Previo 4BioinformticaSolis Camacho Carlos1.-Define que es bioinformticaLaBioinformticaes la disciplina cientfica que combina biologa, computacin y tecnologas de la informacin. El objetivo de esta disciplina es facilitar nuevas percepciones biolgicas y crear una perspectiva global que permita identificar los principios unificadores de la biologa. Inicialmente, la bioinformtica se ocupaba sobre todo de la creacin de bases de datos de informacin biolgica, especialmente secuencias, y del desarrollo de herramientas para la utilizacin y anlisis de los datos contenidos en esas bases de datos. Al final, ser necesario unificar toda esta informacin si queremos alcanzar un cuadro completo de la biologa de la clula, de forma que los investigadores puedan comprender cmo se alteran estos procesos en las distintas enfermedades. Por eso, la Bioinformtica ha ido evolucionando para ocuparse cada vez con mayor profundidad del anlisis e interpetacin de los distintos tipos de datos (secuencias de genomas, proteomas, orfeomas, dominios y estructuras de protenas, etc). Estas formas de anlisis e interpretacin de datos suelen denominarse Biologa Computacional. Las principales reas de la Bioinformtica y de la Biologa Computacional son, por tanto, 1) eldesarrollo de herramientasque permitan el acceso, uso y actualizacin de distintos tipos de informacin biolgica; 2) eldesarrollo de nuevosalgoritmosy soluciones estadsticas para analizar grandes conjuntos de datos y resolver problemas biolgicos complejos, tales como predecir la estructura de un gen en una secuencia genmica, predecir la estructura de protenas, identificar familias de protenas por su similitud de secuencia, etc.2.- Qu es una base de datos y como se clasificanUna base de datos o banco de datos es un conjunto de datos pertenecientes a un mismo contexto y almacenados sistemticamente para su posterior uso. En este sentido, una biblioteca puede considerarse una base de datos compuesta en su mayora por documentos y textos impresos en papel e indexados para su consulta. En la actualidad, y debido al desarrollo tecnolgico de campos como la informaticay la electrnica , la mayora de las bases de datos estn en formato digital (electrnico), que ofrece un amplio rango de soluciones al problema de almacenar datos.

Una base de datos es una coleccin de informacin organizada de forma que un programa de ordenador pueda seleccionar rpidamente los fragmentos de datos que necesite. Una base de datos es un sistema de archivos electrnico.Las bases de datos pueden clasificarse de varias maneras, de acuerdo al criterio elegido para su clasificacin:

Segn la variabilidad de los datos almacenados

Bases de datos estticas:stas son bases de datos de slo lectura, utilizadas primordialmente para almacenar datos histricos que posteriormente se pueden utilizar para estudiar el comportamiento de un conjunto de datos a travs del tiempo, realizar proyecciones y tomar decisiones.

Bases de datos dinmicas:stas son bases de datos donde la informacin almacenada se modifica con el tiempo, permitiendo operaciones como actualizacin y adicin de datos, adems de las operaciones fundamentales de consulta. Un ejemplo de esto puede ser la base de datos utilizada en un sistema de informacin de una tienda de abarrotes, una farmacia, un videoclub, etc.

Segn el contenido

Bases de datos bibliogrficas:Solo contienen un surrogante (representante) de la fuente primaria, que permite localizarla. Un registro tpico de una base de datos bibliogrfica contiene informacin sobre el autor, fecha de publicacin, editorial, ttulo, edicin, de una determinada publicacin, etc. Puede contener un resmen o extracto de la publicacin original, pero nunca el texto completo.Almacenan las fuentes primarias, como por ejemplo, todo el contenido de todas las ediciones de una coleccin de revistas cientficas.

Algunos modelos con frecuencia utilizados en las bases de datos:

Base de datos jerrquica:estas son bases de datos que, como su nombre indica, almacenan su informacin en una estructura jerrquica. En este modelo los datos se organizan en una forma similar a un rbol (visto al revs), en donde un nodo padre de informacin puede tener varios hijos. El nodo que no tiene padres es llamado raz, y a los nodos que no tienen hijos se los conoce como hojas.Las bases de datos jerrquicas son especialmente tiles en el caso de aplicaciones que manejan un gran volumen de informacin y datos muy compartidos permitiendo crear estructuras estables y de gran rendimiento.Una de las principales limitaciones de este modelo es su incapacidad de representar eficientemente la redundancia de datos.

Base de datos de red:ste es un modelo ligeramente distinto del jerrquico; su diferencia fundamental es la modificacin del concepto de nodo: se permite que un mismo nodo tenga varios padres (posibilidad no permitida en el modelo jerrquico).Fue una gran mejora con respecto al modelo jerrquico, ya que ofreca una solucin eficiente al problema de redundancia de datos; pero, aun as, la dificultad que significa administrar la informacin en una base de datos de red ha significado que sea un modelo utilizado en su mayora por programadores ms que por usuarios finales.

Base de datos relacional:Su idea fundamental es el uso de "relaciones". Estas relaciones podran considerarse en forma lgica como conjuntos de datos llamados "tuplas", la mayora de las veces se conceptualiza de una manera ms fcil de imaginar. Esto es pensando en cada relacin como si fuese una tabla que est compuesta por registros campos.

En este modelo, el lugar y la forma en que se almacenen los datos no tienen relevancia (a diferencia de otros modelos como el jerrquico y el de red). Esto tiene la considerable ventaja de que es ms fcil de entender y de utilizar para un usuario espordico de la base de datos. La informacin puede ser recuperada o almacenada mediante "consultas" que ofrecen una amplia flexibilidad y poder para administrar la informacin.

El lenguaje ms habitual para construir las consultas a bases de datos relacionales es Structured Query Language o Lenguaje Estructurado de Consultas, un estndar implementado por los principales motores o sistemas de gestin de bases de datos relacionales.Durante su diseo, una base de datos relacional pasa por un proceso al que se le conoce como normalizacin de una base de datosBases de datos orientadas a objetos. Este modelo, bastante reciente, y propio de los modelos informticos orientados a objetos, trata de almacenar en la base de datos los objetos completos (estado y comportamiento).

Una base de datos orientada a objetos es una base de datos que incorpora todos los conceptos importantes del paradigma de objetos:Encapsulacin- Propiedad que permite ocultar la informacin al resto de los objetos, impidiendo as accesos incorrectos o conflictos. Herencia- Propiedad a travs de la cual los objetos heredan comportamiento dentro de una jerarqua de clases. Polimorfismo- Propiedad de una operacin mediante la cual puede ser aplicada a distintos tipos de objetos.

Bases de datos documentales:Permiten la indexacin a texto completo, y en lneas generales realizar bsquedas ms potentes. Tesaurus es un sistema de ndices optimizado para este tipo de bases de datos.

Un sistema de base de datos deductivas:es un sistema de base de datos pero con la diferencia de que permite hacer deducciones a travs de inferencias. Se basa principalmente en reglas y hechos que son almacenados en la base de datos. Tambin las bases de datos deductivas son llamadas base de datos lgica, a raz de que se basan en lgica matemtica.3.- Cules son los principales proveedores de recursos bioinformticos El National Center for Biotechnology Information (NCBI) centraliza los bancos de datos y aplicaciones de EEUU El European Bioinformatics Institute (EBI) realiza una funcin similar en Europa GenomeNet rene bases de datos diversas en Japn