Llozano newbler assembler
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NEWBLER GS De Novo Assembler, GS Reference Mapper, SFF Tools • Caracterís*cas de Newbler como Ensamblador De Novo • Ejemplo de ensamble con archivos SFF • Ejemplo de ensamble con archivos fastQ • Ejemplo de Ensamble Híbrido Velvet ‐ Newbler
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NEWBLERGSDeNovoAssembler,GSReferenceMapper,SFFTools
• Caracterís*casdeNewblercomoEnsambladorDeNovo
• EjemplodeensambleconarchivosSFF
• EjemplodeensambleconarchivosfastQ
• EjemplodeEnsambleHíbridoVelvet‐Newbler
Overlap‐Consensus‐Layout(Batzouglou,S.2005)
Generaunagráficaquerepresentacadalecturacomounnodoyelsobrelapeentrelecturascomounarcoquelasune.
Recorrelagráficaenbuscadelos‘mejorescaminos’paragenerarcon*gs.
Esunmétodoeficienteparatrabajarconlecturaslargasporqueexistenmenosambiguedadesenlabúsquedadelos‘mejorescaminos’.
NEWBLER
U*lizalaaproximacióndeOverlap‐Consensus‐Layout
Primerogeneracon*gsusandolaslecturaslargasquemejorsobrelapan
Posteriormenteusalaslecturasmáscortasparaextenderloscon*gs
Finalmenteusalaslecturaspareadasparaextenderyorientarcon*gsenscaffolds
Newbleru*lizaprincipalmentearchivosSFF
SFF‐StandardFlowgramFile
AceptatambíenarchivosenformatoFastayFastQ
Lí neadeComandos
DespliegueGráfico
runAssembly
GY3XKNK04.sff(paired‐end)
315711reads,105249267bases,149947pairedreads
Assemblycomputationsucceeded
11sacaffolds,303largecontigs
EnsambleconNewbler:Líneadecomandos
Newblergeneravariosarchivosdesalida
Path=../GY3XKNK04.sff
numberWithBothMapped=147697numWithOneMapped=630numWithMultiplyMapped=943numWithBothUnamapped=677
numAlignedReads=460110,99.17%,98.81%numAlignedBases=92195459,99.35%,87.60%
numberOfReads=315711,463972numberOfBases=105249267,92797333numWithPairedReads=149947
NewblerMetrics
numberWithBothMapped=147697numWithOneMapped=630numWithMultiplyMapped=943numWithBothUnamapped=677
numAlignedReads=460110,99.17%,98.81%numAlignedBases=92195459,99.35%,87.60%
numberOfScaffolds=11numberOfBases=7280097
avgScaffoldSize=662645N50ScaffoldSize=1151677,3largeScaffoldSize=1541816
numberOfScaffoldContigs=286numberOfScaffoldContigBases=7224747
avgScaffoldContigSize=25261N50ScaffoldContigSize=47251,50largestScaffoldContigSize=268843
scaffold00001
1 2526
contig000011 2526
352 fragment
397077 397428
scaffold00001
Scaffolds.txt
UsamosprogramaMUMMERparasabersiNewblerreconstruyóloscon*gsdevelvetcorrectamente
mummerplot Desplieguegráfico
nucmer‐‐coords
Ensamble Híbrido
GenomaensambladoconsecuenciasdeIlluminay454
con*gs.faLoscon*gsdevelvetsedividenensecuenciassobrelapadas
Archivofasta‐velvet
Newbler
454‐archivosff
+Archivofasta‐velvet
archivosff
Con*gsdeVelvetreensamblados
Velvet
Scaffoldsdenewblerconinformacióndevelvet
Medianteunscriptdeperlse´fragmentan´loscon*gsdevelvet
numberOfScaffoldContigs=67
velvet51_contigs200.fa
numberOfContigs=85
