El Reto de la Bioinformática...El Reto de la Bioinformática ¡Empieza con una serie ingente de...
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El Reto de la Bioinformática ¡Empieza con una serie ingente de datos de MS sin procesar! La Espectrometría de Masas aplicada a Proteómica genera una ingente cantidad de datos Spectrum Mill 15 de febrero de 2011 Página 1 Respuestas Biológicas Claras!: Requieren un Potente y Completo Software Bioinformático Agilent Spectrum Mill
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El Reto de la Bioinformática
¡Empieza con
una serie
ingente de
datos de MS
sin procesar!
La Espectrometría de
Masas aplicada a
Proteómica genera una
ingente cantidad de datos
Spectrum Mill
15 de febrero de 2011Página 1
Respuestas Biológicas Claras!:
Requieren un Potente y Completo
Software Bioinformático
Agilent Spectrum Mill
Conversión de espectros MS y MS/MS
en identificación y cuantificación de proteínas
Spectrum Mill
Spectrum Mill
15 de febrero de 2011Página 2
Jaume C. Morales
LC/MS Product Specialist
Agilent Technologies
Software
BioquímicaColumnas
&
Software
BIOINFORMATICO
• “Spectrum Mill Bioinformatics Workbench”
Spectrum MillProductos para la Proteómica
Spectrum Mill
15 de febrero de 2011Página 3
Sistemas
LC & MS• Aislamiento
• PTM’s
• Etiquetado
• etc.
Columnas
&
Bio-Fungibles
BIOINFORMATICO
para proteómica
Instrumentos
Aplicación basada en un Servidor Webcon Amplia Variedad de Herramientas
para una Rápida y Fiable Identificación de Proteínas
Spectrum Mill
• Muy flexible y potente comparación de resultados y niveles de expresión entre distintas muestras.
• Rápidas búsquedas con muy pocos falsos positivos
Spectrum Mill
15 de febrero de 2011Página 4
• Búsquedas en modo homología para identificar PMT’s .
•“Sherenga De Novo Sequencing” para secuenciar péptidos no asignados a ninguna proteína. Compatible con disociación ETD (TRAP).
• Semi-cuantificación directa sin marcaje (color según nivel expresión).
• Expresión Diferencial de muestras con todo tipo de técnicas de marcaje isotópico: ICAT, ITRAQ, SILAC,..
• Posibilidad de procesar datos de múltiples fabricantes
Motor Búsqueda�Masa Exacta
� Masa+Fragmentos
Nivel Expresión sin marcaje
0.0
0.5
1.0
Intensity
X 104
0.4
0.6
0.8
x104
Espectro MS/MS automático
m/z 769
m/z del péptido: da información de los AAS presentes (no de su
secuencia)
Spectrum Mill – Procesado y Motor de Búsqueda
Cromatograma 100 amol PéptidosMezcla Proteínas Digerida
0.2
0.4
0.6
0.8
1.0
IntensidadX 105 BPC (cromatograma no selectivo)
MS: TOF
769.0
445.2
574.2
645.3
675.9
758.5
905.7 963.5
1077.7
0.0
0.5
1.0
Intensity
X 104
0.2
0.4
0.6
0.8
x104
[Glu] Fibrinopéptido B
ADSGEGDFLAEGGVR
y3
b4
y7
y6
y5b10
y11y9
y8
MS1
Espectro de Masas
Spectrum Mill
15 de febrero de 2011Página 5
Proteínas identificadas
Nivel Expresión sin marcajeisotópico (diferencial de SPMill)
0.0
0.2
Auto-MS/MS: Q-TOF, TRAP
331.70.0
Efectuar Búsqueda en Base de Datos
de Proteínas
Adquirir datosLC/MS/MS o
MALDI MS/MS
Transferir los datosa Spectrum Mill
Extracción de losdatos
Manualmente validarlos resultados de puntuación media
Autovalidar resultados con alta puntuación
Spectrum Mill – Ruta de Trabajo
Spectrum Mill
15 de febrero de 2011Página 6
de Proteínaspuntuación media
Procesados Adicionalesde los Datos
alta puntuación
• Nuevas Búsquedas en Base Datos• Búsquedas por Homología *A
• “Sherenga de novo sequencing” *B
*A para buscar mutaciones y PTM’s (modificaciones post-traduccionales)
*B para identificar péptidos de proteínas no encontradas en la base de datos
