INTRODUCCIÓN A

LA

BIOINFORMÁTICA

ALGUNOS CONCEPTOS

Genómica: conjunto de ciencias y técnicas dedicadas al

estudio del funcionamiento, el contenido, la evolución y

el origen de los genomas. Es interdisciplinaria (biología,

bioquímica, informática, estadística, matemáticas, física,

etc).

Bioinformática: rama de la informática que almacena,

ordena e interpreta los datos biológicos. Permite:

• ensamblaje de los genomas

• búsqueda y comparación de secuencias

• predicción de estructuras de proteínas

• asociación entre grupos de genes

• proporciona información importante sobre la función de

los genes y sus productos.

ALGUNOS CONCEPTOS

Proyecto genoma: es la secuenciación del genoma completo

de una especie, para conocer la secuencia y posición

de cada gen.

Transcriptomica: estudia los perfiles de ARNm.

Proteómica: estudia los perfiles de proteínas.

Siguiendo el “dogma central de la biología “ se han definido distintas

áreas de estudio del material hereditario.

METABOLÓMICA

ALGUNOS CONCEPTOS

Librería de ADN: Es una colección de fragmentos de ADN identificables, que se

incluye en un vector (bacteria o virus) para su almacenamiento.

Genómicas

Genoma completo

Cromosoma Específico

Se purifica el cromosoma

previamente

ADNc

A partir del ARNm

de un tejido

De expresión

Se incluye el gen en

bacterias para que

expresen las

proteínas codificadas

ALGUNOS CONCEPTOS

EST (Expressed Sequence Tag):

los ESTs serán una representación de los

genes que se están transcribiendo en un

tejido, en un determinado momento del

desarrollo.

STS (Sequenced Tagged Sites): son secuencias cortas (200-500 pb) no repetidas en

todo el genoma.

Microchips: Soportes sólidos sobre los que se han

fijado pequeñas cantidades de ADN o ARN

cuya secuencia es específica para un gen. Cada

punto corresponde a un segmento de un gen

determinado.

BASES DE DATOS

BASES DE DATOS DE SECUENCIAS

Una base de datos de nucleótidos es una colección de secuencias de ADN o

proteínas.

Las tres bases de datos principales de nucleótidos:

• Genbank (USA) www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank

• ENSEMBL (Europa) www.ensembl.org

• DDBJ (Japón) www.ddbj.nig.ac.jp.

Intercambian las nuevas secuencias todos los días, por lo tanto, las tres tienen

depositadas la misma información.

Han ido añadiendo información adicional a las secuencias y ahora incluyen

funciones de los genes, mutaciones, proteínas codificadas, referencias

bibliográficas, etc.

BASES DE DATOS

GenBank (NCBI “National Center for Biotechnology Information” )

BASES DE DATOS

ENSEMBL (Europa)

BASES DE DATOS

DDBJ (DNA Data Bank of Japan)

BASES DE DATOS

NCBI

BASES DE DATOS

NCBI

BASES DE DATOS

NCBI: BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

BASES DE DATOS

GeneCard: Compendio de genes humanos con enlaces a otras bases de datos de

información genómica.

BASES DE DATOS

GeneCard: Posición Cromosómica

BASES DE DATOS

GeneCard: Proteína

BASES DE DATOS

GeneCard: Vías metabólicas

BASES DE DATOS

GeneCard: Expresión

BASES DE DATOS

GeneCard: desórdenes y enfermedades

BASES DE DATOS

KEGG: Enciclopedia de rutas metabólicas y sus componentes genéticos.

BASES DE DATOS DE BIBLIOGRAFÍA

BASE DE DATOS DE BASES DE DATOS BIOLÓGICAS

DBD: http://www.biodbs.info/BiologicalDatabase.html