCATAACAAGCCATGAAAACCGCCACTGCGCCGTTACCACCGCTGCGTTCGGT 1380
Query 1381 CAAGGTTCTGGACCAGTTGCGTGAGCGCATACGCTACTTGCATTACAGCTTACGAACCGA 1440
Query 1441 ACAGGCTTATGTCCACTGGGTTCGTGCCTTCATCCGTTTCCACGGTGTGCGTCACCCGGC 1500
Query 1501 AACCTTGGGCAGCAGCGAAGTCGAGGCATTTCTGTCCTGGCTGGCGAACGAGCGCAAGGT 1560
Query 1561 TTCGGTCTCCACGCATCGTCAGGCATTGGCGGCCTTGCTGTTCTTCTACGGCAAGGTGCT 1620
Query 1621 GTGCACGGATCTGCCCTGGCTTCAGGAGATCGGAAGACCTCGGCCGTCGCGGCGCTTGCC 1680
Query 1681 GGTGGTGCTGACCCCGGATGAAGTGGTTCGCATCCTCGGTTTTCTGGAAGGCGAGCATCG 1740
Query 1741 TTTGTTCGCCCAGCTTCTGTATGGAACGGGCATGCGGATCAGTGAGGGTTTGCAACTGCG 1800
Query 1801 GGTCAAGGATCTGGATTTCGATCACGGCACGATCATCGTGCGGGAGGGCAAGGGCTCCAA 1860
Query 1861 GGATCGGGCCTTGATGTTACCCGAGAGCTTGGCACCCAGCCTGCGCGAGCAGGGGAATTG 1920
Query 1921 ATCCGGTGGATGACCTTTTGAATGACCTTTAATAGATTATATTACTAATTAATTGGGGAC 1980
Query 1981 CCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAATTTTTTCACAAAACGGTTTACAAGCATAAAG 2040
Query 2041 CTTGCTCAATCAATCACCGGATCCCCAGCTTTAATGCGGTAGTTTATCACAGTTAAATTG 2100
Query 2101 CTAACGCAGTCAGGCACCGTGTATGAAATCTAACAATGCGCTCATCGTCATCCTCGGCAC 2160
Query 2161 CGTCACCCTGGATGCTGTAGGCATAGGCTTGGTTATGCCGGTACTGCCGGGCCTCTTGCG 2220
Query 2221 GGATATCGTCCATTCCGACAGCATCGCCAGTCACTATGGCGTGCTGCTAGCGCTATATGC 2280
Query 2281 GTTGATGCAATTTCTATGCGCACCCGTTCTCGGAGCACTGTCCGACCGCTTTGGCCGCCG 2340
Query 2341 CCCAGTCCTGCTCGCTTCGCTACTTGGAGCCACTATCGACTACGCGATCATGGCGACCAC 2400
Query 2401 ACCCGTCCTGTGGATCTGATCAAGAGACAGGATGGATCGTTTCGCATGATTGAACAAGAT 2460
68
Query 2461 GGATTGCACGCAGGTTCTCCGGCCGCTTGGGTGGAGAGGCTATTCGGCTATGACTGGGCA 2520
Query 2521 CAACAGACAATCGGCTGCTCTGATGCCGCCGTGTTCCGGCTGTCAGCGCAGGGGCGCCCG 2580
Query 2581 GTTCTTTTTGTCAAGACCGACCTGTCCGGTGCCCTGAATGAACTGCAGGACGAGGCAGCG 2640
Query 2641 CGGCTATCGTGGCTGGCCACGACGGGCGTTCCTTGCGCAGCTGTGCTCGACGTTGTCACT 2700
Query 2701 GAAGCGGGAAGGGACTGGCTGCTATTGGGCGAAGTGCCGGGGCAGGATCTCCTGTCATCT 2760
Query 2761 CACCTTGCTCCTGCCGAGAAAGTATCCATCATGGCTGATGCAATGCGGCGGCTGCATACG 2820
Query 2821 CTTGATCCGGCTACCTGCCCATTCGACCACCAAGCGAAACATCGCATCGAGCGAGCACGT 2880
Query 2881 ACTCGGATGGAAGCCGGTCTTGTCGATCAGGATGATCTGGACGAAGAGCATCAGGGGCTC 2940
Query 2941 GCGCCAGCCGAACTGTTCGCCAGGCTCAAGGCGCGCATGCCCGACGGCGAGGATCTCGTC 3000
Query 3001 GTGACCCATGGCGATGCCTGCTTGCCGAATATCATGGTGGAAAATGGCCGCTTTTCTGGA 3060
Query 3061 TTCATCGACTGTGGCCGGCTGGGTGTGGCGGACCGCTATCAGGACATAGCGTTGGCTACC 3120
Query 3121 CGTGATATTGCTGAAGAGCTTGGCGGCGAATGGGCTGACCGCTTCCTCGTGCTTTACGGT 3180
Query 3181 ATCGCCGCTCCCGATTCGCAGCGCATCGCCTTCTATCGCCTTCTTGACGAGTTCTTCTGA 3240
Query 3241 GCGGGACTCTGGGGTTCGAAATGACCGACCAAGCGACGCCCAACCTGCCATCACGAGATT 3300
Query 3301 TCGATTCCACCGCCGCCTTCTATGAAAGGTTGGGCTTCGGAATCGTTTTCCGGGACGCCG 3360
Query 3361 GCTGGATGATCCTCCAGCGCGGGGATCTCATGCTGGAGTTCTTCGCCCACCCCGGGCTCG 3420
Query 3421 ATCCCCTCGCGAGTTGGTTCAGCTGCTGCCTGAGGCTGGACGACCTCGCGGAGTTCTACC 3480
Query 3481 GGCAGTGCAAATCCGTCGGCATCCAGGAAACCAGCAGCGGCTATCCGCGCATCCATGCCC 3540
Query 3541 CCGAACTGCAGGAGTGGGGAGGCACGATGGCCGCTTTGGTCGAGATTTTCAGGAGCTAAG 3600
69
Query 3601 GAAGCTAAAATGGAGAAAAAAATCACTGGATATACCACCGTTGATATATCCCAATGGCAT 3660
||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CCGTTGATATATCCCAATGG 20
Query 3661 CGTAAAGAACATTTTGAGGCATTTCAGTCAGTTGCTCAATGTACCTATAACCAGACCGTT 3720
Query 3721 CAGCTGGATATTACGGCCTTTTTAAAGACCGTAAAGAAAAATAAGCACAAGTTTTATCCG 3780
Query 3781 GCCTTTATTCACATTCTTGCCCGCCTGATGAATGCTCATCCGGAATTCCGTATGGCAATG 3840
Query 3841 AAAGACGGTGAGCTGGTGATATGGGATAGTGTTCACCCTTGTTACACCGTTTTCCATGAG 3900
Query 3901 CAAACTGAAACGTTTTCATCGCTCTGGAGTGAATACCACGACGATTTCCGGCAGTTTCTA 3960
Query 3961 CACATATATTCGCAAGATGTGGCGTGTTACGGTGAAAACCTGGCCTATTTCCCTAAAGGG 4020
Query 4021 TTTATTGAGAATATGTTTTTCGTCTCAGCCAATCCCTGGGTGAGTTTCACCAGTTTTGAT 4080
Query 4081 TTAAACGTGGCCAATATGGACAACTTCTTCGCCCCCGTTTTCACCATGGGCAAATATTAT 4140
Query 4141 ACGCAAGGCGACAAGGTGCTGATGCCGCTGGCGATTCAGGTTCATCATGCCGTCTGTGAT 4200
Query 4201 GGCTTCCATGTCGGCAGAATGCTTAATGAATTACAACAGTACTGCGATGAGTGGCAGGGC 4260
Query 4261 GGGGCGTAATTTTTTTAAGGCAGTTATTGGTGCCCTTAAACGCCTGGTGCTACGCCTGAA 4320
Query 4321 TAAGTGATAATAAGCGGATGAATGGCAGAAATTCGACCGATGCCCTTGAGAGCCTTCAAC 4380
Query 4381 CCAGTCAGCTCCTTCCGGTGGGCGCGGGGCATGACTATCGTCGCCGCACTTATGACTGTC 4440
Query 4441 TTCTTTATCATGCAACTCGTAGGACAGGTGCCGGCAGCGCTCTGGGTCATTTTCGGCGAG 4500
Query 4501 GACCGCTTTCGCTGGAGCGCGACGATGATCGGCCTGTCGCTTGCGGTATTCGGAATCTTG 4560
Query 4561 CACGCCCTCGCTCAAGCCTTCGTCACTGGTCCCGCCACCAAACGTTTCGGCGAGAAGCAG 4620
Query 4621 GCCATTATCGCCGGCATGGCGGCCGACGCGCTGGGCTACGTCTTGCTGGCGTTCGCGACG 4680
Query 4681 CGAGGCTGGATGGCCTTCCCCATTATGATTCTTCTCGCTTCCGGCGGCATCGGGATGCCC 4740
70
Query 4741 GCGTTGCAGGCCATGCTGTCCAGGCAGGTAGATGACGACCATCAGGGACAGCTTCAAGGA 4800
Query 4801 TCGCTCGCGGCTCTTACCAGCCTAACTTCGATCACTGGACCGCTGATCGTCACGGCGATT 4860
Query 4861 TATGCCGCCTCGGCGAGCACATGGAACGGGTTGGCATGGATTGTAGGCGCCGCCCTATAC 4920
Query 4921 CTTGTCTGCCTCCCCGCGTTGCGTCGCGGTGCATGGAGCCGGGCCACCTCGACCTGAATG 4980
Query 4981 GAAGCCGGCGGCACCTCGCTAACGGATTCACCACTCCAAGAATTGGAGCCAATCAATTCT 5040
Query 5041 TGCGGAGAACTGTGAATGCGCAAACCAACCCTTGGCAGAACATATCCATCGCGTCCGCCA 5100
Query 5101 TCTCCAGCAGCCGCACGCGGCGCATCTCGGGCAGCGTTGGGTCCTGGCCACGGGTGCGCA 5160
Query 5161 TGATCGTGCTCCTGTCGTTGAGGACCCGGCTAGGCTGGCGGGGTTGCCTTACTGGTTAGC 5220
Query 5221 AGAATGAATCACCGATACGCGAGCGAACGTGAAGCGACTGCTGCTGCAAAACGTCTGCGA 5280
Query 5281 CCTGAGCAACAACATGAATGGTCTTCGGTTTCCGTGTTTCGTAAAGTCTGGAAACGCGGA 5340
Query 5341 AGTCAGCGCCCTGCACCATTATGTTCCGGATCTGCATCGCAGGATGCTGCTGGCTACCCT 5400
Query 5401 GTGGAACACCTACATCTGTATTAACGAAGCGCTGGCATTGACCCTGAGTGATTTTTCTCT 5460
Query 5461 GGTCCCGCCGCATCCATACCGCCAGTTGTTTACCCTCACAACGTTCCAGTAACCGGGCAT 5520
Query 5521 GTTCATCATCAGTAACCCGTATCGTGAGCATCCTCTCTCGTTTCATCGGTATCATTACCC 5580
Query 5581 CCATGAACAGAAATTCCCCCTTACACGGAGGCATCAAGTGACCAAACAGGAAAAAACCGC 5640
Query 5641 CCTTAACATGGCCCGCTTTATCAGAAGCCAGACATTAACGCTTCTGGAGAAACTCAACGA 5700
Query 5701 GCTGGACGCGGATGAACAGGCAGACATCTGTGAATCGCTTCACGACCACGCTGATGAGCT 5760
Query 5761 TTACCGCAGCTGCCTCGCGCGTTTCGGTGATGACGGTGAAAACCTCTGACACATGCAGCT 5820
Query 5821 CCCGGAGACGGTCACAGCTTGTCTGTAAGCGGATGCCGGGAGCAGACAAGCCCGTCAGGG 5880
71
Query 5881 CGCGTCAGCGGGTGTTGGCGGGTGTCGGGGCGCAGCCATGACCCAGTCACGTAGCGATAG 5940
Query 5941 CGGAGTGTATACTGGCTTAACTATGCGGCATCAGAGCAGATTGTACTGAGAGTGCACCAT 6000
Query 6001 ATGCGGTGTGAAATACCGCACAGATGCGTAAGGAGAAAATACCGCATCAGGCGCTCTTCC 6060
Query 6061 GCTTCCTCGCTCACTGACTCGCTGCGCTCGGTCGTTCGGCTGCGGCGAGCGGTATCAGCT 6120
Query 6121 CACTCAAAGGCGGTAATACGGTTATCCACAGAATCAGGGGATAACGCAGGAAAGAACATG 6180
Query 6181 TGAGCAAAAGGCCAGCAAAAGGCCAGGAACCGTAAAAAGGCCGCGTTGCTGGCGTTTTTC 6240
Query 6241 CATAGGCTCCGCCCCCCTGACGAGCATCACAAAAATCGACGCTCAAGTCAGAGGTGGCGA 6300
Query 6301 AACCCGACAGGACTATAAAGATACCAGGCGTTTCCCCCTGGAAGCTCCCTCGTGCGCTCT 6360
Query 6361 CCTGTTCCGACCCTGCCGCTTACCGGATACCTGTCCGCCTTTCTCCCTTCGGGAAGCGTG 6420
Query 6421 GCGCTTTCTCATAGCTCACGCTGTAGGTATCTCAGTTCGGTGTAGGTCGTTCGCTCCAAG 6480
Query 6481 CTGGGCTGTGTGCACGAACCCCCCGTTCAGCCCGACCGCTGCGCCTTATCCGGTAACTAT 6540
Query 6541 CGTCTTGAGTCCAACCCGGTAAGACACGACTTATCGCCACTGGCAGCAGCCACTGGTAAC 6600
Query 6601 AGGATTAGCAGAGCGAGGTATGTAGGCGGTGCTACAGAGTTCTTGAAGTGGTGGCCTAAC 6660
Query 6661 TACGGCTACACTAGAAGGACAGTATTTGGTATCTGCGCTCTGCTGAAGCCAGTTACCTTC 6720
Query 6721 GGAAAAAGAGTTGGTAGCTCTTGATCCGGCAAACAAACCACCGCTGGTAGCGGTGGTTTT 6780
Query 6781 TTTGTTTGCAAGCAGCAGATTACGCGCAGAAAAAAAGGATCTCAAGAAGATCCTTTGATC 6840
Query 6841 TTTTCTACGGGGTCTGACGCTCAGTGGAACGAAAACTCACGTTAAGGGATTTTGGTCATG 6900
Query 6901 AGATTATCAAAAAGGATCTTCACCTAGATCCTTTTAAATTAAAAATGAAGTTTTAAATCA 6960
Query 6961 ATCTAAAGTATATATGAGTAAACTTGGTCTGACAGTTACCAATGCTTAATCAGTGAGGCA 7020
72
Query 7021 CCTATCTCAGCGATCTGTCTATTTCGTTCATCCATAGTTGCCTGACTCCCCGTCGTGTAG 7080
Query 7081 ATAACTACGATACGGGAGGGCTTACCATCTGGCCCCAGTGCTGCAATGATACCGCGAGAC 7140
Query 7141 CCACGCTCACCGGCTCCAGATTTATCAGCAATAAACCAGCCAGCCGGAAGGGCCGAGCGC 7200
Query 7201 AGAAGTGGTCCTGCAACTTTATCCGCCTCCATCCAGTCTATTAATTGTTGCCGGGAAGCT 7260
Query 7261 AGAGTAAGTAGTTCGCCAGTTAATAGTTTGCGCAACGTTGTTGCCATTGCTGCAGGCATC 7320
Query 7321 GTGGTGTCACGCTCGTCGTTTGGTATGGCTTCATTCAGCTCCGGTTCCCAACGATCAAGG 7380
Query 7381 CGAGTTACATGATCCCCCATGTTGTGCAAAAAAGCGGTTAGCTCCTTCGGTCCTCCGATC 7440
Query 7441 GTTGTCAGAAGTAAGTTGGCCGCAGTGTTATCACTCATGGTTATGGCAGCACTGCATAAT 7500
Query 7501 TCTCTTACTGTCATGCCATCCGTAAGATGCTTTTCTGTGACTGGTGAGTACTCAACCAAG 7560
Query 7561 TCATTCTGAGAATAGTGTATGCGGCGACCGAGTTGCTCTTGCCCGGCGTCAACACGGGAT 7620
Query 7621 AATACCGCGCCACATAGCAGAACTTTAAAAGTGCTCATCATTGGAAAACGTTCTTCGGGG 7680
Query 7681 CGAAAACTCTCAAGGATCTTACCGCTGTTGAGATCCAGTTCGATGTAACCCACTCGTGCA 7740
Query 7741 CCCAACTGATCTTCAGCATCTTTTACTTTCACCAGCGTTTCTGGGTGAGCAAAAACAGGA 7800
Query 7801 AGGCAAAATGCCGCAAAAAAGGGAATAAGGGCGACACGGAAATGTTGAATACTCATACTC 7860
Query 7861 TTCCTTTTTCAATATTATTGAAGCATTTATCAGGGTTATTGTCTCATGAGCGGATACATA 7920
Query 7921 TTTGAATGTATTTAGAAAAATAAACAAATAGGGGTTCCGCGCACATTTCCCCGAAAAGTG 7980
Query 7981 CCACCTGACGTCTAAGAAACCATTATTATCATGACATTAACCTATAAAAA
Top Related